江西猪群中1型和2型猪细环病毒流行病学调查及全基因扩增、序列分析

摘要

猪细环病毒（Torque teno sus virus，TTSuV）是一种无囊膜、环状、单股负链DNA病毒，病毒粒子直径约30～32nm。人源TTV DNA病毒是由日本学者Nishizawa等在1997年使用代表性差异分析技术发现的一种新病毒。1999年美国学者首次从猪血清中分离到，随后不断有学者相继在多种家养及野生动物体内检测出细环病毒。猪细环病毒作为一种小DNA病毒，在世界范围内猪群中被广泛检出，且该病毒会直接或间接的影响猪群的健康，带来经济损失，引起了养猪业极大的关注。
　　本文采用已建立的套式PCR法检测了自江西8个地区不同猪场采集的血液样品，调查了猪细环病毒1型和2型的感染情况。然后，分别使用一对特异性扩增1型和2型TTSuV全基因组序列，并分析了全基因序列及主要功能基因的遗传进化关系。
　　收集的183份血液样品进行了猪细环病毒1型和2型的检测，检测结果显示猪细环病毒1型的感染率为40.4％，猪细环病毒2型的感染率为68.9%，其中猪细环病毒1型和2型混合感染数共55份，占36.1%。
　　参考GenBank公布TTSuV1和TTSuV2全基因序列，参考毒株AB076001和AY823991分别设计了1对扩增TTSuV1和TTSuV2全基因扩增特异性引物，使用长片段扩增酶得到猪细环病毒全基因序列。通过T-A克隆、序列测定与拼接获得了10株TTSuV的全基因组序列，其中6株TTSuV1毒株基因组全长分别为2879bp、2913bp、2860bp、2909bp、2894bp、2906bp，4株TTSuV2毒株基因组全长分别为2800bp、2796bp、2795bp、2793bp。
　　通过对试验得到的TTSuV全基因序列的同源性与遗传进化分析发现：试验得到的6株TTSuV1全基因组序列与GenBank已有全基因组序列的相似性均在75%～97%，4株TTSuV2全基因组序列的相似性均在76%～98%；系统进化树分析表明，TTSuV1-JX2与北京HM633243毒株亲缘关系最近，TTSuV1-JX3与德国GU188045毒株亲缘关系最近，TTSuV1-JX4与西班牙GU570198毒株亲缘关系最近，而TTSuV1-JX5、TTSuV1-JX6两株独立成一个分支。TTSuV2-JX1与西班牙GU570206毒株亲缘关系最近，TTSuV2-JX2、TTSuV2-JX3、TTSuV2-JX4都与西班牙GU570207毒株亲缘关系最近。通过对TTSuV1-JX3和TTSuV2-JX3各1株全基因组的ORF1蛋白分析发现，两株TTSuV的ORF1分别包含639个和623个氨基酸，TTSuV1-JX3的ORF1在8～39、44~63、88～115、307~322、590～627等位点处的氨基酸抗原表位相对最强，TTSuV2-JX3 ORF1蛋白在9～49、179～202、281～302、570～581、590～609等位点处的氨基酸抗原表位最强。

目录

声明

第一篇 文献综述

第一章 猪细环病毒的研究进展

1 病原学特征

2 流行现状研究

3 病毒致病性

4 实验室诊断技术

5 全基因组研究

6 本研究的目的与意义

第二篇 实验研究

第二章 TTSuV PCR检测方法的建立及流行病学调查

1 材料与方法

2 结果

3 讨论

第三章 猪细环病毒江西分离株全基因组的克隆、测序及分析

1 材料

2 方法

3 实验结果

4 讨论

第四章 全文结论

参考文献

致谢

附录