使用高通量测序技术测量人脑皮层中精神疾病侯选基因mRNA等位基因表达不平衡

摘要

[目的]：发展一种高通量测量人脑皮层等位基因特异mRNA表达不平衡的手段。
　　[方法]：建立剂量敏感基因数据库。抽取总mRNA并逆转录，PCR扩增包含SNP位点的片断，连接识别片断并用Solexa Sequencing技术测序。计算等位基因的表达差异。
　　[结果]：共测量了73个和各类精神疾病相关的剂量敏感基因，其中71个取得了理想结果。与原有荧光方法相比，重复性好，测量精度显著提高。
　　[结论]：该技术是一种更理想的高通量测量等位基因表达不平衡的手段。疾病相关的剂量敏感基因中出现等位基因表达不平衡的频率较普通基因更高。

目录

摘要

背景

等位基因表达不平衡

表达量性状位点研究

等位基因特异性分析

高通量测序方法

材料和方法

剂量敏感基因挑选

材料准备

提取DNA和RNA

测定基因型

测定AEI

实时定量PCR

结果

概述

测序反应的质量控制

AEI测量

数据有效性

数据精确性

数据实例分析

讨论

误差的计算

AEI值的梯度

功能性位点的程序预测原理

功能性位点预测程序

参考文献

附表

附录

致谢

声明