毛竹GRF转录因子家族的全基因组鉴定与分析

摘要

利用生物信息学方法,于毛竹(Phyllostachys edulis (Carr.) Lehaie)全基因组中鉴定获得18个GRF转录因子,并对其理化特性、保守结构域、系统发育关系、miR396靶位点以及基因表达模式进行了分析.结果表明,18个PeGRF蛋白长度为170～551 aa,分子量为18.5～58.8 kD;这些PeGRF蛋白均具有QLQ和WRC结构域,部分PeGRF含有FFD和TQL保守结构域.对毛竹、拟南芥(Arabidopsis thaliana(L.)Heynh)和水稻(Oryza sativa L.)的系统进化分析结果显示,毛竹18个GRF可分为3个亚类,且单子叶植物毛竹和水稻的GRF转录因子亲缘关系更近.miR396靶位点预测分析结果发现,在13个PeGRF基因序列的编码区存在毛竹miR396结合位点;PeGRF基因表达模式分析结果显示,PeGRF主要在毛竹的竹笋中表达.