鸡传染性支气管炎病毒HN99株S1基因的序列分析

摘要

为了解鸡传染性支气管炎病毒HN99株的基因型,采用RT-PCR扩增了鸡传染性支气管炎病毒HN99株的S1基因,连接到pGEM-T Easy载体上,克隆后进行了核苷酸序列和氨基酸序列分析,结果显示HN99株S1基因全长为1739bp,编码一条557个氨基酸组成的多肽,其核苷酸序列与已报道的毒株ZJ971、JX9901、H120、M41、Gray、Holte的S1基因核苷酸序列同源性较低,分别为78.8﹪、77.1﹪、79.1﹪、77.3﹪、77.8﹪、79.4﹪,有大量的点突变并伴有基因插入和缺失;IBV HN99株的S1蛋白推导的氨基酸与ZJ971、JX9901、H120、M41、Gray、Holte株氨基酸的同源性分别为79.9﹪、78.5﹪、80.1﹪、79.5﹪、78.5﹪、78.5﹪,经S1基因系统进化分析,提示IBV HN99株与其它各毒株的亲缘关系较远,初步证实IBV HN99株为一新的IBV变异株.