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第一部分:简单接头蛋白PDZK1配体的鉴定,配体间功能性相互联系预测以及验证
第一章 引言
第二章:通过酵母双杂交筛选随机多肽库联合高效验证筛选系统全面鉴定PDZK1配体
1,前言
2,材料和方法
2.1,实验材料
2.2,实验方法
2.3,实验结果
第三章:利用文献挖掘预测配体间功能相互联系的建立及其评价
1,前言:
2,材料和方法:
2.1,配体蛋白功能信息检索
2.2,文献挖掘方法:
2.3,检索具有类似功能模式配体计算方法:
2.4,通过功能相关系数发现配体问联系方法:
3,实验结果:
3.1,评价预测体系选择蛋白:
3.2,基于精确检索进行配体预测体系结果的评价:
3.3,基于模糊检索进行配体预测体系结果的评价:
3.4,利用预测体系对PDZK1配体间相互联系进行预测
3.5,对预测体系准确度评价:
第四章:文献挖掘预测的功能相关配体进行酵母三杂交实验及其细胞内验证
1,前言
2,材料和方法
2.1,酵母三杂交实验
2.2,细胞学实验
3,实验结果:
3.1,酵母三杂交验证结果:
3.2,在HeLa细胞中进行验证相互作用的阻断
第五章:讨论
参考文献:
第二部分:利用整合机器学习算法预测系统高效鉴定HPV 16 E6相互作用PDZ结构域蛋白
1,前言
2,材料和方法
2.1,整合机器学习算法预测HPV 16 E6相互作用PDZ结构域:基于matlab软件平台的PDZ domain-ligand相互作用预测系统(Version 2.0)
2.2,构建预测所得PDZ结构域酵母双杂交诱饵载体
2.3,通过酵母双杂交验证预测所得HPV 16 E6相互作用PDZ结构域
2.4,HPV 16 E6全长蛋白1和Veli 3全长蛋白原核表达质粒构建
2.5,原核表达HPV 16 E6和Veli 3蛋白
2.6 体外检测HPV 16 E6与Veli 3相互作用(His pull-down)
3,结果:
3.1,整合机器学习算法预测所得HPV 16 E6相互作用PDZ结构域
3.2,通过酵母双杂交验证预测所得HPV 16 E6相互作用PDZ结构域结果:
3.3,体外检测HPV 16 E6与Veli 3相互作用(His pull-down)结果
4,讨论:
参考文献
综述:高危型HPV的E6蛋白质与宿主的PDZ蛋白质相互作用研究进展
个人简历
在读期间学术成果
致谢
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