FMDV OA/58病毒株VP3蛋白结构的模拟与分析

摘要

以口蹄疫病毒株OA/58 RNA为模板,反转录并扩增目的cDNA ,然后与pMD18-T载体连接并转化JM109菌株,提取的重组质粒用凝胶电泳、PCR和BamH I、Hind III双酶切法鉴定.分析表明,口蹄疫病毒VP1、VP2、VP3和VP4在核苷酸水平上的变异率是无差异的(p>0.05);而它们在氨基酸水平上的变异率差异显著(p<0.05).该毒株与20株源于GenBank中的VP3氨基酸序列比较发现其保守区主要位于第1～24、26～35、37～43、45～57、61～122、124～173、175～209、211～220位.运用同源模建,OA/58 VP3蛋白三维空间结构可分为A,B,C 3个结构区域.保守区氨基酸残基在维持VP3蛋白的空间构象和功能方面具有重要作用.