全基因组关联研究

摘要： 震颤被定义为身体某一部位无意识的、节律性、振荡性的运动,而特发性震颤(ET)是一种常见的运动障碍性疾病,也是病理性震颤最常见的原因,约4%的成年人受其影响,且患病率随着年龄增长而增加。在50%~70%的受影响个体中,ET是一种遗传性疾病(并可能包含常染色体显性遗传),但其致病基因仍然不明。迄今为止,无论是连锁、全基因组关联,还是候选基因的病例对照关联研究,都无法最终确定导致特发性震颤的任何基因。本文总结了关于特发性震颤遗传学的相关文献及最新进展。

摘要： 近二十年来随着临床对原发性胆汁性胆管炎(PBC)的认知不断提高和诊断方法的不断改进,PBC在全球的发病率和患病率呈上升趋势,已成为最常见的自身免疫性肝病。早期的家系调查结果表明PBC具有严重的遗传倾向,随后针对不同种群的PBC基因组学分析相继完成,已积累了大量的遗传学分析数据。今后PBC的遗传学研究重点将聚焦在如何将这些遗传学分析结果转化到临床实践中。

摘要： 目的探究唇腭裂跨膜1样蛋白(CLPTM1L)基因调控区单核苷酸多态性(SNP)变异位点(rs27069、rs27070、rs27071及rs27996)与云南地区汉族人群非小细胞肺癌发生风险的相关性。方法500例非小细胞肺癌患者作为病例组、613例健康对照个体作为对照组,采用TaqMan探针法对两组受试者外周血CLPTM1L基因调控区rs27069、rs27070、rs27071和rs27996位点进行基因分型,并采用χ2检验分析上述4个SNP位点的等位基因、基因型及单倍型分布频率。结果rs27071的等位基因和基因型分布频率在对照组和病例组间比较差异有统计学意义(P=0.006和P=0.004),该位点的C等位基因可能是非小细胞肺癌的保护性因素(OR=0.65,95%CI为0.50~0.89);而rs27069、rs27070和rs27996位点的等位基因和基因型分布频率在病例组和对照组间比较差异无统计学意义(P>0.0125);单倍型分析结果显示,单倍型rs27069[T]-rs27070[C]-rs27071[C]-rs27996[G]与降低非小细胞肺癌发生风险相关(P=0.006,OR=0.662,95%CI为0.493~0.890)。结论CLPTM1L调控区SNP位点rs27071与云南地区汉族人群肺癌的发病风险相关,该位点等位基因C可能是非小细胞肺癌的保护性因素。

摘要： 血脂水平升高是心血管疾病的可遗传风险因素,由于饮食模式和药物使用的不同,全球患病率也各不相同。尽管该病在预防和治疗方面取得了进展,特别是通过降低低密度脂蛋白胆固醇水平,但心脏病仍是全球主要的死亡原因。血脂水平的全基因组关联研究(GWAS)为心血管疾病带来了重要的生物学和临床新见解以及新的药物靶点。

摘要： 肝豆状核变性又称Wilson病,是由于铜转运蛋白相关基因ATP7B的突变或缺失而导致铜在体内蓄积而引起的疾病,遗传模式为常染色体隐性遗传 [1] 。临床表现为肝脏损害、神经系统表现、肾脏损伤、出现角膜K-F环等,涉及机体多个系统和器官,以肝脏或神经系统的损伤为主要表现形式。ATP7B 基因定位于人类染色体13p14.3 上,具有21个外显子区域 [2] 。目前已发现的有害基因突变有800余种(人类基因突变数据库www.hgmd.org)。研究表明,不同的基因突变位点与不同的临床表现相关。

摘要： 慢性阻塞性肺疾病(COPD)是呼吸科的常见病和多发病,环境因素和遗传因素共同参与发病。近年来,随着全基因组关联研究等新方法的应用,研究人员发现了大量与肺功能和COPD相关的基因变异,为COPD的发病机制和潜在治疗靶点提供了新视角。本文就目前基因组学在COPD的研究现状及应用进展进行综述。

摘要： 创伤后应激障碍(PTSD)是个体经历严重的威胁和灾难性事件后发生的并持续存在的一种异质性精神应激障碍,其发生发展受多种因素的影响,其中遗传变异和环境因素是最重要的风险因素。近年来,PTSD影像遗传学研究进展迅速,主要通过候选基因或全基因组关联研究来探讨基因对大脑表型及临床表征的影响,同时也越来越关注基因-环境交互作用的影响,相关影像遗传学研究为探索PTSD的神经病理生理机制提供了重要的影像学生物标志物。文中对近年来PTSD影像遗传学的主要研究进展进行阐述,并展望这一领域未来的研究方向。

摘要： 痔病是最常见的肛肠良性疾病,有较高的患病率和复发率。目前有关痔病发病机制的研究多关注非遗传因素,而在遗传因素方面尚缺乏系统性的研究。新近的一项全基因组关联研究首次证明痔病是部分遗传性疾病并确定了相关风险基因,从遗传因素角度揭示了痔病与排粪障碍综合征之间潜在的共病机制。此外,既往研究多认为功能性便秘是痔病的危险因素,在合并功能性便秘的痔病患者中,尤其以排粪不协调或排空障碍的便秘类型多见。笔者团队最近的临床研究也显示了梗阻性排粪障碍综合征与痔病术后的复发率存在显著相关性。本文从非遗传因素和遗传因素这两方面梳理和归纳痔病与梗阻性排粪障碍综合征共病机制的研究进展,旨在为二者发病机制的研究、临床诊治及管理提供新的思路。

摘要： 2型糖尿病(T2DM)是致残、致死的主要疾病之一,其生物学发病早于临床症状的出现。因此,近年来与T2DM早期诊断生物标志物的相关研究明显增多。这些生物标志物对于制定个性化的干预措施以预防或延缓T2DM进展有着重要的意义。表观遗传修饰是基因、环境和生活方式之间的纽带,越来越多的证据表明,在T2DM的发病机制中DNA甲基化是最具特征、研究最为广泛的表观遗传机制。本文对差异甲基化基因作为T2DM生物标志物的全基因组关联研究的进展进行综述。

摘要： 背景:研究表明,GLUT9、URAT1、NPT1和ABCG2等尿酸盐转运蛋白直接参与人的血清尿酸水平调节,其编码基因的多态性与痛风的发生发展密切相关.因此,尿酸盐转运蛋白的针对性治疗成为一种临床治疗痛风的新思路.目的:总结近几年尿酸盐转运蛋白在痛风中的多态性表达及与临床药物的相关性研究进展,为进一步探究痛风及高尿酸血症的个性化治疗提供文献和理论基础.方法:由第一作者以"痛风、尿酸盐转运蛋白、高尿酸血症、基因多态性、治疗"为中文检索词,以"Gout,Urate transporter,Hyperuricemia,Polymorphism,GWAS,Therapy"为英文检索词,通过计算机检索CNKI、万方数据库和PubMed数据,检索出相关文献131篇,根据纳入与排除标准,并进行文献增减,筛选出78篇文献进行汇总、归纳,主要包括尿酸盐转运蛋白在痛风中的基因多态性及痛风药物作用机制与尿酸盐转运蛋白的相关性等内容.结果与结论:大量研究表明,尿酸盐转运蛋白的多态性与尿酸稳态密切相关,以GLUT9、URAT1、NPT1和ABCG2最为重要.这些蛋白在不同人群中的差异性表达,并且与痛风药物的反应机制密切相关.在未来诊疗中,这些研究结果可以帮助评估高尿酸血症患者有无治疗必要,并帮助痛风患者制定个体化高效的治疗方案.通过激活BCRP增强肠道对尿酸的清除来治疗高尿酸血症可能是一种可行方案.

摘要： 本文从全基因组关联研究的概念和特点、常用统计方法及其研究方法对绵羊多种性能基因挖掘的应用进行综述，文章指出。张莉等通过对329只绵羊（主要是尼特羊、德国肉用美利奴羊和杜泊羊）的11个肉用性状的数量性状开展全基因组关联分析，筛选后得到36个SNPs与断奶前日增重、断奶后日增重、断奶重、六月龄重、日增重、胸围和管围这7个相关肉用性状显著相关。通过基因注释，获得25个可能与绵羊肉用性状相关的潜在候选基因，但未获得到与初生重、体高、背膘厚度和眼肌面积显著相关的SNPs位点。Zhipeng Wang等人对中国765例中国美利奴绵羊进行GWAS分析研究，通过全基因组数据与羊毛纤维直径、羊毛变异纤维直径系数、羊毛细度分散、羊毛纤维长度和羊毛卷曲度五个羊毛性状进行关联分析后，发现28个SNP位点与美利奴羊羊毛纤维直径变化的纤维直径系数、细度分散性好、卷曲显著相关，其中43%的显著SNP为己知的相关基因。Sutárez-Vega等通过结合GWAS与RNA测序途径对西班牙绵羊进行全基因检测以及分析后，发现绵羊11号染色体区域与交界性表皮松懈症相关相关，并确定了该区域ITGB4基因为最佳候选基因，证实了该基因的外显子上具有4bp的缺失，而这个缺失会导致基因突变产生整合素4蛋白齣改变，从而进一步影响羊皮肤性状的改变，产生表皮松懈的症状。

摘要： 本发明公开了一种基于多个基因组比较和二代测序数据的全基因组关联分析方法，步骤一：使用比对软件将参考基因组和从头组装基因组文件进行比对，步骤二：根据插入片段大小及插入到参考基因组的位置，更新参考基因组中的注释基因位置或结构，步骤三：如果有多个从头组装基因组，依次迭代更新参考基因组；步骤四：利用比对软件将样品的二代测序数据比对到更新后的参考基因组上，步骤五，收集所有样品全部结构变异的分界点位置信息至一个集合中，构建群体基因型，步骤六：根据关联位点和更新后的参考基因组注释文件进行功能基因的候选，本发明实现了利用结构变异基因型数据进行全基因组关联分析。

摘要： 本发明公开一种全基因组重测序分析及用于全基因组重测序分析的方法。所述用于全基因组重测序分析的方法包括：获取对待检测样本的DNA序列进行识别所得到的多条测序序列；将所述多条测序序列分成多个测序序列组；基于每个测序序列组，并行地执行如下操作：依次地或并行地将所述测序序列组中的各条测序序列与参考基因组进行测序序列对比，确定每条测序序列在所述参考基因组上的对应位置及对应的染色体编号；以及根据每条测序序列在所述参考基因组上的对应位置及对应的染色体编号，对各条测序序列进行排序和去重，生成对应各染色体的测序序列库。

摘要： 本发明公开了一种基于亲本基因型与子代表型的全基因组关联分析方法，包括以下步骤：获取待分析群体的亲本基因型、子代表型以及子代父母本信息，根据亲本对的基因型建立子代的组合基因型矩阵，获得每个SNP位点不同子代的可能基因型组合信息，以及对应的子代群体分组表型数据，构建子代组合基因型与对应子代表型的统计模型进行关联分析，获取表型与各SNP位点的关联P值；之后区分SNP位点的关联类型，计算是否符合加性或完全显性效应，对候选位点进行筛选；再根据全基因组SNP标记的LD衰减获得强相关标记的平均距离，用于最终标记集合的筛选。

摘要： 本发明属于数据处理技术领域，公开了一种结合差异化分析和关联规则挖掘全基因组关键基因的方法，首先利用基因名与探针名的对应关系，对多探针进行折叠，接着应用差异化分析方法对处理后的基因进行初步筛选，筛选出显著差异表达的基因；再对差异基因的所有样本依据阈值将其划分为上调和下调两个事务集，并对两个事务集的基因分别作关联规则挖掘，找出排名靠前的规则对应的基因，即关键基因；最后通过生物功能分析验证基因的有效性。本发明综合考虑样本与样本及基因与基因之间的关联，能处理全基因组表达数据，并找出表达突出的关键基因，这对疾病风险预测、复杂疾病的致病机理研究及生物制药技术等都有重要的意义。

摘要： 本发明公开了一种基于多个基因组比较和二代测序数据的全基因组关联分析方法，步骤一：使用比对软件将参考基因组和从头组装基因组文件进行比对，步骤二：根据插入片段大小及插入到参考基因组的位置，更新参考基因组中的注释基因位置或结构，步骤三：如果有多个从头组装基因组，依次迭代更新参考基因组；步骤四：利用比对软件将样品的二代测序数据比对到更新后的参考基因组上，步骤五，收集所有样品全部结构变异的分界点位置信息至一个集合中，构建群体基因型，步骤六：根据关联位点和更新后的参考基因组注释文件进行功能基因的候选，本发明实现了利用结构变异基因型数据进行全基因组关联分析。

摘要： 本发明提供一种是基于全基因组关联分析和全基因组选择建立快速筛选玉米优良自交系的分子育种方法。本发明通过3种全基因组关联分析方法即FarmCPU、MLMM和CMLM计算与玉米单穗产量、穗粒数和百粒重关联SNP的显著性。通过比较不同模型预测的准确性，确定最佳的预测模型。利用最佳模型对不同标记密度选择方案比较确定最佳的SNP信息。根据最佳预测模型和SNP信息，筛选单穗产量、穗粒数和百粒重育种值较高的优良材料。本发明可以快速鉴定候选材料的遗传变异，快速选育出聚合有利基因的优良材料，缩短育种进程。

摘要： 一种全基因组甲基化文库单链建库方法和得到的全基因组甲基化文库，该方法包括：（a）对打断或未打断的基因组DNA进行重亚硫酸盐处理，使非甲基化的C碱基转化为U碱基，并在DNA上形成随机的AP位点；（b）采用去磷酸化酶对上一步反应产物进行5’端去磷酸化处理以去除5’末端的磷酸基团；（c）在DNA聚合酶和随机引物作用下对上一步反应产物的变性单链进行扩增，以合成第二链；以及（d）采用具有AP位点去除作用的核酸内切酶去除所述AP位点；其中步骤（d）在步骤（a）之后任意阶段进行。本发明的方法具有低起始量、高文库质量、高数据利用率和数据可靠性的优势。

摘要： 本发明公开一种全基因组重测序分析及用于全基因组重测序分析的方法。所述用于全基因组重测序分析的方法包括：获取对待检测样本的DNA序列进行识别所得到的多条测序序列；将所述多条测序序列分成多个测序序列组；基于每个测序序列组，并行地执行如下操作：依次地或并行地将所述测序序列组中的各条测序序列与参考基因组进行测序序列对比，确定每条测序序列在所述参考基因组上的对应位置及对应的染色体编号；以及根据每条测序序列在所述参考基因组上的对应位置及对应的染色体编号，对各条测序序列进行排序和去重，生成对应各染色体的测序序列库。

摘要： 一种癌症测试，包括：处理从对象(6)采集的可疑组织样本(10)，以生成可疑全基因组序列(WGS)(20)；处理从所述对象采集的正常组织样本(12)，以生成正常WGS(22)；计算将所述可疑WGS与所述正常WGS进行比较的WGS比较度量；以及基于计算出的所述WGS比较度量来识别所述可疑组织样本是否包括癌症组织。一种肿瘤勾勒方法，包括：在肿瘤(100)中或肿瘤附近采集来自对象(6)的多个检验组织样本(104)；记录所述检验组织样本的采样位置；基于所述检验组织样本的基因测试将对应于癌症的每个检验组织样本进行分类；以及，基于所述检验组织样本的所述分类和所记录的采样位置来勾勒所述肿瘤的边界(110)。

摘要： 本发明公开了一种基于亲本基因型与子代表型的全基因组关联分析算法，包括以下步骤：获取待分析群体的亲本基因型、子代表型以及子代父母本信息，根据亲本对的基因型建立子代的组合基因型矩阵，获得每个SNP位点不同子代的可能基因型组合信息，以及对应的子代群体分组表型数据，构建子代组合基因型与对应子代表型的统计模型进行关联分析，获取表型与各SNP位点的关联P值；之后区分SNP位点的关联类型，计算是否符合加性或完全显性效应，对候选位点进行筛选；再根据全基因组SNP标记的LD衰减获得强相关标记的平均距离，用于最终标记集合的筛选。