绒山羊EST序列的生物信息学分析

摘要

为充分利用现有数据库中的EST资源开发绒山羊的分子标记，以期为研究绒山羊的遗传多样性和利用分子标记辅助选育绒山羊品种奠定基础。本研究对NCBI网站dbEST数据库中518个绒山羊EST进行预处理和拼接分析，获得456个理想EST，从456个EST中进行SSR筛选分析，共获得40个SSR，出现频率为8.772％，平均每10kb就出现一个SSR。这些SSR的长度介于10～20 bp之间，平均长度为18.46bp。绒山羊EST-SSR一共有22种重复基元，其中出现最多的是AC/GT和GGT/ACC，占所有EST-SSR的35.7％和60.9％。表明绒山羊EST-SSR出现频率高、种类丰富，而且72.97％的含有SSR的EST编码已知功能的蛋白，这些编码的已知蛋白中，有相当部分与角质形成有关，这对于研究绒山羊的皮肤结构，特别是其产绒性状有重大意义。