GWAS研究SNP位点与中国人群HIV-1感染者疾病进程和疗效相关性研究

摘要

[目的]全球已进行了多个艾滋病全基因组关联分析（GWAS），发现了许多与艾滋病疾病进程相关的新位点，目前尚无在亚洲人群开展的对已发现GWAS位点的研究报道。本研究将探讨GWAS研究位点在中国人群与疾病进程的关系，并探讨部分与疾病进程有关的经典位点在中国人群与疾病进程和HAART疗效的相关关系
　　 [方法]研究对象共纳入HIV感染者1098例，来自四个随访队列；以CD4细胞下降率为疾病进程观察指标，以至病毒有效抑制时间（VL<400/mL）和至病毒完全抑制时间（VL<50/mL）为疗效观察指标；共选择GWAS研究结果及部分经典位点共18个；从全血中提取DNA，以MassARRAY分型平台进行基因分型；使用秩和检验和卡方检验分析不同基因型的效应。对发现的与疾病进程相关的阳性位点，在长期不进展人群中进行验证。
　　 [结果]对基因分型结果进行检出率和哈迪-温伯格平衡检验，最终共14个位点纳入研究。疾病进程研究样本共376例，结果发现GWAS研究位点rs9264942、rs13199524和rs12198173与中国人群HIV感染者CD4细胞计数下降的速率有显著相关关系，在中国HIV感染者典型进展人群与长期不进展人群中分布有显著性差异。rs2395029位点在中国HIV感染者典型进展人群与长期不进展人群中分布有显著性差异。与疾病进程有关的经典位点未发现与CD4细胞下降率有相关关系；疗效研究样本共531例，发现治疗基线时病毒载量是治疗至病毒有效/完全抑制时间的独立影响因素。在校正了基线时病毒载量影响后，未发现与疗效有关的经典位点在中国人群与治疗至病毒有效/完全抑制时间有统计学相关关系。
　　 [结论]研究首次在中国人群验证了GWAS结果的主要位点，证明在控制HIV病毒复制和疾病进程上，6号染色体MHC区对于中国人群均起中心作用。治疗基线时病毒载量是治疗至病毒有效/完全抑制时间的独立影响因素，提示对于基线病毒载量较高的患者，应使用更强效的HAART治疗方案，以预防耐药的发生。

目录

文摘

英文文摘

英文缩略词

1 研究背景

2 材料与方法

2.1 研究对象

2.2 观察指标

2.3 SNP位点

2.4 实验流程

2.5 从全血中提取DNA

2.6 基因分型

2.7 统计学分析

3 结果

3.1 人口学特征

3.2 基因分型结果

3.3 CD4下降速率与SNP位点相关性

3.4 典型进展者与LTNP相关位点比较

3.5 疗效概况

3.6 疗效影响因素分析

3.7 疗效与SNP位点相关性

4 讨论

4.1 研究方法的讨论

4.2 结果分析

4.3 展望

5.结论

6 参考文献

文献综述

参考文献

附录

致谢