SUMO

摘要： SUMO化(SUMOylation)是一种可逆的翻译后修饰,是一种重要的分子调控机制,参与调控DNA损伤修复、免疫反应、癌变、细胞周期进程和细胞凋亡。现在已经发现了四种SUMO亚型,分别是SUMO1、SUMO2/3和SUMO4。小泛素样修饰物(SUMO)通路在所有真核生物中都是保守的,在基因表达调控、细胞信号转导和基因组完整性的维持中起着关键作用。SUMO的催化循环包括成熟、活化、偶联、连接和去修饰。SUMO系统的失调与许多疾病有关,特别是癌症。SUMO化修饰广泛参与肿瘤的癌变、DNA损伤反应、癌细胞的增殖、转移和凋亡。SUMO可以作为癌症的潜在治疗靶点。为了更好地理解SUMO在人类疾病中的作用,我们简要概述了SUMO系统的基本概念,并总结了SUMO蛋白在癌细胞中的作用以及最近关于这一通路的抑制剂研究进展。

摘要： 在城市交通中,发生事故会造成车辆大面积拥堵。为解决该问题,采用基础设备层和控制层2层架构,实现事故信息传递、路侧单元选择和车辆分流,并利用SUMO和Mininet-WiFi联合仿真进行验证。结果显示:在不同车流量和不同导向线长度情况下,收到事故信息的后方车辆分流率不小于90%。

摘要： 对城市交叉口进行交通仿真模拟具有较大意义。基于SUMO[7]这一交通仿真软件,搭建三车道、两相邻交叉口的仿真环境,以智能驾驶模型为对象,测试智能驾驶模型的交通参数。实验证明,创建的交叉口仿真系统具有与真实道路交通流相似的交通参数及特征。

摘要： 现行的传统物理交通信号灯存在着不能很好适应复杂的交通情况和高额的维护费用等弊端,一种解决方法是采取虚拟交通灯方案,依托车联网技术,通过车车交互来选择领导车辆,并由领导车辆承担传统交通灯的工作,负责绿灯通行权的授予和回收。本文基于SUMO (Simulation of Urban Mobility)搭建了虚拟交通灯平台,设计了虚拟交通灯平台的车辆状态、消息格式以及核心控制算法。通过在平台上实现传统的交通灯与虚拟交通灯进行比较实验,证明虚拟交通灯相较于传统物理交通灯模式性能上有很大的提升。本文搭建的基于SUMO的虚拟交通灯平台可以为今后的深入实验和研究提供平台和框架。

摘要： 神经系统疾病主要是指中枢神经系统和周围神经系统的病变所引起的一些疾病。RNF4是新近发现的一种SUMO(small ubiquitin-like modifier)靶向的泛素连接酶(SUMO-targeted ubiquitin ligases,STUbL),不仅参与蛋白质降解,还在其他多种细胞信号途径中发挥重要作用。研究显示,RNF4可通过泛素蛋白酶体途径参与多种病理生理过程,包括神经系统疾病、免疫系统疾病以及肿瘤等。本文就RNF4在神经系统疾病中的作用作一综述,旨在提供RNF4在神经系统疾病中的最新进展。

摘要： 针对多变环境条件下的交通堵塞问题,将强化学习、神经网络、多智能体和交通仿真技术结合起来,提出了用于优化多路口条件下交通状况的trajectory reward light(TR-light)模型。该方法具有几个显著特点:基于红绿灯拟定交通组织方案;将多智能体强化学习用于红绿灯控制;通过红绿灯的协同达到区域级的交通组织优化;在智能体每次行为执行结束后实施轨迹重构,在OD对不改变的情况下改变车辆行驶路径,根据方案和重构轨迹来计算智能体的最终回报。通过SUMO进行交通仿真实验和交通指标对比,验证了该模型在多交叉口中能够提高路网畅通率,改善交通状态。实验表明该模型可行,可有效缓解交通拥堵。

摘要： 目的探讨LDHA在乳腺癌中的表达、临床意义及与SUMO1修饰的关系。方法采用免疫组化和Western blot法检测乳腺癌组织中LDHA蛋白表达,并分析其与临床病理特征的关系。应用数据库预测LDHA表达与患者预后的关系。Co-IP鉴定LDHA分子SUMO化水平,软件筛选SUMO化位点。结果LDHA在癌旁正常乳腺组织、普通型导管增生、导管不典型增生、导管原位癌和浸润性导管癌组织中的阳性率分别为26.0%、26.8%、31.4%、54.2%、64.3%。LDHA表达与乳腺癌组织学高分级、淋巴结转移、TNM III+IV期、ER阴性相关(P均<0.05),与患者总生存期、无瘤生存期呈负相关(P=0.009,P=0.008)。LDHA与SUMO1相互作用,致使乳腺癌中的SUMO化修饰水平降低。LDHA的SUMO化位点可信度最高的是K284、K59及K14。结论LDHA高表达提示乳腺癌变、恶性进展及预后不良,同时LDHA蛋白发生SUMO化修饰。

摘要： 随着城市交通需求量的快速增加,过饱和的交通流在早晚高峰时段出现得愈发频繁。现有的交通信号配时方法通常针对非饱和交通流进行设计,其在过饱和交通流情况下往往无法发挥其优势;其主要缺陷在于未区分过饱和与非饱和信号相位,导致过饱和信号相位未被分配足够的绿灯时间,同时非饱和信号相位的绿灯时间利用率较低。针对上述问题,提出一种基于模糊控制的过饱和交通流配时方法(Fuzzy Control based Timing Method for Oversaturated Traffic Flows,FCTO)。在过饱和的交通流情况下,该方法首先基于改进的Webster配时法设置合理的初始信号周期,接着基于模糊控制确定各相位的绿延时间,最后结合各相位的初始绿灯时间和绿延时间确定最终的绿灯时间。基于开源仿真平台SUMO和真实交通流数据的实验结果表明,所提FCTO方法与其他方法相比较,在高峰时段其平均停车时长、车辆速度和拥塞车辆数方面表现出更优的性能。

摘要： 随着机动车保有量逐年上升,城市道路拥堵情况愈加严重。很多交通拥堵的根源都可以追溯到交通瓶颈,通过在瓶颈处实施一些交通策略,可以改善全网范围内交通状况。因此,分析路网中拥堵扩散趋势,并进一步识别出交通瓶颈至关重要。根据路段拥堵的判断条件,分析路网中各时间节点的拥堵路段,构建拥堵路网结构图。给出了路段因果关系分析的相关定义,通过对拥堵路网结构图进行因果关系分析得到拥堵扩散趋势图,用于计算路段扩散成本,将自身拥堵成本与扩散成本之和超过指定阈值的路段视为交通瓶颈。使用SUMO仿真软件模拟验证,进一步在实际场景中进行测试,论证了所提技术的有效性。

摘要： 为解决重组人瘦素蛋白(hLeptin)大规模生产过程中包涵体的形成以及体外重折叠过程中蛋白聚集导致的低产量,探究在大肠杆菌中hLeptin高水平可溶性的表达,并进行生物学活性检测.利用hLeptin成熟肽基因与pET-30a(+)-SUMO系统构建融合表达质粒pET-30a(+)-SUMO-Lep,转化至大肠杆菌BL21(DE3),加入异丙基-β-D-硫代半乳糖(IPTG)进行诱导表达,之后经Ni金属亲和层析纯化,并切去SUMO融合标签后获得成熟hLeptin.重组hLeptin表达量高,主要以可溶形式存在.通过KM小鼠减肥实验和CCK8实验证明重组hLeptin具有生物学活性.综上,使用SUMO融合标签,以增强hLeptin在大肠杆菌中的高效可溶性高纯度的表达,为大规模生产hLeptin提供了一种新方法,同时为表达可溶性重组蛋白研究提供了一定的基础.

摘要： 本发明涉及一种基于去SUMO化酶和阴离子交换色谱的SUMO化修饰肽段的富集方法，首先将蛋白质样品的碱性位点酶解成多肽，在肽段水平封闭肽段的N末端和侧链的自由氨基，然后采用阴离子交换色谱预富集多肽中保留较强的SUMO化肽段，再对收集到的SUMO化肽段用去SUMO化酶进行去SUMO化，发生去SUMO化后的肽段在阴离子交换色谱中的保留将变弱，将样品再一次经过阴离子交换色谱，收集不保留的流份，通过将去SUMO化修饰的底物肽段与其他干扰肽段分离，实现对SUMO化修饰肽段的二次富集。本发明的优点是选择性高、富集效率高、可同时富集多类型的SUMO化修饰肽段、提高了SUMO化修饰位点的鉴定覆盖度。

摘要： 本发明提供了一种固相化SUMO化系统及一种固相化去SUMO化系统。本发明提供的固相化SUMO化系统固相化的SUMO激活酶SAEI，SUMO激活酶SAEII或SUMO转移酶Ubc9的SUMO化系统；或固相化SUMO激活酶SAEI和SUMO激活酶SAEII的SUMO化系统；其中，SUMO化系统包括SUMO激活酶SAEI，SUMO激活酶SAEII或SUMO转移酶Ubc9。固相化去SUMO化系统包括固相化的水解酶Ulp1。使用本发明提供的固相化SUMO化系统可在温和的反应条件下简便地将可SUMO化的蛋白进行SUMO化；使用本发明提供的固相化去SUMO化系统可在温和的反应条件下简便地将SUMO化的蛋白去SUMO化，同时，上述固相化系统还可重复利用。

摘要： 本发明提出一种SUMO促溶表达标签及其应用、SUMO促溶表达蛋白、重组菌株及蛋白的制备方法，涉及基因工程技术领域，所述SUMO促溶表达标签的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，本发明提出的SUMO促溶表达标签，来源于经密码子优化后的猪SUMO基因序列，来源于宿主猪，将其融合原核表达载体进行蛋白表达，可以更好的促进目的蛋白的正确折叠，提高外源蛋白可溶性表达量。本发明提出的SUMO促溶表达标签来源于宿主猪，在应用到猪用亚单位疫苗的制备时，不会带来免疫后的副反应，无需酶切SUMO促溶表达标签，既有利于提高保护性抗原的可溶性及表达量，又能简化猪用亚单位疫苗的制备流程，降低生产成本，提高生产效率。

摘要： 本发明公开了利用SUMO融合表达系统制备重组肝素酶II的方法及其所制备的肝素酶II，该制备方法包括下列步骤：选择来自肝素黄杆菌(Pedobacter heparinus)的肝素酶II序列，其氨基酸序列如SEQIDNo.1所示，共772aa；去除信号肽序列，获得肝素酶II的DNA序列，如SEQIDNo.2；将所述肝素酶II的DNA序列插入带有N端SUMO蛋白标签的pSMART载体质粒；将正确的质粒转化至BL21(DE3)大肠杆菌感受态细胞中，挑取单克隆，获得融合蛋白；用SUMO蛋白酶将SUMO标签蛋白从融合蛋白上切割下来，即获得肝素酶II。本发明的优点是：提高目标蛋白质的可溶性、促进目标蛋白质的正确折叠，避免形成包涵体；降低纯化成本、提高纯化效率；SUMO蛋白标签分子量较小，对肝素酶II的酶活性影响较小，获得纯化的肝素酶II。

摘要： 本发明公开了利用SUMO融合表达系统制备重组肝素酶I的方法及其所制备的肝素酶I，该制备方法包括下列步骤：选择来自肝素黄杆菌(Pedobacter heparinus)的肝素酶I序列，其氨基酸序列如SEQIDNo.1所示，共384aa；去除信号肽序列，获得肝素酶I的DNA序列，如SEQIDNo.2；将所述肝素酶I的DNA序列插入带有N端SUMO蛋白标签的pSMART载体质粒；将正确的质粒转化至BL21(DE3)大肠杆菌感受态细胞中，挑取单克隆，通过发酵和纯化获得融合蛋白；用SUMO蛋白酶将SUMO标签蛋白从融合蛋白上切割下来，即获得肝素酶I。本发明的优点是：提高目标蛋白质的可溶性、促进目标蛋白质的正确折叠，避免形成包涵体；降低纯化成本、提高纯化效率；SUMO蛋白标签分子量较小，对肝素酶I的酶活性影响较小，获得纯化的肝素酶I。

摘要： 本发明涉及一种基于去SUMO化酶和阴离子交换色谱的SUMO化修饰肽段的富集方法，首先将蛋白质样品的碱性位点酶解成多肽，在肽段水平封闭肽段的N末端和侧链的自由氨基，然后采用阴离子交换色谱预富集多肽中保留较强的SUMO化肽段，再对收集到的SUMO化肽段用去SUMO化酶进行去SUMO化，发生去SUMO化后的肽段在阴离子交换色谱中的保留将变弱，将样品再一次经过阴离子交换色谱，收集不保留的流份，通过将去SUMO化修饰的底物肽段与其他干扰肽段分离，实现对SUMO化修饰肽段的二次富集。本发明的优点是选择性高、富集效率高、可同时富集多类型的SUMO化修饰肽段、提高了SUMO化修饰位点的鉴定覆盖度。

摘要： 本发明公开了利用SUMO融合表达系统制备重组肝素酶III的方法及其所制备的肝素酶III，该制备方法包括下列步骤：选择来自肝素黄杆菌(Pedobacter heparinus)的肝素酶III序列，其氨基酸序列如SEQIDNo.1所示，共659aa；去除信号肽序列，获得肝素酶III的DNA序列，如SEQIDNo.2；将所述肝素酶III的DNA序列插入带有N端SUMO蛋白标签的pSMART载体质粒；将正确的质粒转化至BL21(DE3)大肠杆菌感受态细胞中，挑取单克隆，通过发酵和纯化获得融合蛋白；用SUMO蛋白酶将SUMO标签蛋白从融合蛋白上切割下来，即获得肝素酶III。本发明的优点是：提高目标蛋白质的可溶性、促进目标蛋白质的正确折叠，避免形成包涵体；降低纯化成本、提高纯化效率；SUMO蛋白标签分子量较小，对肝素酶III的酶活性影响较小，获得纯化的肝素酶III。

摘要： 本发明提供了一种固相化SUMO化系统及一种固相化去SUMO化系统。本发明提供的固相化SUMO化系统固相化的SUMO激活酶SAEI，SUMO激活酶SAEII或SUMO转移酶Ubc9的SUMO化系统；或固相化SUMO激活酶SAEI和SUMO激活酶SAEII的SUMO化系统；其中，SUMO化系统包括SUMO激活酶SAEI，SUMO激活酶SAEII或SUMO转移酶Ubc9。固相化去SUMO化系统包括固相化的水解酶Ulp1。使用本发明提供的固相化SUMO化系统可在温和的反应条件下简便地将可SUMO化的蛋白进行SUMO化；使用本发明提供的固相化去SUMO化系统可在温和的反应条件下简便地将SUMO化的蛋白去SUMO化，同时，上述固相化系统还可重复利用。

摘要： 本发明提供了蛋白Pontin52的应用以及SUMO化的Pontin52蛋白及其应用。本发明提供的蛋白Pontin52可作为SUMO化底物蛋白，SUMO化的Pontin52蛋白可作为药物靶点。本发明提供的蛋白Pontin52可用作SUMO化底物，以制备SUMO化的Pontin52蛋白。同时，由于Wnt信号通路与生物个体的发育以及许多癌症的发生发展有很大的关系，因此，SUMO化的Pontin52可以作为一个很好的药物靶点。利用小分子化学药物或者其它蛋白质因子影响或者改变Pontin52正常的SUMO化，从而能影响Wnt信号通路的传递，因而能够影响生物个体的发育和癌症的发生发展。

摘要： 本发明公开了一种SUMO和SUMO蛋白酶基因及其编码蛋白和应用。本发明的一种酿酒酵母基因sumo(S)，其由序列表SEQ ID No.1的核苷酸序列定义。本发明的一种酿酒酵母基因sumo(S)的编码蛋白，其由序列表SEQ ID No.2的氨基酸序列定义。本发明的一种SUMO蛋白酶基因ulp(S)，其由序列表SEQ ID No.3的核苷酸序列定义。本发明的一种SUMO蛋白酶基因ulp(S)的编码蛋白，其由序列表SEQ ID No.4的氨基酸序列定义。本发明能够实现酿酒酵母sumo基因和SUMO蛋白酶ulp基因在大肠杆菌中的高表达，具体的说是实现在大肠杆菌常用的表达菌株BL21(DE3)中实现高表达，并保证功能不受影响。