雷蒙德氏棉(Gossypium raimondii)是二倍体D5基因组棉种，是棉属中基因组最小(880Mb)的棉种，也是目前异源四倍体D亚组公认的可能供体种之一。雷蒙德氏棉具有提高产量，提升纤维品质，并具有抗旱、抗黄萎病及抗棉铃虫、叶蝉、蓟马、卷叶虫等的潜质。雷蒙德氏棉基因组测序的完成，为挖掘其丰富的野生型资源打下基础。 达尔文氏棉(Gossypium darwinii)是四倍体(AD)5基因组棉种，其主要布于加拉帕哥斯群岛，其野生环境恶劣，拥有抗干旱、干热风、耐盐碱等潜在价值。达尔文氏棉的耐盐碱性状使其在棉花抗性育种中具有重要的研究价值。 CCICR(Chinese Central Institute of Cotton Research)是被最新鉴定出的一个棉属特有的转座子家族，其在棉花A基因组和D基因组棉种序列所占比例差异巨大，在A基因组序列中占36.2％，在D基因组中所占比例几乎为零，因此被认为是造成棉花A和D基因组大小差异的主要原因。通过已有棉种BAC文库筛选含有CCICR的特异单克隆为后续深入分析其在棉属中的进化、分布情况打下基础。 本文基于已有的二倍体和四倍体棉种BAC文库的构建方法，以雷蒙德氏棉和达尔文氏棉为材料，成功构建了野生棉雷蒙德氏棉和达尔文氏棉的BAC文库。并用已有的关于CCICR的SSR分子标记引物NAU1202从海岛棉Pima90-53、达尔文氏棉和毛棉中筛选出含有CCICR的单BAC克隆。取得了如下研究成果： 1、本文以雷蒙德氏棉和达尔文氏棉为材料，以pIndigoBAC-5(Hind III)和pHZAUBAC1为载体，分别构建了雷蒙德氏棉和达尔文氏棉BAC文库。其中雷蒙德氏棉BAC文库共包含26,880个克隆，平均插入片段为127kb，覆盖该棉种全基因组的3.7倍左右，克隆空载率小于5%。达尔文氏棉BAC文库有200832个克隆，覆盖达尔文氏棉基因组10倍，平均插入序列长度为122kb，克隆空载率小于5%。经检测，重组BAC-DNA能够在大肠杆菌中稳定遗传，文库的稳定性符合后续实验要求。 2、用陆地棉遗传连锁群的SSR引物NAU1201，采用三级PCR方法筛选海岛棉Pima90-53、达尔文氏棉和毛棉文库。共得到30个含有CCICR的单BAC克隆。具体结果如下：海岛棉Pima90-53中得到31-G-32、37-F-10、42-C-10、170-G-11、170-G-12、170-G-13、242-C-11、299-I-16、299-N-20、317-K-22、317-L-22；达尔文氏棉中得到193-F-24、193-G-24、193-H-24、234-I-9、302-M-13、325-P-20、395-D-6、395-E-5、408-J-6、413-L-18、433-A-20；毛棉中得到30-B-3、30-B-4、76-O-16、76-O-17、89-J-11、91-K-2、91-K-3、91-K-4。在这三个棉花BAC文库中筛选CCICR为更深入的分析CCICR在棉属中的进化、分布情况提供数据支撑。
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