藏猪源捷申病毒的检测和遗传演化分析

摘要

旨在调查四川地区藏猪捷申病毒(porcine teschovirus,PTV)的流行及分子特征和遗传演化.用RT-PCR法对2017-2018年采自四川省甘孜藏族自治州康定市14个藏猪场96份粪便样品进行检测,并对全基因组进行序列分析和基因分型.PCR检测结果表明,PTV核酸阳性率为20.8％(20/96,95％CI= 13.2％～30.3％),14个规模藏猪场中PTV猪场阳性率为57.1％(8/14,95％CI=28.9％～82.3％),并从2份阳性样本中获得了2条近似全长的PTV全基因组序列,分别命名为SWU-E5-2018和SWU-ZG2-2018,核苷酸序列相似性为83.1％.通过VP1序列分析发现2条序列的血清型分别为3型和6型.通过基因重组分析发现SWU-E5-2018存在重组现象,重组区域位于衣壳蛋白基因Pl的552-3 082 nt处.为了进一步研究2条PTV序列的演化过程,以贝叶斯进化分析软件进行分歧时间估算,结果表明,SWU-E5-2018的分歧时间约为2010年,SWU-ZG2-2018的分歧时间约为2011年.本研究首次对藏猪源PTV进行了初步调查,结果表明藏猪中存在一定程度的PTV感染,为深入研究藏猪源PTV遗传变异及其生物学特性提供了参考依据.