萝卜全基因组SUS基因家族成员的鉴定与分析

摘要

利用生物信息学方法,对萝卜全基因组SUS基因家族成员进行鉴定与表达分析,结果表明:1)从萝卜基因组中鉴定出7个SUS基因家族成员,且每个家族成员均包含3个保守基序,外显子数量为11～14个.2)根据进化树聚类结果,7个SUS基因家族成员可分为3大类,即SUS Ⅰ、SUS Ⅱ和SUS Ⅲ,它们分别包含2个、2个和3个SUS基因家族成员.3)这7个SUS基因家族成员分布在4条染色体上,7号染色体上分布有3个SUS基因家族成员,9号染色体上分布有2个SUS基因家族成员,3号和4号染色体分别有1个SUS基因家族成员.4)萝卜SUS基因家族成员启动子包括参与激素响应、参与环境响应和抗性、参与厌氧诱导及分生组织表达的顺式作用元件.5)RsSUS1基因的2个拷贝(即Rsa10035816和Rsa10021071)在萝卜不同组织和不同发育时期的表达量均较高.以上研究为萝卜SUS基因家族成员的生物学功能分析提供了基础.