用RNA深度测序和核糖体印记法同时系统分析EV71感染后宿主和病毒的基因表达

摘要

肠道病毒71型为单正链RNA病毒，属小RNA病毒科肠道病毒属，感染低龄儿童会引起手足口病，严重的可能引起系列神经系统病症甚至致死。小RNA病毒在进入宿主之后迅速引起宿主基因表达关闭，病毒基因利用特有的内部核糖体进入位点保持翻译。本研究利用RNASeq和Ribosome Profiling技术分析了EV71感染横纹肌肉瘤细胞后不同时间病毒和细胞基因的mRNA及核糖体保护RNA片段，观察病毒和宿主基因组表达的动态变化。这种技术基于高通量测序，可在全细胞水平同时监测mRNA及核糖体保护RNA片段。其中RNA保护片段作为活跃翻译的标志，能够使我们高分辨率的了解从转录后到翻译之间的精细调控。