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计算生物学

计算生物学

《计算生物学》是一本关注计算生物学领域最新进展的国际中文期刊，主要刊登运用应用数据分析、理论方法、数学建模、计算机仿真等技术来对生物数据进行提取的相关领域学术论文。本刊支持思想创新、学术创新，倡导科学，繁荣学术，集学术性、思想性为一体，旨在为了给世界范围内的科学家、学者、科研人员提供一个传播、分享和讨论计算生物学领域内不同方向问题与发展的交流平台。
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    国际刊号/ISSN：2164-5426
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    主办单位：汉斯出版社
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计算生物学 >2023年第2期

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共4384条结果
  • 摘要：光合作用(Photosynthesis)是地球上生命活动的基本过程之一,它是植物生长和发育赖以生存的物质能量基础。迄今为止,众多学者在植物中发现多个光合蛋白亚基,其中大部分光系统蛋白亚基在植物光合作用过程中发挥重要作用。本文综述了植物光合系统I和光合系统II的基本结构及主要蛋白亚基功能的研究进展,并探讨了光系统蛋白后续研究的发展趋势。
  • 摘要：瘦素受体基因是控制肥胖的基因,它作为肥胖基因家族的成员广泛存在于灵长类动物中。LEPR (leptin receptor)为瘦素受体编码基因,由该基因编码的蛋白可以识别和转运瘦素。瘦素是一种和肥胖密切相关的蛋白,它能够调节灵长类动物的体重、能量代谢和免疫应答等通路,最终导致超重或者肥胖的发生。下载NCBI数据库中灵长类动物的核苷酸序列,用blast+程序进行序列比对,然后用Colinear Scan和MC scan X进行共线性分析,采用MEGA7.0中的最小平行进化法和最大同步法构建系统发育树。序列分析显示,灵长类动物中大多含有瘦素受体基因,且保守性较高。
  • 摘要：本文选取了47种鸟类的基因组作为研究对象,根据靶定下一代DNA测序技术(targeted next-generation DNA sequencing)得到的394个保守片段的DNA序列数据,统计了从9联体到14联体的频数及其频率,基于k联体(k-mer)非联配算法得到了任意两种鸟类之间k联体的距离矩阵,并运用邻接(Neighbor-Joining)法构建了47种鸟类的进化树,发现当k = 12时达到稳定。最后,通过将该树与Prum和Jarvis构建的进化树进行了比较,分析了鸟类的进化和分类. 结果发现三个进化树基本一致, 只有部分姐妹分支有差别, 说明12联体的相对频数是能够较好描述基因组进化的动力学变量。
  • 摘要：性成熟时间是物种进化的重要参量。本文以鸟类为研究对象,根据48种鸟类的性成熟时间与体长数据,分析了二者之间的相关性。拟合了21种鸟的性成熟时间与体长的资料,得到线性关系式y = 0.029x + 0.34,相关系数为R2 = 0.76。工作中还发现这一线性关系具有一定的普适性,例如在一些哺乳动物中也成立。根据所得鸟类性成熟时间与体长的线性公式,我们估算了其余27种鸟类的性成熟时间。
  • 摘要：蛋白质二级结构预测是计算生物学研究的重要领域。虽然现有优秀的机器学习方法的预测准确度已经超过80%,但是它们都有共同的缺陷:不能及时学习最新实测的蛋白质结构信息,不能持续修改模型和参数,从而满足人们在日新月异时代对蛋白质二级结构预测的要求。本文构建了基于可持续更新模板库的蛋白质二级结构预测器:SIPSS。我们的新方法以同源序列的结构保守性为基本原理。首先我们建立了一个可持续更新的模板库,每月自动从蛋白质数据库中下载新测定的蛋白质结构数据,经过筛选将新的序列和结构信息补充进模板库。然后对于查询序列,用多重同源比对与模板库比对,得到新的变量:SPSSM变量。最后,我们以SPSSM为变量,用条件随机场建模和预测。实际测试表明,SIPSS能够在线学习新的蛋白质结构信息,对新近测定的蛋白质二级结构预测准确度(80.6%)明显高于现有的预测器。SIPSS网站:http://cheminfo.tongji.edu.cn/SIPSS/,可供用户免费使用。
  • 摘要：G蛋白偶联受体(G Protein-Coupled Receptors, GPCRs)是一肽类膜蛋白家族,对GPCRs序列进行聚类分析有着重要的理论意义和应用价值。本文根据氨基酸的分类及其物化性质给出了蛋白质序列的特征向量表示,在此基础上用因子分析法对蛋白质序列的特征向量进行降维得到了因子模型,进而利用因子模型分析了40个GPCRs序列的相似性,并进行聚类分析,得到了较好的结果,为分析比较GPCRs序列提供新的手段。
  • 摘要：研究一类疾病在食饵中进行传播的捕食–食饵系统,食饵受到密度制约,且捕食者进行不区分食饵是否感染疾病的无差别捕食。讨论了模型存在边界平衡点的条件,并通过计算系统的Jacobian矩阵,根据Routh-Hurwitz判据证明了系统的局部稳定性。利用Bendixson-Dulac判别法,证明极限系统不存在全部位于G内的闭轨线,从而得到极限系统的零解是全局稳定的;由极限系统理论,得到原系统的全局渐近稳定性。最后,讨论了正平衡点的存在性以及极限系统的极限环的存在性。
  • 摘要：黄酮-3'''',5''''-羟基化酶(flavonoid-3'''',5''''-hydroxylase, F3''''5''''H)是合成飞燕草色素苷的关键酶基因,缺乏F3''''5''''H的植物不能形成蓝色花,故又被称为“蓝色基因”。本研究根据已经报道的F3''''5''''H基因的序列设计兼并引物,采用3''''RACE和5''''RACE方法,克隆得到了一个全长cDNA序列为1598 bp的芒果果实F3''''5''''H基因。该基因开放阅读框为1539 bp,编码512个氨基酸,分子重量为57.20 KD。对基因组扩增得到了1633 bp长度的片段,分析发现该基因含有一个内含子。通过系统发育分析发现该基因编码的蛋白与石斛、马鞭草等植物具有较近的亲缘关系。对不同芒果品种的F3''''5''''H基因的表达进行分析发现:红色的贵妃品种中表达量较高,而绿色的桂七品种中表达量较低。
  • 摘要：肥胖是工业化国家面临的巨大挑战。同时,许多代谢相关的疾病如糖尿病、动脉粥样硬化等也和脂肪的累积息息相关。因此,我们有必要深入理解成脂(脂肪组织形成的过程)的分子机制。然而,信息的碎片化严重阻碍着新的关键基因及通路的识别,于是我们想到要为专业的研究人员提供一个方便易用的成脂调控信息中心。在本研究中,我们通过文本挖掘技术辅以专业人员的人工检查和注释,整理收集来自PubMed数据库的1457篇与成脂分化相关的文章,搭建了一个公开的数据库平台——ARN数据库,截止到2016年2月25日,共收集到与成脂相关的3054个节点,1807条互作关系,10,675条表达记录,并通过miRGate、PAZAR和TRRUST等数据库确定了12,696条可能存在的靶向调控关系,为成脂研究领域的研究者提供了一个快速便捷的可视化信息中心。因此,这个平台将有助于研究者发现成脂调控中的重要基因和通路。
  • 摘要：该文运用CodonW1.4.2和SPSS16.0软件对13个来源于小麦麦谷蛋白亚基基因的密码子用法特性进行分析。结果显示,除1Dy10基因ENC值小于40外,其余亚基基因ENC值均介于40~50之间;GC3含量均在0.38~0.45之间;1Bx14基因偏向于使用A或T结尾的密码子,其余12个亚基基因偏向于使用G或C结尾的密码子;1Dy10与其余12个亚基基因间距离系数较大,然而各组染色体麦谷蛋白x-型或y-型亚基基因间距离系数较小。结果表明,小麦麦谷蛋白亚基基因具有较强的密码子使用偏爱性,各基因密码子用法上具有相似性,每一种氨基酸均存在1~2个偏爱密码子。在密码子用法差异上表现为,除1By9和1Dy10之外,无论是A染色体组、B染色体组,还是D染色体组,各组染色体上麦谷蛋白x-型或y-型亚基基因间密码子使用频率差异最小。这一分析结果对小麦HMW-GS功能基因资源的高效利用和LMW-GS新基因的克隆具有一定的指导意义。
  • 摘要：本文以毛果杨(Populus trichocarpa)和蛋白质名称为关键词,基于BioPerl设计了下载毛果杨家族蛋白质序列的程序。此程序为构建毛果杨蛋白质二次数据库奠定了基础,也为以毛果杨蛋白质为研究对象的研究人员提供了一个方便快捷精确获取毛果杨蛋白质序列的手段。
  • 摘要：肺癌是目前世界范围内发病率和死亡率最高的恶性肿瘤,它是一种复杂的分子网络疾病。为了进一步了解肺癌致病的分子机制,我们使用加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法,对肺癌组织与其癌旁正常组织的差异表达基因进行分析,进而对差异表达基因进行模块的划分以及枢纽基因(hub gene)的识别,共得到了八个模块。通过计算每个模块特征向量基因(module eigengene)与样本特征的皮尔森相关系数,最终得到一个与肺癌高关联的模块(blue模块),发现blue模块的枢纽基因为碳酸酐酶4 (carbonic anhydrase 4, CA4),这一枢纽基因在模块中起着重要的作用。使用在线工具DAVID (Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery)对blue模块进行GO功能富集及KEGG通路分析。GO分析显示blue模块具有Rho 蛋白的信号转导调控、生物粘附、糖结合等生物功能;KEGG分析显示blue模块参与了轴突导向和O 型聚糖的生物合成通路。这些分析结果表明,文中识别的肺癌高关联模块和枢纽基因在肺癌的发生发展过程中起着潜在的重要作用。
  • 摘要：真核生物的基因由若干外显子和内含子交替组成,外显子序列在转录后保留,而内含子序列转录过程中被剪切掉。大量分子生物学实验验证基因的剪切位点遵从GT-AG规则,然而只有很少的含GT或AG序列是真剪切位点,目前预测的准确程度仍有待提高。本研究下载了HS3D剪切位点训练数据集,对启动子剪切位点附近的序列进行了统计分析研究。当真、假序列长度在剪切位点左旁和右旁均超出各七个位点时,序列呈现很高的特异性,可以使用这些特异性序列作为特征进行训练,从而准确地识别真假剪切位点。
  • 摘要：CRISPR-Cas9系统是一种操作简单、灵活性好、识别和切割效率高的基因编辑技术,具有用于基因治疗的潜能。然而,由于该系统的主要组分Streptococcus pyogenes Cas9 (SpCas9)蛋白过大,难于向靶细胞运输,因而亟需构建截短体蛋白,以提高系统的运输效率、扩展其应用前景。前期结构研究表明,SpCas9结构域分界清晰,各结构域功能相对独立又彼此协同,易于通过对各结构域进行分步改造实现蛋白截短优化。但报道的晶体结构缺乏SpCas9的全长结构,及结构域间相互作用的关键信息。针对此问题,本文运用分子动力学(Molecular Dynamics, MD)模拟和动态网络分析方法研究SpCas9-sgRNA-DNA复合物结构。我们首先对已有晶体结构的缺失片段进行补齐,构建了一个包含全长SpCas9及DNA链的三元复合物原子结构。然后对复合物结构进行长时间尺度MD模拟,通过动态网络分析方法分析了SpCas9蛋白各结构域间的相互作用,找出影响SpCas9结构域间相互作用的关键氨基酸。与已有实验结果比较,所识别的位点是SpCas9蛋白正常工作的关键氨基酸。因此,本研究不仅可以加深人们对SpCas9作用机制的了解,也为SpCas9蛋白的优化改造提供理论指导。
  • 摘要：研究表明mRNA的序列和结构特性与蛋白质的亚细胞定位有一定关系。本文提取了细胞凋亡蛋白质的两种mRNA信息:三阅读框3-mer mRNA序列频数信息、mRNA二级结构-序列模式信息,并结合细胞凋亡蛋白质的氨基酸物理化学性质、氨基酸黏性特征和进化信息,构成特征向量来表示mRNA和蛋白质序列,利用支持向量机算法,对四种不同亚细胞位置的细胞凋亡蛋白质进行预测。研究发现融合mRNA信息与氨基酸信息后预测效果更佳,在Jackknife检验下,预测总精度达到82.18%,且独立测试集预测总精度达到78.26%。结果表明,mRNA的序列和结构特性有助于细胞凋亡蛋白质的亚细胞定位预测。
  • 摘要：本文针对目前流行的BLAST算法存在的种子检测效率不高的问题,提出了一种不同于常规查询策略的并行多种子检测算法,并基于脉动阵列结构设计和实现了一种具备同时多种子检测与并行扩展能力的算法加速器,实现了对NCBI BLAST程序前两个阶段的加速。加速器阵列采用流水工作模式,能够动态计算所有单词的匹配点位置,避免了索引结构的存储开销;采用了阵列分组和并行种子收集策略减少了有效种子数量;采用组内种子合并策略避免了冗余扩展操作;采用多种子并行扩展策略实现了无阻塞的数据库搜索,显著提高了数据库搜索效率。实验结果表明,本设计在阵列规模和时钟频率上都优于相关研究工作,相对于目前主流的通用微处理器可获得20倍以上的加速效果。
  • 摘要：黄萎病(Greensickness)属于不可治愈性病害,每年均造成巨大的经济损失。为了培育抗病植株、得到更多的互作基因对,逐次进行生物实验排除是不现实的。为了在已知少量关联基因的情况下挖掘更多的可靠基因对,本文主要使用统计技术典型相关分析(Canonical Correlation Analysis, CCA)和数据挖掘技术半监督学习(Semi-Supervised Learning, SSL)等生物信息技术对相关基因进行学习,最终实现对关联基因的预测。研究结果能够有效地指导黄萎病抗病研究的方向、精确研究范围、提高研究速度。
  • 摘要：在中国,审编是一个新领域,对各种生物学信息进行审编是今后的发展趋势。本文收集了文献中耐盐、耐旱、耐热、耐寒、抗植株矮小、抗倒伏、抗白叶枯病、抗稻瘟病这8种水稻抗逆基因,共计500个。以RiceWiki为平台,对搜集的水稻抗逆基因进行审编,发布到RiceWiki上,并对搜集的500个基因进行了分析。首先分析了抗逆基因之间的蛋白互作,得到了61个蛋白质间的78个蛋白互作。共表达分析表明有明显共表达趋势的蛋白对占21.61%,进一步表明了这些抗逆基因编码的蛋白可以互作。最后,利用argiGO对GO富集度进行了分析,结果表明和压力相关的GO语义的显著性水平较高。
  • 摘要：新药研发具有周期长、成本高、风险大等特点,往往是漫长而艰难的。药物重定位,即发现原有药物的新适应症,可有效缩短周期、降低成本、规避风险,正在成为药物研发的重要策略。近些年药物重定位发展迅速,其中联合药物靶点相互作用信息和组学数据进行药物重定位是一种可行的方法。但是现有的众多药物靶点数据库中的部分药物靶点信息缺乏实验证明,而且大多存在或遗漏或冗余的现象,各库中信息亦采用不同命名规则,难以直接用作药物重定位研究。因此我们综合整理多个数据库内容和大量文献,排除缺乏实验证明的信息,并标准化所得信息,建立了一个全新的在线药物靶点数据库。该数据库现含有766个化合物、746个靶点和2862条药物/化合物和靶点相互作用的信息。该库的建立大大简化了研究人员查询与寻找药物靶点信息的流程,能够为药物重定位提供方向和线索。
  • 摘要：由于DNA序列双螺旋结构的互补对称性质以及空间上的复杂结构,探索长距离DNA片段的匹配特征尤其是在互补关系上有着重要的意义。本文利用子串–互补串匹配技术通过对DNA序列已有结构的检测分析着重对回文序列、发夹结构等可能存在的结构进行预测。通过统计测量的方法对DNA数据进行处理,对结果进行对比分析,将测量数据转换为可视图,对批量复杂DNA序列的提取特征数据进行可视化分析。通过结果图示,可以看到选择的DNA序列中的确存在着长距离匹配结构。文中给出的可视化方法,提出的分析测量模型以及提取的测量特征可视化机制能为后续不同DNA序列数据以及结构的可视化分析的应用研究提供坚实的模型和实践基础。
  • 摘要：酶是一种具有催化功能的蛋白质,研究酶蛋白质中的超二级结构对研究酶的结构及功能有重要作用。本文从酶蛋白质序列出发,首次对酶蛋白质中的四类简单超二级结构进行研究。以位点氨基酸及其紧邻关联为参数,选取五种序列片段截取方式,采用7-交叉检验,使用矩阵打分方法预测的结果不理想;将矩阵打分值作为特征参数输入支持向量机,并用整体分类器进行加权融合,得到了较好的预测结果,预测总精度达到72.64%,Matthew’s相关系数在0.57以上,因此,基于支持向量机的整体分类器方法是一种有效的预测酶蛋白质中超二级结构的方法。
  • 摘要：在生物信息学中,建立生物二次数据库可以针对特定物种进行更深入的研究。针对分子生物学二次数据库资源平台的构建的迫切需要,利用biosql构建了分子生物学二次数据库,运用tomcat 6.0 + Myeclipse + mysql技术,MVC开发模式,实现了以抗逆基因为例的web资源数据库平台。该平台解决了分子生物二次数据库的构建与抗逆基因数据自动获取,能及时接受研究者数据的上传和抗逆基因的快速检索。该平台同样可以应用到其他类别的分子生物,加快了对某一范围内分子生物学的研究,使研究更具针对性。
  • 摘要：多肽–蛋白质的相互作用在生物细胞中发挥着各种各样重要的作用。通常情况下,它们之间的结合信息是未知的。所以,利用计算方法预测结合位点具有重要意义。而以Rosetta为代表的常用对接软件通常具有很强的初始位置依赖性。为克服这一局限性,本研究提出了一种全局对接的方法,以受体蛋白为球状系统的中心,将多肽平均地分布在球面26个位置上;同时定义了一个区分天然结合构象和非天然结合构象的筛选参数。用上述方法预测多肽–蛋白质的结合构象,结果显示该方法能成功预测蛋白质的结合位点,且多数多肽的预测构象的Cα-RMSD在5.5 Å以下。因此,研究结果表明,所发展的方法在蛋白质多肽结合位点预测方面有很好的应用价值。
  • 摘要：近年来关于抗逆基因的研究,越来越受研究者们的关注,在新疆尤其重视抗干旱基因的研究。基于这些因素,本文根据LEA基因(late embriogenesis abundant gene, LEA)的保守结构域所在片段(下文简称保守结构片段)和相应的关键词,基于BioPerl设计了从NCBI中精确下载LEA基因序列的程序。此程序不仅解决了LEA基因的精确获取,同时也为不同类型序列的精确下载,提供了一种较好的解决办法。
  • 摘要：DNA序列作为一种复杂的遗传信息,其具体特性不仅体现在编码序列之中,也包含在非编码序列之中。在高等生物体中主要基因成分为非编码序列,在ENCODE计划中,有证据表明,在人类基因中有98%为非编码形式,其中80%具有功能性,所以对编码区和非编码区的研究已经成为一类重要研究热点。本文提供的模型和实验结果,使用图形表示方法对编码区以及非编码区基因的差异进行区分。该模型采用的是对编码区以及非编码区的DNA序列进行分段概率测量,从而对不同的基因特征分布进行比较。
  • 摘要：本文以二维耦合Fitzhugh-Nagumo (FHN)神经元细胞体系为研究对象,考察了老龄化因素对神经元细胞耦合网络中螺旋波稳定性的影响。研究结果表明,随着细胞死亡比例的增加,一定数量的死亡细胞像杂质一样随机分布于机体组织中,导致神经元网络中的螺旋波容易出现破裂甚至死亡现象。其次,在一定程度的细胞老龄化条件下,若引入外界一定频率的电信号刺激,则可以在一定程度上减轻或抑制螺旋波的破裂。最后,通过计算细胞膜电压的同步因子,进一步分析了体系的耦合强度、外界刺激信号强度均可以减轻老龄化的负面效应,发现这些因素对维持螺旋波的稳定性有一定调控作用。
  • 摘要：黄单胞菌是一类重要的作物病原菌,其信号转导机制及其与寄主植物的相互作用一直是微生物学、植物病理学及植物学工作者研究的热点问题。c-di-GMP是一种广泛存在于细菌中的第二信使分子,参与细菌的粘附、胞外多糖的合成、生物膜形成、运动性及毒力等许多细菌生理过程的调节。c-di-GMP主要由含有GG(D/E)EF结构域的二鸟苷酸环化酶合成,由含有EAL或HD-GYP结构域的磷酸二酯酶降解,其在胞内的浓度受到二鸟苷酸环化酶与c-di-GMP特异性磷酸二酯酶的协同调节。本文对黄单胞菌属中十五株具有完整基因组序列的菌株中含有这三类结构域的蛋白进行了包括分布规律、进化树、COG及GO分析在内的生物信息学分析,揭示了GG(D/E)EF、EAL与HD-GYP结构域蛋白在黄单胞菌属中的进化差异及其与侵染对象的关联性;研究结果也表明这些结构域蛋白主要为信号转导蛋白,参与基因转录和细胞运动。这些结果为构建c-di-GMP介导的调控网络和寻找新的控制黄单胞菌的药物靶标奠定了良好的基础。
  • 摘要：背景:玉米在我国各地均有栽培,因为其生长周期短,生长期内要求温暖多雨。河北省是玉米产量大省,为了提高产量每年的夏玉米增产计划是必不可少的,方法:对14个玉米品种的10个农艺性状应用R软件进行相关分析、聚类分析,主成分分析和因子分析。为河北夏玉米早熟组高产玉米品种选育和品种(组合)评价利用提供理论依据。结论:1) 京试96-3,中玉11号,沧9005 × 冀815,150-4 × H21等几个综合性状是较为优良的组合。2) 产量因子,穗粗因子,生长因子,密度因子都能影响玉米的产量,从而影响经济产量。
  • 摘要：本文采用兔子心脏的窦房结–心房组织完整的二维细胞解剖模型,通过计算机仿真模拟研究了酸碱平衡失调对细胞膜电压形成及传导过程的影响。模拟结果显示,一方面,可以观测到,当机体呈现一定程度的酸中毒或碱中毒时,窦房结起搏活动发生阻滞,这与临床上酸碱平衡失调引起心血管系统的功能障碍相吻合;另一方面,可以通过引入适当的外界低频信号刺激来消除这种死振,从而让窦房结组织重新恢复正常搏动功能。上述结果将有助于揭示酸碱平衡失调对复杂的心脏体系内在机能的影响,对人类心血管疾病的临床诊断与治疗有一定的理论指导作用。
  • 摘要：基因测序技术在过去的二十几年里取得了突飞猛进的发展,随着以高通量,短读取,低成本为特点的新一代基因测序技术的问世,测序一个物种全基因的时间和成本大大降低。基于下一代测序技术的全基因组装算法和软件相继开发出来,目前比较成熟的基因组装算法大约有二十种左右。由于基因组装问题本身的复杂性,目前还没有针对不同组装算法的具体设计步骤,操作环境,应用范围等方面的调研。基于此本文简要调研了现有的十二种具有代表性的基因组装算法,系统的分析了每种算法的设计步骤,算法原理,操作环境以及应用。这篇调研对于如何设计基因组装算法,对于不同的基因数据如何选择更加合适的基因组装算法和软件提供了一定的指导。

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