用生物信息学方法分析鉴定肺腺癌中的hub基因

摘要

从高通量基因表达数据库（Gene Expression Omnibus,GEO）中获得基因表达谱序列号，并使用R中的“limma”包对差异表达基因（Differentially Expressed Genes,DEGs）进行鉴定。为确定差异基因所涉及的生物学过程及信号通路，进行了基因本体论（Gene Ontology,GO）富集分析和基因组的京都百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）富集分析，研究发现DEGs主要与细胞外基质组织、细胞外结构组织和有丝分裂的细胞核分裂有关，其主要富集在补体和凝血级联、细胞外基质受体相互作用和黏着作用的通路上。采用蛋白质-蛋白质互作（Protein-Protein Interaction,PPI）网络分析得到了由716个DEGs网络节点和3759条边构成的PPI网络，并在其中初步筛选出20个hub基因。通过加权基因共表达网络分析（Weighted Gene Co-expression Network Analysis,WGCNA）从DEGs中得到了18个模块，对hub基因进行鉴定，筛选出17个hub基因。使用Oncomine数据库对hub基因在肺腺癌患者与正常人的表达情况进行Meta分析，共鉴定出16个hub基因与肺腺癌相关。对肺腺癌患者进行总体生存分析，发现hub基因高表达患者总生存期比低表达患者短。