CpG岛

摘要： HOX基因不仅对脊椎类动物的发育非常重要,而且还调节其器官分化和参与多个系统的发育,是细胞增殖和分化的主控基因,然而HOX基因调控肌肉发育和分化的研究还未见报道。本文研究了2种饲养方式(放牧和舍饲)绵羊的后腿8种肌肉(臀中肌、胫骨前肌、股四头肌、趾深屈肌、阔筋膜张肌、腓肠肌、腓骨长肌和半膜肌)中HOXB5和HOXC6基因的DNA甲基化图谱,旨在揭示HOXB5和HOXC6基因与绵羊肌肉组织分化之间的关系。首先,利用在线生物软件Methprimer预测HOXB5和HOXC6基因的CpG岛设计引物。然后,使用亚硫酸盐测序的方法,绘制2种绵羊的HOXB5和HOXC6基因的甲基化图谱。最后,通过比较8种后腿肌肉组织的甲基化概率,分析绵羊不同肌肉组织以及2种绵羊的差异性。结果表明,2种饲养方式下绵羊8种后腿肌肉组织的HOXB5和HOXC6基因甲基化概率各不相同;不同基因在同一绵羊后腿的8个肌肉组织中发生的CpG岛甲基化有明显差异,同一基因在2种饲养方式下绵羊后腿的8个肌肉组织中CpG岛甲基化概率也明显不同。由此推测,饲养方式影响HOXB5和HOXC6基因的甲基化,HOXB5和HOXC6基因的甲基化通过调控转录继而影响不同肌肉组织的分化和功能。

摘要： 为了研究山羊血小板白细胞C激酶底物同源性样结构域蛋白家族A成员2 (pleckstrin homology-like domain family A member 2, PHLDA2)基因表达水平与其启动子甲基化状态相关性,试验采用RT-PCR方法检测PHLDA2在各组织间的表达水平(心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肌肉、脂肪、舌、大脑、胎盘),以及扩增了山羊PHLDA2基因启动子区域序列,并利用Methylation specific PCR技术检测CpG岛在山羊各组织间的甲基化水平。结果表明:克隆得到的山羊PHLDA2 1842 bp的启动子序列与绵羊、牛PHLDA2启动子同源性分别达93.2%和87.9%;启动区CpG岛内第三位点CpG的甲基化频率和胎盘第一外显子区域甲基化水平显著低于其他组织(P 0.05)。说明PHLDA2的mRNA相对表达量水平与启动子区CpG岛(−302~−88 bp)内第三个CpG位点甲基化频率和第一外显子CpG岛(49~333 bp)甲基化水平呈负相关。

摘要： 结直肠癌是我国常见的恶性肿瘤,病死率高,近年发病率呈上升趋势。在肿瘤发生发展过程中,遗传物质的异常改变发挥了重要作用。但表观遗传学的出现,改变了人类对遗传信息的认知,表观遗传学逐渐成为肿瘤研究领域的热点。表观遗传学改变涉及染色质的任何组分,常见的表观遗传学调控包括DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重塑以及非编码RNA调控。DNA甲基化是结直肠癌中最常见的表观遗传学改变。与正常细胞相比,肿瘤细胞的DNA甲基化模式被严重破坏。

摘要： 目的:探讨热预适应通过调节过氧化物酶体增殖物活化受体γ协同刺激因子-1α(peroxisome proliferator-activated receptor-γcoactivator-1α,PGC-1α)基因的启动子甲基化修饰从而延缓运动疲劳发生的机制。方法:选取12只8周龄雄性SD大鼠随机分成热预适应组(n=6)与正常对照组(n=6),热预适应组经过42°C热应激处理15min,每天间隔处理3次,连续处理7d,结束后每组取3只SD大鼠采集肌肉组织进行启动子甲基化检测,随后利用生物信息学软件预测SD大鼠肌肉组织中PGC-1α基因的CpG岛,针对CpG岛设计检测引物,采用重亚硫酸盐的测序法分析肌肉组织内PGC-1α基因启动子区CpG岛的甲基化程度,同时采用Western Blot法检测PGC-1α蛋白表达情况。将每组的另3只大鼠进行跑台一次性力竭运动,记录力竭时间。结果:热预适应处理显著延缓了运动疲劳的发生。同时,与对照组PGC-1α基因启动子区域CpG岛高度甲基化(50.20%±3.13%或48.78%±3.38%)相比,热预适应处理显著降低了PGC-1α基因的甲基化(18.57%±2.12%或19.80%±1.99%),但热预适应组PGC-1α基因的蛋白表达量却显著高于对照组。因此,SD大鼠在1w的热预适应过程中PGC-1α基因启动子区CpG岛的甲基化模式发生了显著变化,即随着热预适应处理时间的增加,PGC-1α基因启动子区甲基化程度逐渐降低,但PGC-1α基因的表达量显著升高。结论:对大鼠进行热预适应处理可以通过降低PGC-1α启动子的甲基化水平增加PGC-1α基因的表达量,这可能是热预适应通过PGC-1α基因启动子甲基化水平的改变延缓运动疲劳发生的机制之一。

摘要： NRF1(Nuclear Respiratory Factor 1)是调控线粒体功能的重要转录因子。笔者前期研究发现NRF1负调控鸡PPARγ基因,并抑制鸡前脂肪细胞的分化。但是,目前鸡脂肪生成中影响NRF1基因表达的机制尚不清楚。本研究重点开展了鸡NRF1基因启动子区的生物信息学分析。利用NCBI获得鸡NRF1基因启动子区序列;利用DNAMAN软件对鸡与人或鼠NRF1基因启动子区序列相似性进行分析;利用JASPAR在线软件预测鸡NRF1基因启动子区域潜在的转录因子结合位点;利用在线CpG岛预测软件EMBOSS Cpgplot和MethPrimer对鸡NRF1基因启动子区序列进行分析。DNAMAN序列比对发现,鸡NRF1基因启动子序列与人和鼠相似性分别为36.41%和38.00%。转录因子预测分析发现,鸡NRF1启动子区有GATA1、KLF4、SP1、Myc、C/EBPβ、RUNX1和TCF12等转录因子潜在结合位点。CpG岛预测分析结果表明,鸡NRF1基因启动子区未发现CpG岛。本研究结果有助于了解鸡NRF1基因启动子区的结构和功能,为后续开展鸡NRF1基因的转录调控研究奠定了基础。

摘要： NRF1 (Nuclear Respiratory Factor 1)是调控线粒体功能的重要转录因子.笔者前期研究发现NRF1负调控鸡PPARγ基因,并抑制鸡前脂肪细胞的分化.但是,目前鸡脂肪生成中影响NRF1基因表达的机制尚不清楚.本研究重点开展了鸡NRF1基因启动子区的生物信息学分析.利用NCBI获得鸡NRF1基因启动子区序列;利用DNAMAN软件对鸡与人或鼠NRF1基因启动子区序列相似性进行分析;利用JASPAR在线软件预测鸡NRF1基因启动子区域潜在的转录因子结合位点;利用在线CpG岛预测软件EMBOSS Cpgplot和MethPrimer对鸡NRF1基因启动子区序列进行分析.DNAMAN序列比对发现,鸡NRF1基因启动子序列与人和鼠相似性分别为36.41％和38.00％.转录因子预测分析发现,鸡NRF1启动子区有GA-TA1、KLF4、SP1、Myc、C/EBPβ、RUNX1和TCF12等转录因子潜在结合位点.CpG岛预测分析结果表明,鸡NRF1基因启动子区未发现CpG岛.本研究结果有助于了解鸡NRF1基因启动子区的结构和功能,为后续开展鸡NRF1基因的转录调控研究奠定了基础.

摘要： 目的 分析人血红素加氧酶-1(hHO-1)基因启动子区序列特点,转录因子结合位点种类及CpG岛位置.方法 利用美国国立生物技术信息中心(NCBI)数据库获取hHO-1基因序列和启动子序列,SoftBer-ry分析hHO-1基因核心启动子位置,PROMO和Gene Regulation分析转录因子结合位点种类,MethPrimer 2.0和CpGFinder预测CpG岛位置.结果 hHO-1基因位于22q12.3,全长13112 bp.转录起始点上游约1995 bp范围内为启动子区域,hHO-1启动子区含79种转录因子结合位点和1个CpG岛.结论 hHO-1基因启动子能预测出多种转录因子结合位点,可为更深入地研究hHO-1基因的调控机制及其在抗逆方面的潜在作用提供理论基础.

摘要： 目的 通过甲基化芯片(DNA Immunoprecipitation chip assay)对叶酸缺乏导致人正常喉黏膜细胞的DNA甲基化状态变化情况进行筛查,探讨叶酸缺乏引起抑癌基因P15 CpG岛甲基化异常与喉癌的关系.方法 通过甲基化芯片对低叶酸浓度培养的喉黏膜细胞中基因启动子区CpG岛的甲基化状态进行检测,筛查出的相应位点在喉癌组织样本进行验证.结果 通过甲基化芯片从低叶酸组筛选到了11个基因启动子区CpG岛发生了超甲基化的改变.与正常喉黏膜组织对比,癌组织中P15基因甲基化更高,但P15基因甲基化与喉癌临床病理特征无关(P>0.05).结论 叶酸缺乏导致人正常喉黏膜上皮细胞DNA甲基化状态的改变可能与喉癌的发生相关.

摘要： [目的]观察胃癌细胞系中小窝蛋白-1(Caveolin-1,Cav-1)基因不同亚型的表达水平,探讨影响其基因转录调控的甲基化修饰途径.[方法]选择Cav-1基因表达水平不同的胃癌细胞系,应用实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time quantitative polymerase chain reaction,Real-time qPCR)检测不同胃癌细胞系中Cav-1基因的两个亚型α和β的mRNA水平,之后利用磷酸胞苷酰(基)鸟苷(cytidylyl phosphate guanosine,CpG)岛在线预测软件对其启动子区和第一外显子区CpG岛分布情况进行分析,最后应用甲基化qPCR对其甲基化水平进行检测.[结果]Real-time qPCR结果显示,人胃癌细胞MGC-803中Cav-1以及Cav-1α的表达分别是人正常胃黏膜上皮细胞GES1的(1.782±0.489)倍和(2.604±0.945)倍,差异均有统计学意义(P0.05).利用CpG岛在线预测软件分析结果表明,人Cav-1α基因的启动子区存在一个174bp大小的CpG岛,该岛位于相对于转录起始位点(transcription start stecte,TSS)+1的-250～-77区域内,包含了17个CG位点.甲基化qPCR检测发现,Cav-1α基因启动子区-158～-77区域处于去甲基化状态,则Cav-1α的mRNA表达水平较高,相反,该区域处于高度甲基化状态,则其mRNA表达较低.[结论]人胃癌细胞中Cav-1的表达主要与其α亚型的表达相关,与β亚型无关;并且其启动子区CpG岛内-158～-77区域的甲基化修饰程度与其mRNA转录调控水平密切相关.

摘要： 为了探究猪CFL2基因在猪肌肉组织中的甲基化情况,本实验运用生物信息学方法对猪CFL2基因启动子区CpG岛进行预测,并采用甲基化特异性PCR(MSP)和重亚硫酸盐测序(BSP)分析猪CFL2基因启动子区CpG岛的甲基化状态.生物信息学研究发现,猪CFL2基因启动子区存在CpG岛,并且在启动子区的995～2045bp区域的GC分布密集.通过BSP法证明了长白猪CFL2基因启动子区CpG岛出现甲基化,MSP法出现部分甲基化,提示只有一条链被甲基化,为猪CFL2基因在肌肉组织中的表达可能受甲基化调节提供了理论基础.

摘要： 为了探究猪CFL2基因在猪肌肉组织中的甲基化情况,本实验运用生物信息学方法对猪CFL2基因启动子区CpG岛进行预测,并采用甲基化特异性PCR(MSP)和重亚硫酸盐测序(BSP)分析猪CFL2基因启动子区CpG岛的甲基化状态.生物信息学研究发现,猪CFL2基因启动子区存在CpG岛,并且在启动子区的995～2045bp区域的GC分布密集.通过BSP法证明了长白猪CFL2基因启动子区CpG岛出现甲基化,MSP法出现部分甲基化,提示只有一条链被甲基化,为猪CFL2基因在肌肉组织中的表达可能受甲基化调节提供了理论基础.

摘要： 为了探究猪CFL2基因在猪肌肉组织中的甲基化情况,本实验运用生物信息学方法对猪CFL2基因启动子区CpG岛进行预测,并采用甲基化特异性PCR(MSP)和重亚硫酸盐测序(BSP)分析猪CFL2基因启动子区CpG岛的甲基化状态.生物信息学研究发现,猪CFL2基因启动子区存在CpG岛,并且在启动子区的995～2045bp区域的GC分布密集.通过BSP法证明了长白猪CFL2基因启动子区CpG岛出现甲基化,MSP法出现部分甲基化,提示只有一条链被甲基化,为猪CFL2基因在肌肉组织中的表达可能受甲基化调节提供了理论基础.

摘要： 为了探究猪CFL2基因在猪肌肉组织中的甲基化情况,本实验运用生物信息学方法对猪CFL2基因启动子区CpG岛进行预测,并采用甲基化特异性PCR(MSP)和重亚硫酸盐测序(BSP)分析猪CFL2基因启动子区CpG岛的甲基化状态.生物信息学研究发现,猪CFL2基因启动子区存在CpG岛,并且在启动子区的995～2045bp区域的GC分布密集.通过BSP法证明了长白猪CFL2基因启动子区CpG岛出现甲基化,MSP法出现部分甲基化,提示只有一条链被甲基化,为猪CFL2基因在肌肉组织中的表达可能受甲基化调节提供了理论基础.

摘要： 为了探究猪CFL2基因在猪肌肉组织中的甲基化情况,本实验运用生物信息学方法对猪CFL2基因启动子区CpG岛进行预测,并采用甲基化特异性PCR(MSP)和重亚硫酸盐测序(BSP)分析猪CFL2基因启动子区CpG岛的甲基化状态.生物信息学研究发现,猪CFL2基因启动子区存在CpG岛,并且在启动子区的995～2045bp区域的GC分布密集.通过BSP法证明了长白猪CFL2基因启动子区CpG岛出现甲基化,MSP法出现部分甲基化,提示只有一条链被甲基化,为猪CFL2基因在肌肉组织中的表达可能受甲基化调节提供了理论基础.

摘要： 目的：观察辛基酚对雄性大鼠精子印记基因(Igf2, Peg3)DMR区CPG岛甲基化的影响.方法：青春期大鼠口服辛基酚28d及停药天后的35d,分离大鼠附睾尾部成熟精子,提取DNA,应用亚硫酸盐处理测序的方法检测精子印记基因(Igf2, Peg3)DMR区CPG岛甲基化状态.结果：辛基酚并没有影响Peg3DMR甲基化模式的改变,但Igf2 DMR2区域非甲基化程度有所增高.结论：辛基酚可导致精子印记基因Igf2 DMR2区域甲基化状态异常,具体表现为CPG位点中胞嘧啶甲基丢失,但并没有影响母源印记基因Peg3的非甲基化状态.

摘要： 目的：观察辛基酚对雄性大鼠精子印记基因(Igf2, Peg3)DMR区CPG岛甲基化的影响.方法：青春期大鼠口服辛基酚28d及停药天后的35d,分离大鼠附睾尾部成熟精子,提取DNA,应用亚硫酸盐处理测序的方法检测精子印记基因(Igf2, Peg3)DMR区CPG岛甲基化状态.结果：辛基酚并没有影响Peg3DMR甲基化模式的改变,但Igf2 DMR2区域非甲基化程度有所增高.结论：辛基酚可导致精子印记基因Igf2 DMR2区域甲基化状态异常,具体表现为CPG位点中胞嘧啶甲基丢失,但并没有影响母源印记基因Peg3的非甲基化状态.

摘要： 目的：观察辛基酚对雄性大鼠精子印记基因(Igf2, Peg3)DMR区CPG岛甲基化的影响.方法：青春期大鼠口服辛基酚28d及停药天后的35d,分离大鼠附睾尾部成熟精子,提取DNA,应用亚硫酸盐处理测序的方法检测精子印记基因(Igf2, Peg3)DMR区CPG岛甲基化状态.结果：辛基酚并没有影响Peg3DMR甲基化模式的改变,但Igf2 DMR2区域非甲基化程度有所增高.结论：辛基酚可导致精子印记基因Igf2 DMR2区域甲基化状态异常,具体表现为CPG位点中胞嘧啶甲基丢失,但并没有影响母源印记基因Peg3的非甲基化状态.

摘要： 目的：观察辛基酚对雄性大鼠精子印记基因(Igf2, Peg3)DMR区CPG岛甲基化的影响.方法：青春期大鼠口服辛基酚28d及停药天后的35d,分离大鼠附睾尾部成熟精子,提取DNA,应用亚硫酸盐处理测序的方法检测精子印记基因(Igf2, Peg3)DMR区CPG岛甲基化状态.结果：辛基酚并没有影响Peg3DMR甲基化模式的改变,但Igf2 DMR2区域非甲基化程度有所增高.结论：辛基酚可导致精子印记基因Igf2 DMR2区域甲基化状态异常,具体表现为CPG位点中胞嘧啶甲基丢失,但并没有影响母源印记基因Peg3的非甲基化状态.

摘要： 目的：观察辛基酚对雄性大鼠精子印记基因(Igf2, Peg3)DMR区CPG岛甲基化的影响.方法：青春期大鼠口服辛基酚28d及停药天后的35d,分离大鼠附睾尾部成熟精子,提取DNA,应用亚硫酸盐处理测序的方法检测精子印记基因(Igf2, Peg3)DMR区CPG岛甲基化状态.结果：辛基酚并没有影响Peg3DMR甲基化模式的改变,但Igf2 DMR2区域非甲基化程度有所增高.结论：辛基酚可导致精子印记基因Igf2 DMR2区域甲基化状态异常,具体表现为CPG位点中胞嘧啶甲基丢失,但并没有影响母源印记基因Peg3的非甲基化状态.

摘要： 本发明提供一种微量DNA中甲基化CpG岛高通量测序方法，包括步骤：1)将DNA样品进行亚硫酸盐处理；2)将步骤1)中获取的处理样品加入到含有引物A的PCR体系中进行线性扩增；3)向步骤2)中的PCR产物中加入具有单链DNA剪切活性的核酸外切酶，反应后使核酸外切酶失活；4)将步骤3)中的产物加入到含有引物B的PCR体系中进行线性扩增；5)将步骤4)中的产物加入含有相应接头引物C和接头引物D的PCR体系中进行扩增；6)将步骤5)中的PCR产物进行纯化获得具有特异长度的DNA文库，并进行测序。本发明采用多步PCR的方法直接富集微量DNA序列中甲基化CpG岛序列对待测目的片段进行高通量测序效率极高。

摘要： 甲基化CpG岛的高通量测序检测方法，包括：用修饰剂处理DNA样品，将DNA样品中的胞嘧啶转换为尿嘧啶，而5’甲基胞嘧啶不变；所得片段用引物A和DNA聚合酶扩增，获得一端能够锚定接头引物C的片段；所得片段用引物B和DNA聚合酶扩增，获得富集甲基化CpG岛且两端能够分别锚定接头引物C和D的片段；所得片段用接头引物C、D和DNA聚合酶进行PCR指数扩增，获得扩增产物；扩增产物分离纯化，构成高通量测序文库、上机测序及数据分析。在高CpG频率引物对修饰剂转换的基因组DNA中的甲基化CpG岛进行富集性扩增的同时通过三步PCR反应将接头序列连接到待测目的片段，以富集甲基化CpG岛及构建高通量测序文库。

摘要： 本发明公开了检测SFRP2基因CpG岛的CG甲基化的引物、方法和试剂盒，所述引物包括从样本核酸中扩增SFRP2基因CpG岛上与肠癌有关的三个CG位点的DNA片段的特异性引物和对获得的核酸片段进行焦磷酸测序的引物。通过本发明的引物、方法和试剂盒，采用焦磷酸测序技术，可检测出与大肠癌易感性相关的SFRP2基因甲基化的频率，从而筛查出早期大肠癌易感人群，特异性好，准确度高，而且能高通量检测样本。

摘要： 本发明采用亚硫酸盐扩增子测序技术，通过特异性引物对1和特异性引物对2对AJUBA基因启动子CpG岛在非小细胞肺癌和正常组织中的差异甲基化位点进行分析，同时采用引物对3通过Sanger测序法分析该启动子的突变，结果发现在非小细胞肺癌肿瘤和正常组织间的差异甲基化位点，同时实验结果表明AJUBA启动子的单核苷酸变异与肿瘤患者的不良预后相关，因此AJUBA基因可以作为潜在的肺癌预后的分子标志物。

摘要： 本申请公开了一种用于CpG岛甲基化表型检测的试剂盒及其应用。本申请的试剂盒，包括CACNA1G基因甲基化检测试剂、IGF2基因甲基化检测试剂、NEUROG1基因甲基化检测试剂、RUNX3基因甲基化检测试剂和SOCS1基因甲基化检测试剂中的至少一种，以及内参β‑Actin基因检测试剂。五个靶标基因的检测试剂各自包括特异性上下游引物、甲基化探针和非甲基化探针，内参β‑Actin基因检测试剂包括内参基因特异性上下游引物和探针。本申请的试剂盒，能够检测五个靶标基因的甲基化情况，高灵敏度、高准确性的实现CpG岛甲基化表型检测；为患者个体化精准用药指导、药效评估以及靶向治疗动态监测提供了重要的参考依据。

摘要： 本发明公开了基于焦磷酸测序技术的TIMP3基因启动子区域CPG岛甲基化检测的方法，以此实现TIMP3基因启动子区域CPG岛甲基化的定量检测。其中所使用的针对该段基因的特异性扩增引物序列如TIMP3‑F和TIMP3‑R所示，针对扩增引物进行焦磷酸测序的测序引物如TIMP3‑S所示。本发明中所示引物及方法将有助于对肿瘤进行早期诊断，对癌症筛查具有重要意义。

摘要： 本发明公开了一种MGMT启动子区CpG岛的甲基化程度检测方法，步骤包括：1）重亚硫酸盐转化DNA；2）对重亚硫酸盐转化后的DNA，使用建库正向引物和建库反向引物进行PCR扩增并建库；3）对步骤2）的扩增产物进行纯化，获得甲基化检测文库；4）对所述文库进行定量并二代测序，获得MGMT启动子区CpG岛的甲基化程度数据。本发明通过快速靶向捕获MGMT启动子甲基化特异检测区，在一次扩增重亚硫酸盐转化的样本DNA的同时，合并完成建库，从而缩短了检测时间，提高了一次检测的位点数和检测通量。

摘要： 本发明涉及一种基于遗传算法和隐马尔可夫模型的CpG岛识别方法，包括以下步骤：1）获取多个包括有基因元素的染色体，每一基因元素均采用实数表示，多个编码染色体构成一组隐马尔可夫模型参数；2)采用适应度函数确定所述每一染色体的适应度值，所述适应度值用来表示染色体优劣程度；3）采用遗传算法，根据所述适应度值，对所述染色体执行寻优过程，然后再重新确定寻优后的染色体适应度值；4）迭代适用步骤3），当满足设定终止条件后，输出最优隐马尔可夫模型参数；5）采用输出的最优隐马尔科夫模型参数，在给定观察序列的基础上，确定生成所述观察序列的最大概率隐藏状态序列，用来表示CpG岛的位置。

摘要： 本发明公开了一种检测SEPT9基因不同Cpg岛甲基化的试剂盒及应用。所述试剂盒中含有核苷酸序列如SEQ ID NO.1—6所示的探针。所述试剂盒中的探针可用于制备结直肠癌检测试剂。

摘要： 本发明公开了一种用于检测DACT2基因启动子区的CpG岛甲基化的PCR引物、方法和试剂盒，所述用于检测DACT2基因启动子区的CpG岛甲基化的PCR引物的碱基序列为：上游引物：5’-TGGTTATAGATTTTAGTTTATTTTGG-3’，下游引物：5’-CAACCCCTACAACTCCTACAAC-3’。所述方法采用直接亚硫酸氢盐基因组测序法，所述试剂盒包含所述用于检测DACT2基因mRNA表达的PCR引物。通过本发明的PCR引物、方法和试剂盒，可检测出与结肠癌病人生存预后相关的DACT2基因甲基化，特异性好，准确度高。