褐藻胶裂解酶分泌菌株的分离鉴定及Tamlana holothuriorum s12T中褐藻胶裂解酶的研究

摘要

褐藻作为第三代可持续发展生物燃料的原料之一，其繁殖快、耗能低、不占用耕地和不消耗淡水，不产生粮食矛盾，与以谷物为代表的第一代生物能源原料和以秸秆等为代表的第二代生物能源原料相比，具有广阔的应用前景。尽管已有研究表明利用褐藻进行生物转化如发酵生产生物乙醇是切实可行的，但由褐藻生产生物乙醇的全部潜力还难以实现，其主要问题是工业微生物菌株难以有效地降解褐藻胶中L-古罗糖醛酸片段、D-甘露糖醛酸片段及其嵌合片段生成可被工业菌株吸收并利用的单糖，且降解产生的糖醛酸单体化合物也难以被转化利用。褐藻胶降解酶属于多糖裂解酶，多为聚D-甘露糖醛酸底物特异性的内切型褐藻胶裂解酶，降解产物为寡糖;而能够同时降解L-古罗糖醛酸片段、D-甘露糖醛酸片段及其嵌合片段的多功能酶较少，特别是缺乏广泛底物特异性的外切酶。因此，寻求新型高效且具有广泛底物特异性的褐藻胶裂解酶及酶系是褐藻胶生物转化生产所面临的重要任务。
　　本项研究旨在筛选新型高效褐藻胶裂解酶分泌菌株，研究其产酶特性，并外源表征新型或高效褐藻胶裂解酶的基因，初步阐述高效褐藻胶降解菌的降解机制，为深入研究褐藻生物质降解转化机制积累基础数据，为褐藻胶的生物转化提供优良的菌种资源、酶制剂奠定生物学基础。在本项研究中取得的主要成果如下:
　　一、对近海和陆地环境样品进行了褐藻胶裂解酶分泌菌株的广泛筛选，获得了多个新物种和多株高效褐藻胶降解菌。
　　从十余种环境样品中分离获得182株褐藻胶裂解酶分泌菌株，这些菌株分布在52个属。发现其中22个属的细菌尚未见报道具有分泌褐藻胶裂解酶的功能。
　　以16S rRNA相似度阈值98.7％为判断细菌新物种的标准，发现在所筛选的褐藻胶降解菌株中有13株为潜在新物种。4株细菌的16S rRNA最高相似度低于97％，新颖性好，其中3株海洋细菌属于拟杆菌门（菌株Dm15T和Gy8T属于拟杆菌门黄杆菌科，菌株Sy30T属于拟杆菌门嗜纤维菌科）。此外，筛选到的一株酶活高且传代稳定的褐藻胶降解菌为来自海参肠道的菌株s12T，与Tamlanaagarivorans JW-26T最高相似度为99.1％，也属于拟杆菌门黄杆菌科。
　　经多相分类学研究，对分离到的拟杆菌门4个新菌进行了鉴定。高效褐藻胶降解菌株s12T为黄杆菌科Tamlana属的新种，命名为Tamlana holothuriorum sp.nov.;菌株Dm15T为黄杆菌科的新属新种，命名为Flavohalobacter algicola gen.nov.sp.nov.;菌株Gy8T为黄杆菌科Seonamhaeicola属的新种，命名为Seonamhaeicola algicola sp.nov.;菌株Sy30T为拟杆菌门Hymenobacter科Pontibacter属的新种，命名为Pontibacter locisalis sp.nov.。
　　二、完成了褐藻胶高效降解菌株s12T的基因组测序及分析，发现该菌具有新颖的褐藻胶降解酶和较完整的褐藻胶代谢途径。
　　对菌株s12T进行了基因组测序及序列分析。菌株s12T基因组全长3.66 Mbp，共有3151个编码蛋白基因，其中1,729个蛋白可以匹配到同源蛋白聚簇数据库，其它大量功能未知的基因序列预示着该菌的新功能和新基因存在的可能。通过对基因组数据的生物信息分析，预测到该菌共有11条编码褐藻胶裂解酶基因（alg1-11），与数据库中已表征的褐藻胶裂解酶序列的相似度均低于73％，其中包括2个外切型褐藻胶裂解酶基因alg5和alg9。对所预测的这些酶的氨基酸序列进行同源性分析，发现Alg9属于多糖解酶（Polysaccharide Lyase，PL）17家族，其它10个褐藻胶裂解酶则均属于PL7家族，其中Alg1属于PL7第3亚家族，Alg2和Alg5属于PL7第5亚家族，Alg4、Alg6-8、Alg10、Alg11所属亚家族待定。Alg2、Alg5、Alg6和Alg9与其同源性高的褐藻胶裂解酶均具有保守的催化氨基酸残基，而Alg1、Alg3、Alg4、Alg7、Alg8、Alg10和Alg11对于催化位点关键氨基酸保守性差，说明后者可能具有新的催化特性。Alg1-4、Alg7、Alg9和Alg11除了催化结构域外，还包含碳水化合物结合域、C端凝血因子结构域、凝集素结构域、信号肽、分泌系统、细菌免疫球蛋白样和类肝素酶结构域，根据结构域功能预测至少上述具有多个结构域的7个褐藻胶裂解酶为分泌性蛋白。总之，生物信息学分析显示菌株s12T中的褐藻胶裂解酶（酶系）具有多样性和新颖性。
　　根据生物信息分析，同时预测出菌株s12T具有较完整的褐藻胶代谢途径。分析显示褐藻胶在胞外可被内切型和外切型褐藻胶裂解酶降解为双糖或不饱和单糖，自动形成开环单体4-脱氧-L-赤藓-糖醛酸后被吸收进入胞内，由还原酶催化生成2-酮-3-脱氧葡糖酸，进入Entner-Doudoroff途径生成三磷酸甘油醛和丙酮酸，三磷酸甘油醛通过糖酵解代谢途径转化为丙酮酸。然后，丙酮酸通过丙酮酸脱氢酶转化为乙酰辅酶A，进入三羧酸循环或乳酸发酵，完成褐藻胶的转化或彻底降解。
　　三、完成了菌株s12T的褐藻胶产酶特性和胞外蛋白组的测定分析，发现注释的11个褐藻胶裂解酶均为胞外蛋白，且蔗糖对褐藻胶裂解酶的表达具有诱导作用。
　　菌株s12T可以在褐藻胶为唯一碳源的基础培养基中生长，添加EDTA、SDS和其它金属离子如MnSO4、CaCl2、CuSO4和ZnSO4后均显著抑制总酶活和总蛋白量;Na2CO3、NiSO4、KCl、纳米SiO2、纳米TiO2和纳米Al3O4对产酶效应影响不显著。添加外源糖类时，果糖、麦芽糖和淀粉均降低该菌的产酶活性;葡萄糖的存在对产酶影响不显著，而较为特殊的是，蔗糖不能被该菌利用，不阻遏褐藻胶裂解酶的产生，反而能够显著提高酶的发酵活性，即蔗糖对该菌褐藻胶裂解酶的产生具有诱导作用。经优化得到该菌褐藻胶裂解酶的最适产酶条件为:培养温度28℃，氮源为0.5％NaNO3,初始pH值为7.5-8.0，褐藻胶初始浓度为2-2.5％，添加0.2％蔗糖。在该培养条件下，菌株s12T不利用培养基中的蔗糖，培养28 h后达到生长平台期，培养36h后达到最高总酶活44.3 U/mL，44h内可将2.0％海藻酸钠完全降解至产物中检测不出单糖。
　　通过胞外蛋白组分析，发现菌株s12T基因组中所注释的9个褐藻胶裂解酶Alg1-4和Alg7-11为胞外蛋白，蔗糖的存在可以显著增加Alg1和Alg7的分泌量，从而提高菌株s12T褐藻胶裂解酶的总酶活。蔗糖促进微生物褐藻胶裂解酶的分泌和提高酶活的作用尚未见相关报道。
　　四、外源表达了4个褐藻胶裂解酶基因，表征了酶活较高的内切型裂解酶rAlg2和外切型裂解酶rAlg5的酶学性质，发现该菌的褐藻胶裂解酶具有广泛的底物特异性。
　　根据前期预测，将菌株s12T中片段较小的褐藻胶裂解酶基因alg1、alg2、alg5和alg6在大肠杆菌中进行外源表达，并对酶活较高的rAlg2和rAlg5进行了酶学性质的表征。研究发现重组酶rAlg2降解产物为2、3和4糖，故重组酶rAlg2为内切酶;重组酶rAlg5的降解产物中有单糖，故重组酶rAlg5为外切酶。重组酶rAlg2和rAlg5的最适反应温度均为40-45℃，温度稳定范围分别为4-40℃和4-20℃;两者的最适反应pH值分别为6.0-6.5和7.0-8.0，pH稳定范围为6.0-7.0和7.0-8.0。研究发现KCl和NaCl能显著提高重组酶rAlg2的酶活，而对重组酶rAlg5酶活影响不显著;SDS、EDTA、NH4Cl、FeCl3、FeSO4、MnCl2、CaCl2和MgCl2显著抑制重组酶rAlg2和rAlg5的酶活。结果显示重组酶rAlg2和rAlg5都具有广泛的底物特异性，底物偏好性分别为聚L-古罗糖醛酸片段和聚D-甘露糖醛酸片段。在以海藻酸钠为底物时，重组酶rAlg2和rAlg5的比酶活分别为2350和1350 U/mg，Km分别为0.03和0.20 mM，Kcat分别为13.4和4.4 S-1,Kcat/Km分别为45.4和220.5 S-1mM-1。
　　褐藻胶裂解酶Alg5是在PL7家族发现的第二个外切酶，有独特的特点。经氨基酸序列分析，发现Alg5和来自菌株Zobellia galactanivorans DsiJT的AlyA5同源性最高，在催化腔内具有保守的关键氨基酸。功能表征发现两者均为广泛底物特异性的外切酶，但两者底物偏好性不同，据报道AlyA5偏好聚L-古罗糖醛酸，而本实验中重组酶rAlg5偏好聚D-甘露糖醛酸。这也说明重组酶rAlg5的底物识别与催化腔内保守氨基酸关系不大，可能与围绕在催化腔周围的loop构象或其非保守的氨基酸有关。此外，本研究中发现重组酶rAlg5在低温4℃下其酶活可达到最高酶活时的51.2％，热稳定性差，生理系数Kcat/Km高，对有机溶剂SDS和EDTA敏感，说明重组酶rAlg5具有适冷酶的特性。
　　通过褐藻胶裂解酶的功能表征，可以发现菌株s12T中至少有2个褐藻胶裂解酶(Alg2和Alg5)具有广泛底物特异性，其中Alg5为适冷外切酶。这些结果说明菌株s12T可以适应低温以及不同底物条件而有效地降解褐藻胶，能在胞外将褐藻胶降解成糖醛酸单体化合物。

目录

声明

摘要

缩略语表

第一章 绪论

1．1 褐藻胶

1．1．1 褐藻胶的来源

1．1．2 褐藻胶的结构与性质

1．1．3 褐藻胶的应用

1．1．4 褐藻胶低聚糖和寡糖的生物活性

1．2 褐藻胶的降解

1．3 褐藻胶裂解酶

1．3．1 褐藻胶裂解酶的分类

1．3．2 褐藻胶裂解酶的来源

1．3．3 褐藻胶裂解酶活性检测方法

1．3．4 褐藻胶裂解酶的构效关系研究

1．3．5 褐藻胶裂解酶的生物学功能

1．3．6 褐藻胶裂解酶的应用

1．4 立题依据与研究内容

第二章 褐藻胶裂解酶分泌菌株的分离与鉴定

2．1 实验材料

2．1．1 主要生化试剂和试剂盒

2．1．2 主要仪器

2．1．3 主要培养基

2．1．4 主要菌株

2．2 实验方法

2．2．1 细菌的分离培养

2．2．2 褐藻胶降解活性的测定

2．2．3 分子进化分析

2．2．4 细菌的形态特征与生理生化指标的测定

2．2．5 化学特征成分分析

2．3 结果与分析

2．3．1 褐藻胶裂解酶分泌菌株筛选结果

2．3．2 菌株产酶能力的评价

2．3．3 菌株s12T的分类学研究

2．3．4 菌株Dm15T的分类学研究

2．3．5 菌株Gy8T的分类学研究

2．3．6 菌株Sy30T的分类学研究

2．4 讨论

2．5 小结

第三章 菌株s12T中褐藻胶裂解酶的生物信息学分析

3．1 材料与方法

3．1．1 菌株

3．1．2 基因组测序

3．1．3 数据库及在线软件

3．2 结果与分析

3．2．1 菌株s12T基因组基本信息

3．2．2 菌株s12T中褐藻胶裂解酶的一级结构分析

3．2．3 褐藻胶裂解酶结构域的预测

3．2．4 褐藻胶裂解酶中关键氨基酸的功能分析

3．2．5 褐藻胶裂解酶三维结构的预测

3．2．6 菌株s12T中褐藻胶代谢途径的预测

3．3 讨论

3．4 小结

第四章 褐藻胶降解菌s12T产酶条件及蛋白组分析

4．1 实验材料

4．1．1 菌株与培养基

4．1．2 主要仪器

4．2 实验方法

4．2．1 蛋白含量测定

4．2．2 TLC法检测酶解产物

4．2．3 Poly-G和Poly-M的制备

4．2．4 胞外蛋白样品的制备与预处理

4．3 结果与分析

4．3．1 菌株s12T产酶条件

4．3．2 酶解产物鉴定

4．3．3 菌株s12T胞外蛋白组分析

4．4 讨论

4．5 小结

第五章 褐藻胶裂解酶基因的外源表达

5．1 实验材料

5．1．1 主要仪器

5．1．2 主要试剂和培养基

5．1．3 实验菌株和质粒

5．2 实验方法

5．2．1 重组蛋白表达载体的构建

5．2．2 重组酶的表达与纯化

5．2．3 重组酶的检测

5．3 结果与分析

5．3．1 alg2基因的外源表达及重组酶酶学性质研究

5．3．2 alg5基因的外源表达及重组酶酶学性质研究

5．3．3 alg1和alg6基因在大肠杆菌中的表达

5．4 讨论

5．5 小结

全文总结和展望

参考文献

附录

在读期间发表的学术论文

致谢