南极菲尔德斯半岛生物湾流域氮循环细菌的多样性及1株海洋细菌新种的鉴定

目录

第一章 绪论

1.1南、北极地概述

1.1.1 北极地区特点

1.1.2 南极地区特点

1.2 南、北极地微生物研究概况

1.3微生物多样性研究新技术

1.3.1 高通量测序技术

1.3.2宏基因组测序

1.3.3宏转录组测序

1.4 氮循环微生物及其功能基因概况

1.4.1 固氮微生物及其功能基因

1.4.2氨化微生物及其功能基因

1.4.3硝化微生物及其功能基因

1.4.4反硝化微生物及其功能基因

1.5 关于微生物（细菌）分类、鉴定技术的现状

1.5.1表征特性上的分类鉴定技术

1.5.2 分子遗传学特征分类技术

1.6 本研究的目的和意义

第二章 菲尔德斯半岛生物湾流域土壤可培养氮循环细菌的多样性

2.1实验材料

2.1.1样品信息及采集方法

2.1.2 实验仪器

2.1.4 数据库及分析软件

2.2实验方法

2.2.1氮循环菌的分离、纯化与计数

2.2.2样品氨化菌、硝化菌和反硝化菌含量计数测定

2.2.3纯化细菌菌株总DNA的提取

2.2.4 16S rRNA基因的扩增、测序和系统发育分析

2.2.5分离菌株产酶特性的检测

2.3实验结果与分析

2.3.1样品中氮循环细菌的计数结果

2.3.2氮循环细菌的形态学观察结果

2.3.3部分氮循环细菌的产酶特性结果

2.3.4可培养氮循环细菌16S rDNA测序结果分析

2.4 本章总结

第三章 基于氮循环细菌功能基因的高通量测序与多样性分析

3.1材料与方法

3.1.1样品及处理

3.1.2 高通量测序样品制备、引物及测序流程

3.2硝化基因nxrA的高通量测序结果与分析

3.2.1物种OTU注释评估及Alpha多样性分析

3.2.2 Alpha多样性分析

3.2.3物种组成分析

3.2.4Beta多样性分析

3.2.5 本部分小结

3.3反硝化基因nirS的高通量测序结果与分析

3.3.1物种OTUs注释评估及Alpha多样性分析

3.3.2 Alpha多样性分析

3.3.3物种组成分析

3.3.4 Beta多样性分析

3.3.5 本部分小结

3.4固氮基因nifH的高通量测序结果与分析

3.4.1物种OUTs注释评估及Alpha多样性分析

3.4.2 Alpha多样性分析

3.4.3物种组成分析

3.4.4 Beta多样性分析

3.4.5 本部分小结

3.5基于氨氧化基因amoA的高通量测序结果与分析

3.5.1高通量测序的物种OTUs注释评估及Alpha多样性分析

3.5.2 Alpha多样性分析

3.5.3物种组成分析

3.5.4 Beta多样性分析

3.5.5 本部分小结

第四章 1株海洋细菌新种的多相分类鉴定

4.1实验材料

4.1.1实验菌株

4.1.2实验试剂和培养基

4.2 实验方法

4.2.1 菌株分离纯化及保藏

4.2.2 遗传学特征的分类鉴定

4.2.3 菌株表型特征的分类鉴定

4.3 实验结果及分析

4.3.1遗传学特征分类鉴定结果

4.3.2表型特征分类鉴定结果

4.3.3 讨论

全文总结

创新点

不足与建议

参考文献

致谢

攻读学位期间的研究成果

附录

声明