通过高通量测序方法对一株多药耐药大肠杆菌的研究

摘要

目的：研究一株临床分离株大肠杆菌的耐药性，并建立一种研究细菌抗生素耐药基因的方法。 方法：大肠杆菌LCT-EC001是从一位78岁男性患者痰标本中分离而得。通过VITEK 2试卡法获得该菌抗菌药物耐药谱。对该菌进行全基因组高通量测序分析，通过与ArdB和ARG-ANNOT两大耐药基因数据库比对分析获得其所携带耐药基因。通过同NCBI数据库中具有基因完成图的62株大肠杆菌相比较而构建该菌的发育进化树，并对其插入序列进行了分析，以了解该菌的进化情况。 结果：大肠杆菌LCT-EC001对目前临床常用的15种抗生素耐药，甚至包括第四代头孢菌素和碳青霉烯类抗生素。该菌携带51个耐药基因（包括21药物外排泵），几乎涵盖了大肠杆菌耐药目前所有的已知机制。系统进化树分析表明，该菌可能从大肠杆菌K-12演变而来，而大肠杆菌LCT-EC001大多数耐药基因两侧具有插入序列，提示这些耐药基因的获得可能在细菌之间进行基因交换实现。 结论：在大肠杆菌中，抗生素耐药性极为严重。高通量全基因组测序是研究细菌耐药一种的全新方法。