北京地区呼吸道合胞病毒分离株F蛋白基因序列分析

摘要

目的分析中国北京地区4株呼吸道合胞病毒(RSV)F蛋白的基因序列并与RSV原型株A2进行比较,得出中国北京地区RSV F蛋白基因是否存在变异及变异特征.方法用反转录聚合酶链反应(RT-PCR)分2段扩增F蛋白的基因核苷酸序列,将得到的P1、P2 2段切胶纯化标记后测序,应用Bioedit软件对得到的序列做碱基配对和比较分析.结果4株RSV F蛋白核苷酸序列的同源性为94.92%～95.62%.信号肽区的同源性为99.36%～99.73%.F1、F2亚单位同源性分别为98.93%～99.31%和96.69%～97.33%.氨基酸同源性分别为:F蛋白的蛋白编码区97.39%～97.74%,信号肽区99.13%～99.65%,F1、F2亚单位98 78%～99.48%、98.61%～99.30%.结论中国RSV北京株与原型株A2之间的F蛋白基因变异小,具有很高的同源性.氨基酸在抗原位点Ⅱ保守,此段氨基酸可作为RSV疫苗的候选位点.