鸡NRF1基因启动子区生物信息学分析

摘要

NRF1(Nuclear Respiratory Factor 1)是调控线粒体功能的重要转录因子。笔者前期研究发现NRF1负调控鸡PPARγ基因,并抑制鸡前脂肪细胞的分化。但是,目前鸡脂肪生成中影响NRF1基因表达的机制尚不清楚。本研究重点开展了鸡NRF1基因启动子区的生物信息学分析。利用NCBI获得鸡NRF1基因启动子区序列;利用DNAMAN软件对鸡与人或鼠NRF1基因启动子区序列相似性进行分析;利用JASPAR在线软件预测鸡NRF1基因启动子区域潜在的转录因子结合位点;利用在线CpG岛预测软件EMBOSS Cpgplot和MethPrimer对鸡NRF1基因启动子区序列进行分析。DNAMAN序列比对发现,鸡NRF1基因启动子序列与人和鼠相似性分别为36.41%和38.00%。转录因子预测分析发现,鸡NRF1启动子区有GATA1、KLF4、SP1、Myc、C/EBPβ、RUNX1和TCF12等转录因子潜在结合位点。CpG岛预测分析结果表明,鸡NRF1基因启动子区未发现CpG岛。本研究结果有助于了解鸡NRF1基因启动子区的结构和功能,为后续开展鸡NRF1基因的转录调控研究奠定了基础。