锦鲤疱疹病毒CJ株ORF27基因克隆及生物信息学分析

摘要

为了解锦鲤疱疹病毒中国吉林株（KHV-CJ）ORF27基因编码蛋白的结构特征和进化关系，采用镜鲤尾鳍原代细胞增殖KHV-CJ，提取其DNA，经PCR扩增，获得ORF27基因，将其克隆在pMD18-T载体中，构建重组质粒。应用生物信息学方法初步分析KHV-CJ ORF27基因的结构和功能，并与GenBank上公布的三株KHV构建系统进化树。结果显示：获得207bp的ORF27基因，编码69个氨基酸；预测ORF27编码蛋白的理论分子质量为7366.62Da，等电点为4.487；抗原表位预测显示抗原性良好；编码蛋白存在1个N-糖基化位点、4个O糖基化位点和5个磷酸化位点；系统进化树分析表明与锦鲤疱疹病毒美国株（KHV-U）属同一分支。