高通量全基因组测序法对尿道致病性大肠埃希菌NB8株毒力因子数据的初步分析

摘要

目的：调查1株尿道致病性大肠埃希菌（UPEC）NB8株携带的毒力因子和可能存在的致病机制。方法：UPECNB8株分离自2012年4月宁波市第一医院住院患者尿液标本，做16SrDNA和gyrA基因测序BLASTn比对确认为UPEC，用IlluminaHiSeq与IonTorrentPGM这2种大规模并行测序仪进行全基因组分析，再进行人工测序补缺口。再对NB8株做毒力因子数据挖掘和分析，最后把NB8株和9株全基因组测序的UPEC的毒力因子做比较基因组学研究。结果：UPECNB8株全基因组测序得到一条推定的染色体序列，长4550369bp（内含14个缺口）。推定的质粒序列，长635377bp（内含33个缺口）。NB8株全基因组中挖掘出黏附（黏附素、P菌毛、1型菌毛、大肠埃希菌共同菌毛）、铁摄取系统（产气菌素、血红素摄取、肠杆菌素）、蛋白酶（分泌自转运毒素）、毒素（溶血素）、抗原43、SHI-2毒力岛等多种毒力因子。结论：UPECNB8株中检出的多种毒力因子可能会在细菌黏附、侵袭、溶细胞活性、细胞毒性等方面起着重要作用，并能增强细菌的生存能力和致病力，导致宿主的泌尿道感染。全基因组测序技术具有超高速、高通量、低成本和高效益的优势，值得推广。