白蛋白和石墨烯的结构及其相互作用的分子动力学模拟

摘要

采用分子动力学模拟的方法分析研究了白蛋白与石墨烯表面的相互作用．分子模拟过程采用Gromacs软件进行运算及数据采集分析，并采用VMD软件实现结构的可视化．首先，建立周期边界条件，在边长为9nm的有限空间中采用恒温恒压系综，对ffgmx力场条件下的白蛋白原始真空构象进行优化，使其在水相中达到平衡态．然后，以水相中得到的稳定的白蛋白作为模型，构建与石墨烯相互作用的总体构象及界面．最后，在周期性边界条件下，经过500ps的动态过程，完成了白蛋白在石墨烯表面的吸附．对能量、残基轨迹、扭转角等数据进行分析总结，确定了白蛋白在石墨烯表面的吸附位点为白蛋白序列中90～97号肽段90ALA-91GLY-92ILE一93THR_94SER_95ASP_q6PHE．97TYR．