Ydj1p C端二聚体中螺旋α3与domain Ⅲ分离的拉伸分子动力学模拟

摘要

许多遗传性疾病或基因突变疾病实际上与蛋白质错误折叠相关,由于分子伴侣在调控蛋白折叠、聚集、降解方面发挥功能,研究分子伴侣的结构、功能、作用机制等对于人类某些疾病的阐释意义重大.作为分子伴侣,Hsp40以二聚体的形式调控多肽的折叠.文章通过拉伸分子动力学研究了酵母Hsp40家族成员Ydj1p二聚体中α3与domain Ⅲ的分离过程,深入探讨了影响Ydj1p二聚体稳定性的重要残基和相互作用力.由研究结果可知,α2、α3及α3之前loop结构中的残基L274、I278、F335、P336、F340、L346、L349、L352、L353之间形成疏水盒子,使螺旋α2、α3之间作用紧密,稳固二聚体结构.其中,F335与domain Ⅲ内的残基V302、I278、I303和P305,P336与domainⅢ内的残基V302形成疏水作用力来维持二聚体的稳定.