基于16S rRNA基因的PCR-DGGE和荧光定量PCR技术解析四川工厂和家庭发酵泡菜中细菌群落结构差异性

摘要

为了解传统四川工厂和家庭发酵泡菜中的微生物的多样性和差异性,为优化工厂发酵泡菜工艺,提高四川泡菜品质提供理论依据,本文对四川工厂和家庭发酵泡菜的理化特性,采用变性梯度凝胶电泳技术(PCR-Denatured gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)和荧光定量PCR(quantitative PCR,qPCR)方法对四川工厂和家庭发酵泡菜样品中的细菌群落结构进行了解析.结果显示,四川工厂和家庭泡菜样品之间的理化特性存在差异性,家庭发酵泡菜样品的pH均低于工厂发酵泡菜样品的,而家庭发酵泡菜样品的可滴定酸(TTA)、盐度、可溶性固形物(TSS)和氨基酸态氮(AAN)高于工厂发酵泡菜样品的,二者的亚硝酸盐含量均符合国标要求.根据四川泡菜样品中细菌的DGGE结果,工厂发酵泡菜共检测到8个不同的属,分别为乳杆菌属(Lactobacillus)、片球菌属(Pediococcus)、魏斯氏菌属(Weissella)、Undibacterium、不动杆菌属(Acinetobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、海杆菌属(Marinobacter)和栖热菌属(Thermus).而家庭发酵泡菜共检测到4个属,即乳杆菌属(Lactobacillus)、盐厌氧菌属Halanaerob ium)、片球菌属(Pediococcus)和魏斯氏菌属(Weissella),其中乳杆菌属(Lactobacillus)、片球菌属(Pediococcus)和魏斯氏菌属(Weissella)在工厂发酵泡菜和家庭发酵泡菜样品中均检测到,而乳杆菌属(Lactobacillus)是工厂与家庭发酵泡菜的优势菌属.研究结果表明四川工厂和家庭发酵泡菜中的细菌群落结构存在差异,但含有相同的优势微生物即乳杆菌属(Lactobacillus).乳杆菌属(Lactobacillus)、片球菌属(Pediococcus)和魏斯氏菌属(Weissella)是工厂和家庭发酵泡菜样品中的共性菌属,本文研究结果展示了四川工厂和家庭发酵泡菜中微生物的多样性,同时为不同原料发酵泡菜的工业化生产奠定理论基础.