固始鸡XCL1基因CDS区克隆与生物信息学分析

摘要

本研究旨在克隆鸡淋巴细胞趋化因子(lymphotactin,XCL1)基因CDS区并探索其生物学特性.试验以固始鸡胸腺组织总RNA为模板,采用RT-PCR技术对该基因的CDS区进行扩增和克隆,并通过生物信息学软件进行相关生物信息学分析.结果 表明,固始鸡XCL1基因CDS区长294 bp,编码97个氨基酸.相似性分析结果发现,鸡XCL1基因CDS区序列与牛、山羊、绵羊、人、小鼠、猪和大鼠的相似性分别为53.7％、53.0％、52.9％、51.8％、51.1％、50.9％和50.4％.进化树结果表明,鸡作为非哺乳动物,与哺乳动物亲缘关系较远.XCL1蛋白分子式为C491 H822 N150O132S6,理论等电点为10.95,属于碱性蛋白;分子质量为11.13 ku,脂肪系数为102.37,不稳定系数为51.44,属于不稳定蛋白,半衰期为30 h;具有跨膜结构(第5-27位氨基酸)和信号肽区域(第1-18位氨基酸),属于亲水性分泌型蛋白.XCL1蛋白存在8个潜在的磷酸化修饰位点和3个潜在的糖基化修饰位点.XCL1蛋白的二级结构由α-螺旋(35.05％)、β-转角(5.15％)、延伸链(26.80％)和无规则卷曲(32.99％)组成,三级结构预测结果与二级结构一致.亚细胞定位分析表明XCL1蛋白主要在细胞外发挥作用;该蛋白有1个位于第31-88氨基酸残基处的SCY保守性结构域;该蛋白能与OXT、PTAFR、GPR132和XCR1等分子形成互作网络.本试验结果为进一步研究鸡XCL1基因功能提供理论参考.