猪ACACA 基因及其编码蛋白质的生物信息学分析

摘要

为从分子水平研究猪脂肪合成过程，对脂肪合成关键酶乙酰辅酶A羧化酶-α基因（ ACACA）进行分析。采用生物信息学的方法，查找猪ACACA基因的ORF框，对基因CDS序列的限制性酶切位点进行分析，并对其编码蛋白质的理化性质、二级结构、三级结构、拓扑结构、结构功能域进行预测分析。结果表明，猪ACACA基因 CDS区全长7041 bp，其编码蛋白质含2346个氨基酸。二级结构以α螺旋与无规则卷曲为主，局部出现β转角，三级结构显示结果与二级结构预测结果相符。该蛋白质为亲水性蛋白质，N端无信号肽，为非分泌蛋白质；不含跨膜结构区，未定位于膜内，预测其为膜外区蛋白质；亚细胞定位结果显示该蛋白质为非细胞器蛋白质，是胞质蛋白质的可能性最大；功能域分析发现该蛋白质序列含有BC结构域、CT结构域、CPSase 大亚基N端结构域、ATP-grasp折叠结构域、生物素基/硫辛酰基结合域等及一些蛋白质基序。该结果将为进一步研究猪ACACA基因与脂肪合成的关系提供基础资料。