基于转录组测序在人类全基因组内鉴定与癌症相关的polyadenylation和non-polyadenylation RNA

摘要

真核生物的mRNA包括2种形式的转录本,根据它们3′端是否存在poly（A）尾巴,可以分为带poly（A）的mRNA（简写成poly（A）＋mRNA）和不带poly（A）的mRNA（简写成poly（A）mRNA）.Poly（A）＋mRNA的主要功能是促进蛋白质的编码,但是对poly（A）mRNA的功能却知之甚少.而已有的研究表明,poly（A）mRNA和双态（bimorphic）的mRNA（即包含poly（A）＋mRNA又包含poly（A）mRNA）也是基因转录的一个重要部分.本研究通过建立一个综合性的数据分析流程,首先从不同细胞系中鉴定出这些不同形式的mRNA,然后比较这些poly（A）＋及poly（A）mRNA在正常细胞系和对应的癌症细胞系中的表达差异,从而确定这些RNA转录物的潜在功能.通过生物信息学的分析表明,在正常和肿瘤细胞系中确实存在差异表达的poly（A）＋和poly（A）mRNA.对差异表达的基因进行功能富集,结果表明,这2类mRNA都富集了包括细胞周期、细胞凋亡及细胞死亡相关的功能,而这些功能已经被证明和癌症的发生和发展是密不可分的.此外,还有一类差异表达的poly（A）mRNA富集了和翻译及翻译延长相关的功能.因此,本研究表明,poly（A）mRNA也可能在癌症的发生和发展中发挥着重要的作用.