新等位基因

摘要： 目的 研究一个彝族家系P1Pk血型系统中罕见p表型的分子遗传机制.方法 对34例家系成员样本进行血型血清学鉴定;红细胞稀有血型基因分型采用荧光定量PCR法;同时采用Sanger测序法分析α1,4-半乳糖基转移酶(α-1,4-galactosyltransferase,A4GALT)基因和β1,3-N乙酰半乳糖胺转移酶(β-1,3-N-acetylgalactosyltransferase,B3GALNT1)基因的多态性.结果 先证者及其哥哥均为罕见的p表型,血清中均含有能与所有非p表型红细胞凝集并致其溶血的抗-PP1PK抗体,其他家系成员为正常的P1或P2表型.基因测序发现,34例彝族家系成员中有2例A4GALT基因编码区存在456-457insACACCCC(Bank IT:MG812384)纯合突变,6例456-457insACACCCC杂合突变,7例109A>G和987G>A杂合突变,3例IVS+228C>T杂合突变;所有家系成员B3GALNT1序列均与参考序列一致.456-457insACACCCC突变导致开放阅读框移码,并提前形成终止密码子,产生无效等位基因.结论 在一个彝族家系中发现2例p表型,并首次鉴定A4GALT新等位基因456-457insACACCCC,是p表型的分子遗传基础.

摘要： 目的 确认1 例HLA-DQB1 新等位基因的序列,分析新等位基因的遗传学特征.方法 应用PCR-序列特异性寡核苷酸探针分型技术(sequence-specific oligonucleotide probe,SSOP)及PCR-直接测序分型法(sequence-based typing,SBT)对1个白血病家系进行HLA常规检测,发现患者母亲及哥哥HLA-DQB1 序列组合无完全匹配的基因型.应用二代测序(next generation sequencing,NGS)技术对该基因进行确认.结果 PCR-SBT 提示患者母亲及哥哥HLA-DQB1 序列组合与已知基因型不完全匹配.NGS分析显示,与同源性最高的等位基因DQB1 * 03:02 相比,该等位基因在第2 外显子c.233T>G 变异,导致46位编码氨基酸由缬氨酸变为甘氨酸(p.Val46Gly).家系调查显示患者哥哥HLA-DQB1 新等位基因来源于母亲.新等位基因序列已递交给GenBank 数据库(MK729743).结论 应用NGS 鉴定了 1 个HLA-DQB1 新等位基因,该等位基因被世界卫生组织HLA 因子命名委员会正式命名为HLA-DQB1 * 03:362.

摘要： 目的 调查并分析无锡地区无偿献血者ABO亚型血型血清学及分子生物学特征.方法 2016年5月～2019年6月,有19例无偿献血者标本经血型血清学初步判定为ABO亚型.14/19例标本进行分子生物学检测,其中11例同时采用PCR-SSP(序列特异性引物聚合酶链反应)方法及DNA测序方法进行ABO基因检测,另3例仅采用了DNA测序方法检测.结果 120118名无偿献血者中,用血型血清学方法检出ABO亚型的频率约为1.6/万,且B亚型数量多于A亚型;分子生物学检测获得Ael02、A201、Bw27、Bel03、Bw22、B310、A217、CisAB01、B(A)02九种ABO突变等位基因;3例标本在第1-7号外显子未见异常,发现1例新等位基因(GenBank:MT281528).结论 用血型血清学、PCR-SSP和DNA基因测序三种方法结合更能准确地鉴定ABO亚型.

摘要： 目的 应用cDNA分子克隆测序方法,鉴定中国南方汉族1个KIR3DL3新等位基因.方法 采集1例KIR3DL3基因测序结果异常的无偿志愿捐血者的外周血样,提取mRNA并逆转录为cDNA.设计1对具有KIR3DL3基因特异性的PCR引物对cDNA进行扩增,扩增产物纯化后进行分子克隆测序.结果 经分子克隆测序,检出1个正常的KIR3DL3* 00802等位基因和1个KIR3DL3* 064新变异等位基因.KIR3DL3* 064与KIR3DL3* 00601等位基因的序列最为接近,仅有编码区存在nt1184 C＞T错义变异,导致第9外显子中的第374密码子由ACT变为ATT,所编码的苏氨酸(Thr)变为异亮氨酸(Ile).该等位基因被世界卫生组织HLA因子命名委员会KIR分委会正式命名为KIR3DL3* 064.结论 cDNA分子克隆测序法能够鉴别常规测序分型中的异常结果,可用于鉴定KIR3DL3新等位基因.

摘要： Objective To report on a novel weak D type identified in a Chinese individual.Methods Peripheral blood sample was collected for a voluntary blood donor with weakened expression of D antigen. Routine serological testing was carried out to determine the D,C,c,E and e antigens of the Rh blood group.A D-screening kit was used to analyze the RhD epitopes.The 10 exons and flanking intronic regions of the RHD gene were sequenced.The zygosity of RHD was determined with a sequence-specific primer PCR method.Results A novel RHD allele,RHD (1022T>A),was found in the subject with a weak D phenotype.Serological testing of the RhD epitopes has coined with the weak D phenotype.Conclusion A novel weak D allele has been identified in Chinese population.%目的 鉴定并确认在中国人中发现1例新的弱D型.方法 对1例从宁波市中心血站无偿献血者中筛查出的RhD抗原弱表达标本,应用常规血清学试剂对其进行RhCE分型,应用D-screen试剂盒分析其RhD抗原表位.应用序列特异性引物聚合酶链反应检测RHD基因合子型,并对RHD基因全部外显子及邻近内含子区域进行测序分析.结果 在该献血者中发现了一种新的RHD等位基因:RHD(1022T>A),其D抗原表位检测结果与弱D型血清学特征一致.结论 在中国人群中发现 1 种新的弱 D等位基因.

摘要： 目的:鉴定分析HLA新等位基因A?02:355的序列变异并预测分析其氨基酸残基改变在编码蛋白分子三维空间结构中的影响.方法:应用Luminex SSO流式、PCR-SBT及单等位基因特异性测序对1例A位点变异序列进行鉴定.应用Phyre2蛋白折叠识别在线服务器以及RasMol和PDB Protein Workshop分析软件,对其编码蛋白分子三级结构及其氨基酸残基改变特点在MHC分子三维空间结构中所处位置及可能影响进行模拟分析.结果:相较于A?02:03:01,其第98、102位核苷酸发生T->A、A->C替代,导致其编码氨基酸发生9F→Y改变.其编码蛋白分子三维结构模拟分析表明,该氨基酸变异位置位于α1和α2结构域抗原多肽结合凹槽β折叠片层底面的第1β股链的中心位置,该位置亦参与构成抗原多肽结合凹袋B和凹袋C.结论:该等位基因序列被WHO HLA命名委员会正式命名为A?02:355.分析预测此编码氨基酸改变将可能影响其MHC分子的抗原多肽结合及呈递功能.

摘要： 目的 鉴定人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因A*26:82,分析新等位基因的遗传学特征.方法 应用双链直接测序分型技术进行中华骨髓库志愿者HLA分型,对其中1例HLA-A位点无完全匹配结果者,采用等位基因特异性扩增测序分型方法进行鉴定并进行血清学特异性鉴定和家系调查.结果 先证者在HLA-A位点有一个未知的新碱基序列,该序列与HLA-A* 26:01:01:01最为相近,仅在第4外显子上有1个碱基突变,即第746位C→A,并导致密码子225发生ACC→ AAC变化,编码氨基酸由苏氨酸(Thr)变为天冬酰胺(Asn).结论 经DNA测序鉴定为一个新HLA-A等位基因,基因序列注册号为JQ913144,被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为A*26:82,其血清学特异性为HLA26.

摘要： 目的：确认HLA新等位基因HLA-B*56∶21并分析其有异常反应格局的核苷酸序列。方法：标本DNA抽提采用美国Tiangen试剂盒,采用聚合酶链反应序列-特异寡核苷酸探针杂交技术(PCR-SSOP)进行HLA分型,发现1个与HLA-B*56相关的异常基因,使用DNA测序分型技术(PCR-SBT)直接测定其基因序列,并分析其与最接近的HLA-B*56∶05∶02和HLA-B*56∶07基因序列的差异。结果：新基因与所有已知的HLA-B等位基因序列均不相同,与HLA-B*56∶05∶02基因序列相比在第2外显子有6个碱基发生替代,导致5个氨基酸发生改变；与HLA-B*56∶07相比,在第2外显子序列仅有2个碱基被替代,第3外显子序列有6个碱基被替代,也导致5个氨基酸发生改变。结论：发现1个新的HLA-B等位基因,现已被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*56∶21,新等位基因HLA-B*56∶21与HLA-B*56∶05∶02、HLA-B*56∶07均有很高相似性。

摘要： 目的:确定在近交系五指山猪(WZSP)群体中,SLA-ⅡDRA、DRB基因的等位基因数及其特性.方法:PCR扩增SLA-ⅡDRA、DRB基因的第二外显子序列,经单链构象多态性即SSCP检测其等位基因数,选择纯合子个体的PCR产物直接测序.对所获得的序列与Genbank中所有相应的序列,特别是SLA-DRB-C、SLA-DRB-D、HLA-DRB*09012、HLA-DRB*1201、HLA-DRA*0101进行比对分析.结果:在近交系WZSP群体中,DRA,DRB各有两个等位基因且发现一个DRB新等位基因.DRA第二外显子有很强的保守性,核苷酸和氨基酸水平同源性均为99％;而DRB基因呈现出高度的多态性,在核苷酸水平同源性为85％以上,氨基酸水平同源性为70％以上.结论:成功地检测了近交系WZSPSLA-DRA、DRB基因的等位基因及其特性,为建立WZSPSLA-DR基因抗原的分子分型及基因功能的研究打下基础.

摘要： 本发明提供包含阻断剂和第一引物寡核苷酸的寡核苷酸组合物。所述阻断剂寡核苷酸包含具有靶中性子序列和阻断剂可变子序列的第一序列。非靶特异子序列在其3’和5’端被所述靶中性子序列侧接，并且与该靶中性子序列连续。所述第一引物寡核苷酸足以诱导酶促延伸；本文中，第一引物寡核苷酸包含第二序列。所述第二序列与该靶中性子序列的5’端重叠至少5个核苷酸；本文中，第二序列包含重叠子序列和非重叠子序列。所述第二序列不包含该非靶特异子序列。

摘要： 本发明提供了一种新的STR(短串联重复序列，Short tandern repeat，)等位基因阶梯(Allele ladder，AL)的制备方法，它包括从人有核细胞中提取DNA，合成对应于这些STR位点的引物，选择具有不同等位基因个体的DNA，利用PCR技术特异地扩增出对应的扩增产物，采用HPLC纯化分离扩增产物，并多次循环地进行PCR扩增→纯化→PCR扩增→纯化，最后将各位点具有不同等位基因的纯化产物按等比例混合，即成各STRAL。本发明还提供了一种具有利用这种方法制备的等位基因阶梯的分型试剂盒。本发明所述的制备方法和分型试剂盒可用于法医学、人类学、遗传学和疾病等领域的个体识别、亲子鉴定以及基因诊断等方面。

摘要： 本发明提供一对HLA等位基因中两个等位基因表达量的定量检测方法，所述方法应用于二倍体生物中个性化HLA的检测，所述检测方法包括将所述测序数据的reads的长度作为需要构建的Kmer长度m，分别得到每个等位基因的所有Kmer，过滤掉每个等位基因中非特有的Kmer，得到一对HLA等位基因中每个等位基因特有的Kmer，和统计一对HLA等位基因中两个等位基因中每个等位基因特有的reads数量，得到该对HLA等位基因中两个等位基因表达量及其表达的比例。

摘要： 本发明涉及一种玉米核雄性不育基因ms20的新的等位基因的发现、突变位点分析及其功能标记的开发和应用。本发明利用F2群体和SSR分子标记对突变基因ms20进行定位和图位克隆，发现突变ms20基因是IPE1基因的一种新的等位突变基因，其突变是由于ms20基因启动子区一段891bp的序列插入引起。根据其突变位点设计了包括但不限于ms20‑IN1和ms20‑IN2两个功能标记，通过PCR和琼脂糖凝胶电泳检测即能快速、准确检测和标记玉米核雄性不育基因ms20或可育基因ZmMs20的等位基因型，可用于雄性不育株系的鉴定、目标单株的筛选，在玉米雄性不育系培育、不育化杂交制种和分子标记辅助选择中具有重要的应用价值，对提高玉米杂交育种和制种效率、保障制种质量等方面具有重要意义。

摘要： 本发明提供包含阻断剂和第一引物寡核苷酸的寡核苷酸组合物。所述阻断剂寡核苷酸包含具有靶中性子序列和阻断剂可变子序列的第一序列。非靶特异子序列在其3’和5’端被所述靶中性子序列侧接，并且与该靶中性子序列连续。所述第一引物寡核苷酸足以诱导酶促延伸；本文中，第一引物寡核苷酸包含第二序列。所述第二序列与该靶中性子序列的5’端重叠至少5个核苷酸；本文中，第二序列包含重叠子序列和非重叠子序列。所述第二序列不包含该非靶特异子序列。

摘要： 本发明提供包含阻断剂和第一引物寡核苷酸的寡核苷酸组合物。所述阻断剂寡核苷酸包含具有靶中性子序列和阻断剂可变子序列的第一序列。非靶特异子序列在其3’和5’端被所述靶中性子序列侧接，并且与该靶中性子序列连续。所述第一引物寡核苷酸足以诱导酶促延伸；本文中，第一引物寡核苷酸包含第二序列。所述第二序列与该靶中性子序列的5’端重叠至少5个核苷酸；本文中，第二序列包含重叠子序列和非重叠子序列。所述第二序列不包含该非靶特异子序列。

摘要： 本发明提供了一种新的STR(短串联重复序列，short tandem repeat，)等位基因阶梯(allele ladder，AL)的制备技术，它包括从人有核细胞中提取DNA，合成对应于这些STR位点的引物，选择具有不同等位基因个体的DNA，利用PCR技术特异地扩增出对应的扩增产物，采用HPLC技术纯化分离扩增产物，并多次循环地进行PCR扩增→纯化→PCR扩增→纯化，最后将各STR位点具有不同等位基因的纯化产物按等比例混合，即成各STR AL。本发明还提供了一种具有利用这种技术制备的等位基因阶梯的分型试剂盒。本发明所述的制备技术和分型试剂盒可用于法医学、人类学、遗传学和疾病等领域的个体识别、亲子鉴定以及基因诊断等方面。

摘要： 本发明提供编码玉米D9基因的突变等位基因和野生型等位基因的分离的多核苷酸分子。本发明进一步提供改变植物生长的方法，包括这些分离的多核苷酸分子、分离的多肽和转化的植物、种子和细胞的用途。

摘要： 本发明提供一对HLA等位基因中两个等位基因表达量的定量检测方法，所述方法应用于二倍体生物中个性化HLA的检测，所述检测方法包括将所述测序数据的reads的长度作为需要构建的Kmer长度m，分别得到每个等位基因的所有Kmer，过滤掉每个等位基因中非特有的Kmer，得到一对HLA等位基因中每个等位基因特有的Kmer，和统计一对HLA等位基因中两个等位基因中每个等位基因特有的reads数量，得到该对HLA等位基因中两个等位基因表达量及其表达的比例。

摘要： 本发明涉及一种玉米核雄性不育基因