丹参基因组SSR位点的特征分析及引物开发

摘要

本研究采用生物信息学方法，从丹参基因组框架图序列中发掘出4832个长度超过40bp的基因组SSR位点。结果表明，二核营酸重复基元和三核营酸重复基元是构成丹参基因组SSR位点的主要类型，分别占全部SSR位点总数的37.3%和61.3%。此外，富含A/T碱基的SSR位点，包括AT/TA,AAT/ATT,ATA/TAT,TAA/TTA，分别占全部SSR位点总数的30.5%，21.6%，17.1%，20.4%，在数量上明显高于其他类型。以基因组SSR位点为基础，共设计基因组SSR引物序列1079对。这些引物可用于基因组多样性分析、遗传图谱构建、分子标记筛选等工作，为后期丹参群体遗传学与基因组学研究奠定基础。