基于12SrRNA和16SrRNA序列的龟鳖类系统进化特征研究

摘要

【目的】研究龟鳖类的系统进化关系,为龟鳖类资源的保护和合理开发利用提供理论依据。【方法】采用PCR扩增和测序的方法,获得小鳄龟（Chelydra serpentina）的12S rRNA和16S rRNA序列,分别结合NCBI中其他龟鳖的同源性序列进行比对分析;基于Kimura双参数模型计算龟鳖类种间、属间、科间的遗传距离;采用邻接（NJ）法、最大简约（MP）法和最大似然（ML）法构建分子系统进化树。【结果】经比对后得到394bp的12S rRNA一致序列和544bp的16SrRNA一致序列,二者合并得到938bp的联合序列。其中,可变位点327个,序列总变异率为34.9%,简约信息位点222个,单变异多态位点105个。T、C、A、G的平均含量分别为23.6%、24.1%、33.5%和18.7%,A＋T含量为57.1%,G＋C含量为42.8%。在327个可变位点中,转换数为61,颠换数为24,转换/颠换比率（R）为2.54。拟水龟属间的遗传距离为0.021～0.060,平均为0.467;淡水龟科8属之间的遗传距离为0.022～0.110,平均为0.0724;曲颈龟亚目7科（除平胸龟属外）间的遗传距离为0.071～0.123,平均为0.105。分子系统进化树显示,木纹龟属首先和陆龟科聚在一起,然后再与淡水龟科汇聚;中华花龟、大头乌龟与拟水龟属的成员相互镶嵌,聚成一支;鳄龟科、海龟科、棱皮龟科聚为一支;动胸龟科独成一支。【结论】应将龟亚科、淡水龟亚科提升为龟科、淡水龟科,并将大头乌龟、中华花龟并入拟水龟属,而平胸龟应从鳄龟科中分离出来,独立自成平胸龟科。