猪的生长性状是重要的经济性状之一,直接影响到养猪企业的经济效益,同时还间接反应了猪育种工作的现状和进展.为了了解猪生长性状的遗传机制,寻找与生长性状显著相关的位点,进而定位与生长性状有关联的功能基因,本研究利用全基因组关联分析(Genome-wide Association Study,GWAS)研究猪的生长性状相关基因.试验选择571头美系大白猪作为研究对象,采用基于线性模型的单标记回归方法,同时借助Illumina猪80K高密度SNP芯片(共有68,528个SNP位点)对样本个体的基因型进行分型,对大白猪的两个生长性状100Kg体重活体的背膘厚和达百千克体重的日龄,进行了全基因组关联分析.本研究将群体进行全基因组关联分析后使用FDR方法对关联分析的结果进行多重检验校正,发现了4个位于15号染色体上与百千克体重日龄性状相关的基因组水平显著的SNP位点,分别是WU_10.2_15_142776834、WU_10.2_15_142743420、WU_10.2_15_142698412、WU_10.2_15_142730007.2个位于1号染色体上与活体背膘厚性状相关的基因组水平显著的SNP位点,分别是ALGA0005769、ASGA0004384.进而利用EnseMble在线平台的猪SusScrofa10.2版本数据库,将显著的SNP位点向上下游各扩展1Mb进行基因富集分析,定位到了可能与生长性状有关联的基因.其中,与百千克体重日龄相关的基因有9个,分别是SLC19A3、CCL20、DAW1、SPHKAP、RHBDD1、IRS1、COL4A4、TM4SF20、AGFG1;与活体背膘厚相关的基因有16个,分别是ONECUT1、ARPP19、MYO5A、MYO5C、GNB5、BCL2L10、MAPK6、LEO1、TMOD3、SCG3、LYSMD2、TMOD2、DMXL2、GLDN、CYP19A1、TNFAIP8L3.结论,ARPP19可以控制有丝分裂,ONECUT1具有促进细胞分裂和生长发育的功能.因此这两个基因最可能与生长性状存在功能联系.
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