2022年12月Omicron变异株流行期间天水市本土病例新冠病毒全基因组测序分析

摘要

目的分析新冠病毒(SARS-CoV-2)奥密克戎(Omicron)变异株流行期间甘肃省天水市本土SARSCoV-2基因组特征和变异情况,为疫情防控提供参考依据。方法收集2022年12月甘肃省天水市新冠病毒感染(COVID-19)重症病例咽拭子样本共136份,采用突变核酸检测试剂盒进行变异株核酸检测,采用二代测序技术进行全基因组测序,Pangolin和Nextclade平台判定病毒谱系及型别,MAFFT软件进行多重序列比对,使用MEGA软件基于邻接法构建系统进化树。结果共获得32条SARS-CoV-2全基因组序列,Pangolin分型31条为Omicron变异株BA.5.2进化分支,1条为Omicron变异株BF.7进化分支;共有68个核苷酸位点和32个氨基酸位点发生突变。S蛋白的受体结合域(RBD)关键位点存在S494P和A522S变异。结论Omicron变异株的编码区突变位点多,编码区的多变异性影响病毒的致病性、传染力和免疫逃逸水平。