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第一章 文献综述
1.1 前言
1.2 蛋白质分子空间构象转变
1.2.1 构象病种类及分子机理
1.2.2 构象病中蛋白质空间构象转变及其抑制
1.3 淀粉样-β蛋白的介绍
1.3.1 阿尔兹海默症与Aβ的关系
1.3.2 Aβ的生成
1.3.3 Aβ的毒性和聚集
1.3.4 Aβ的结构及其构象变化
1.3.5 抑制淀粉样蛋白结构转变及聚集的抑制剂
1.3.6 抑制淀粉样蛋白聚集的研究现状
1.4 分子动力学模拟在蛋白质结构研究中的应用
1.4.1 分子动力学模拟的介绍
1.4.2 分子动力学模拟在蛋白质相互作用过程中的研究
1.4.3 分子动力学模拟在抑制剂抑制淀粉样蛋白研究中的应用
1.5 本课题的研究内容及意义
第二章 分子动力学模拟多肽抑制剂与淀粉样-β蛋白相互作用
2.1 前言
2.2 分子动力学模拟模型建立
2.2.1 不同种类多肽抑制剂及Aβ分子模型的构建
2.2.2 模拟参数设置
2.2.3 模型建立及模拟过程
2.3 分析方法
2.3.1 二级结构分析方法
2.3.2 均方根偏差
2.3.3 翅转半径
2.3.4 侧链接触图
2.3.5 氢键
2.3.6 势能分析
2.3.7 接触数分析
2.4 模拟结果与讨论
2.4.1 多肽抑制剂对淀粉样-β蛋白结构转变的影响
2.4.2 多肽抑制剂与淀粉样-β蛋白之间的氢键分析
2.4 -3多肽抑制剂与淀粉样-β蛋白之间接触数与势能变化的关系.
2.5 小结
第三章 多肽抑制剂与淀粉样.p蛋白相互作用自由能分解
3.1 前言
3.2 MM/PBSA方法介绍及模型建立
3.2.1 分析方法介绍
3.2.2 多肽抑制剂与Aβ复合物体体系确定和分析过程
3.3 模拟结果与讨论
3.3.1 复合物中Aβ42分子结合自由能和关键氨基酸残基分析
3.3.2 复合物中抑制剂分子结合自由能和关键氨基酸残基分析
3.3.3 多肽抑制剂与Aβ复合物关键氨基酸残基作用对
3.3.4 多肽抑制剂对Aβ结构转变抑制机理初步分析
3.4 小结
第四章 结论与展望
4.1 结论
4.2 展望
参考文献
致谢