鳜属主要经济鱼类翘嘴鳜和斑鳜微卫星标记的开发

摘要

翘嘴鳜（Siniperca chuatsi）和斑鳜（Siniperca scherzeri）同隶属鲈形目（Perciformes）、鳜亚科（Sinipercinae）、鳜属（Siniperca），均为亚洲地区独有淡水种类，是目前两种主要的经济鳜类，分布范围主要有中国、韩国和越南等地。近年来，因为过度的捕捞、环境不断衰退等原因，导致野生鳜类的天然种质资源遭到了严重的破坏。加之养殖方面，经过多年的人工累代养殖和近亲交配等因素，鳜类的遗传多样性、抗逆性等优良的种质资源都出现了退化的趋势。因此，在快速发展经济鳜类的养殖产业的同时，筛选获得多态信息含量高的鳜属鱼类微卫星标记，对分析其遗传背景和用于分子辅助育种等具有重要的意义。本研究以翘嘴鳜和斑鳜两种重要的经济鳜类为研究对象，分别采用磁珠富集法和转录组数据库法开发多态性微卫星位点，结果显示两种方法的开发效率均较高，也都获得了较多的多态性微卫星标记。本研究为下一步进行翘嘴鳜和斑鳜以及鳜属其他鱼类的群体遗传结构分析、遗传图谱构建、分子标记辅助育种等研究提供大量候选微卫星标记，同时对维护鳜类种质资源和选育优良品种具有重要意义。
　　1.翘嘴鳜微卫星标记的开发
　　采用FIASCO法构建翘嘴鳜的微卫星富集文库。随机挑选的50个阳性克隆中，经测序发现有39个含有微卫星位点，微卫星筛选的阳性克隆率达到78％。其中30个可以设计引物，经PCR扩增和PAGE检测分析共获得18个多态性微卫星位点，多态率为60%。18个位点在野生翘嘴鳜群体中进行多态性分析，平均等位基因数为4.8，平均观测和期望杂合度分别为0.503和0.671，大部分位点均表现出高度的遗传多样性。通过筛选获得具有较高多态性的微卫星标记，为翘嘴鳜的分子标记辅助育种研究提供更多的技术方法。
　　2.斑鳜微卫星标记的开发
　　在实验室已有的翘嘴鳜（♀）×斑鳜（♂）杂交子一代F1转录组序列的基础上，对斑鳜进行微卫星标记的开发。根据获得的微卫星序列共设计了98对引物，其中77对能在斑鳜野生群体中特异性扩增，经PCR优化扩增和PAGE检测分析共筛选得到26个多态性位点，多态率达33.77%。26个多态性位点在野生斑鳜群体中进行遗传多样性分析，平均等位基因数为3.9，平均观测和期望杂合度分别为0.6345和0.6548，多态信息含量的平均值为0.5908，显示出中度到高度的多态性，表明本研究开发的这些多态性引物具有较好的应用价值。

目录

声明

第一章 文献综述

1 微卫星概述

1.1 微卫星标记的概念及分布

1.2微卫星多态性的产生机制

1.3微卫星标记的特点

1.4 微卫星DNA的筛选方法

1.5 微卫星标记在鱼类遗传学研究中的运用

2鳜属鱼类的研究现状

2.1翘嘴鳜和斑鳜的概况

2.2翘嘴鳜和斑鳜的养殖现状

2.3微卫星标记在鳜属鱼类中的应用研究

3研究目的与意义

第二章 翘嘴鳜微卫星标记的开发

1材料与方法

1.1实验材料

1.2实验所用试剂及主要仪器

1.3实验方法和步骤

2结果与分析

2.1基因组DNA的提取和检测

2.2基因组DNA的酶切和纯化

2.3洗脱片段的预扩增结果

2.4阳性克隆的检测和测序

2.5微卫星位点的PAGE电泳检测

2.6微卫星位点的多态性参数分析

3讨论

第三章 斑鳜微卫星标记的开发

1 材料与方法

1.1实验材料

1.2实验所用试剂及主要仪器

1.3微卫星引物信息

1.4实验方法

1.5数据统计及分析

2实验结果

2.1基因组DNA的提取和检测

2.2微卫星引物的PCR扩增和多态性的初步筛选

2.3多态性微卫星引物的检测分析

2.4多态性微卫星引物的统计分析

3讨论

第四章 总结

参考文献

硕士期间研究成果

致谢