京海黄鸡生长性状与15个单核苷酸多态(SNP)位点的关联分析

摘要

为筛选影响京海黄鸡(Gallus gallus)生长性状的单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP)标记,寻找影响生长性状的关键基因,本研究利用SNP芯片分型技术,对396只京海黄鸡母鸡的15个SNPs位点直接进行SNP分型,并与京海黄鸡的12个生长指标进行关联分析,对关联分析显著的SNPs进行连锁不平衡分析和单倍型分析.结果表明,15个SNPs中,有9个与至少1个生长性状关联显著(P＜0.05);9个SNPs中有7个均与多个生长性状关联显著(P＜0.05).这些SNPs中,rs15497877、rs13972304、rs13553164、rs14917647和rs13973515与生长前期(BW2～BW8)和生长后期(BW10～BW16)的体重或日增重关联均为显著(P＜0.05),而rs316142388和rs14917305只与生长后期的体重或日增重关联显著(P＜o.05),rs314214528和rs13553485只与生长前期的体重或日增重关联显著(P＜0.05);同时,根据这些位点的群体遗传参数,发现9个SNPs的平均多态信息含量偏低,说明京海黄鸡有持续选育提高的可能性和必要性;分析9个SNP连锁不平衡性和单倍型,发现173.5～175.0Mb是一个连锁不平衡区域,具有较高的研究价值,其中,单倍型TTTCCTCAC频率达到32.4％,是十分重要的单倍型;本研究分析部分与关联显著SNPs的最近基因(核质蛋白α3(karyopherin alpha 3,KPNA3)、叉头转录因子O亚家族1(forkheadtranscription factor group O 1,FOXO1)和淋巴细胞白血病缺失7(deleted in lymphocytic leukemia 7,DLEU7))的功能,发现这些基因可以通过不同途径影响鸡的生长性状.研究结果有利于京海黄鸡乃至地方鸡种标记辅助选择的应用.