木荷SNP标记开发及遗传多样性分析

摘要

为了开发木荷（Schima superba）基因组的SNP位点，并基于SNP分子标记技术，从DNA分子水平上揭示木荷种质资源遗传多样性和变异规律。本研究选取广东、福建和江西三省的15个群体（种源）、共179个木荷单株为研究材料，采用限制性酶切位点关联DNA测序（RAD-seq）技术，最终获得SNP多态性位点1 6383个，并利用软件分析其遗传多样性和遗传结构。对179个木荷单株进行分析，观察杂合度（Ho）平均值为0.074 1；期望杂合度（He）平均值为0.293。对15个木荷群体进行分析，观察杂合度（Ho）平均值为0.074；期望杂合度（He）平均值为0.247；群体间遗传距离（d）分布在0.298～0.396，平均值为0.350；平均多态性位点百分比（PPL）为57.93%；各群体的多态信息含量（PIC）分布范围在0.301～0.364，平均值为0.335,15个木荷群体均表现为中度多态性。通过对15个木荷群体进行遗传结构分析、主成分分析和聚类分析，将15个木荷种源大致分为四类。木荷基因组中SNP位点丰富，多态性呈中等偏上，具有较为丰富的遗传多样性，SNP分子标记在木荷的良种选育、增加遗传增益和缩短育种周期等各方面有潜在价值。