蛋白质分子柔性对接方法研究进展

摘要

细胞内的很多重要生理过程,如细胞信号转导、免疫反应、基因复制、转录、翻译以及细胞周期调控等,都是通过蛋白质复合体或蛋白质分子间相互作用来完成的,因此要充分理解和认识这些复杂生理过程,必须要解析蛋?鞍r白质复合物结构并了解蛋白质相互作用过程发生的构象变化.然而当前研究结构的实验方法如X-射线衍射和核磁共振等,尚难以解析蛋白质复合物的结构,这使得理论模拟方法受到了越来越多的重视,并迅速发展和应用.早期蛋白质-蛋白质对接或蛋白质与小分子对接算法中,大都将目标蛋白简化处理为刚性分子,显然这种刚性简化过程可能会造成预测结果的很大偏差,随着计算机处理能力的增强,对蛋白质柔性进行处理的算法也得到了较大的发展.该综述主要介绍将分子柔性引入到对接中的一些新的思路和进展,包括在CAPRI中成功应用的一些方法工具,并就如何恰当地处理分子柔性和构象变化做阐述,同时提出了现阶段仍然面临的挑战以及未来解决的方向.