基于RNA-seq的脂代谢相关基因Tmem176a功能分析

摘要

探讨在Hepa1-6细胞中过表达、敲低Tmem176a基因对脂质代谢途径的影响。将构建成功的Tmem176a慢病毒过表达载体、siRNA分别转染进Hepa1-6细胞中,将过表达或敲低Tmem176a后的Hepa1-6细胞进行RNA-seq、生物信息学分析、Real-Time PCR验证。与对照组相比,Tmem176a在Hepa1-6细胞中过表达182倍(P<0.05)和敲低0.2倍(P<0.05),OE-Tmem176a相较于OE-Vector差异表达基因共计424个,其中下调基因192个,上调基因共233个;KD-Tmem176a相较于KD-Scramble差异表达基因共计405个,其中下调基因248个,上调基因共157个,部分差异基因富集在脂肪的消化吸收、胆固醇代谢、甘油酯代谢、脂肪酸合成等代谢途径,Real-Time PCR验证部分差异表达的基因,差异基因表达水平的变化趋势与RNAseq一致。RNAseq结果提示Tmem176a基因会影响脂质代谢基因响应。Tmem176a表达水平改变会促进小鼠肝癌Hepa1-6细胞中脂质代谢基因表达水平发生显著变化。