登革1型病毒GZ2002株全基因组测序与分析

摘要

目的 对2002年分离自广州登革热患者的1型登革病毒GZ2002株进行全基因组序列测定及分析,为探讨其来源和基因组特征提供依据.方法 利用C6/36细胞增殖GZ2002株,出现典型细胞病变后收集感染细胞及病毒液提取RNA.根据5株登革病毒1型标准株AY145123、FJ176780、FJ176779、DVU88536、EF025110全序列设计6对相互覆盖的引物.采用RT-PCR法扩增覆盖GZ2002株基因组全长的6个cDNA片段,并将其分别克隆到pMD-18T载体上,通过序列测定和重叠序列拼接获得全基因组序列.结果 GZ2002株基因组全长10 735 nt,单一阅读框长10 176 nt,推测编码3 392个氨基酸,5′及3′-UTR分别为94 nt和462 nt,无显著的密码子偏嗜性.GenBank登录号:JN205310.系统进化分析显示GZ2002株属于DENV-1型基因IV型.比较不同致病性的DENV-1型毒株发现,随DENV毒株致病力的增强,编码区氨基酸突变位点明显增多.GZ2002株、泰国16007株、柬埔寨株及印度尼西亚98901530株的5′-UTR二级结构高度保守,3′-UTR分析显示强毒力泰国16007株与柬埔寨株均存在高突变区.结论 GZ2002株属于DENV-1型基因IV型,可能与1998年印度尼西亚DENV-1流行株相关,编码区株特有氨基酸变异位点及3′-UTR高突变区的生物学意义值得进一步探讨.