蜜蜂球囊菌的参考转录组de novo组装及SSR分子标记开发

摘要

[目的]通过RNA seq技术对纯培养的蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis孢子和球囊菌侵染的蜜蜂幼虫肠道组织进行测序,de enovo组装球囊菌的参考转录组,并对其进行功能与代谢通路注释,进而基于该转录组数据开发球囊菌的SSR分子标记.[方法]首先通过差速离心获得活化的球囊菌孢子,配制含1×10 7孢子/mL的饲料饲喂4,5和6日龄的意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica幼虫和中华蜜蜂Apis cerana cerana幼虫,通过Illumina HiSeqTM 2500平台同时对上述蜜蜂幼虫肠道及纯化球囊菌孢子进行深度测序,原始数据过滤后通过Trinity软件组装得到unigenes,进而通过BLASTX比对NCBI Nr,Swiss-Prot,KOG和KEGG数据库对unigenes进行功能与代谢通路注释.利用MISA软件对所有unigenes进行SSR搜索,并利用Primer Premier 5软件设计SSR特异性引物,通过PCR对不同来源的球囊菌SSR位点进行扩增.[结果]本研究共获得146 135 308条高质量reads,de novo组装得到42 609个unigenes.BLASTX比对结果显示,29 316个unigenes在上述公共数据库中具有功能和代谢通路注释.注释到法夫酵母Xanthophyllomyces dendrorhous上的unigenes最多,达6 050个.KEGG注释结果显示,unigenes可注释到117个代谢通路,其中富集在核糖体(ribosome)上的unigenes数量最多(529).所有unigenes中共预测到7 968个SSRs,通过PCR开发出5个球囊菌SSR分子标记.[结论]本研究成功组装球囊菌的参考转录组,并进行了功能与代谢通路注释,可为在分子水平深入研究球囊菌提供重要的参考信息.基于该转录组信息开发的5个SSR分子标记可推动菌株鉴定、基因图谱构建及基因定位等研究.