猪流行伪狂犬病毒gE基因检测及生物信息学分析

摘要

为了解当前伪狂犬病毒(PrV)地方流行毒株gE基因的变异特点,根据GuizhouDY株设计引物序列扩增gE基因,并对扩增产物进行序列分析和蛋白特性预测.成功获得t654bp目的片段,提交Genbank获得登录号KM079613.核酸序列分析在81～83和1399～1401位发现2处特征性CGA插入,并导致氨基酸序列在49～50位和495位天冬氨酸插入.相对Ea株编码蛋白O—GIcNAc糖基化位点在563位和571位出现偏移,抗原倾向性在420-460位区域明显下降.进化分析显示与2012年以来国内流行毒株WY、ZM、HuXT2012、HBBD、HBLF、XiangA、ZJNB2012同源性较高,达99.8％,而与欧洲及美洲毒株和2012年以前国内毒株同源性较低.表明所感染的伪狂犬病毒变异自2012年以来国内流行强毒,并且gE基因编码蛋白与国内早期分离的Ea株相比在O—GIcNAc糖基化位点和抗原倾向性上也发生了改变.