基因组研究

摘要： 中国农业科学院植物保护研究所作物黄萎病研究团队与美国加州大学戴维斯分校联合牵头的"全球黄萎病菌基因组研究"计划取得重要进展,搭建了国际上第一个作物黄萎病菌资源和基因组数据库(Verticilli-Omics)并正式上线。用户可在该网站查阅收录的菌种资源信息、测序基因组可视化展示、数据挖掘和分析等工作。

摘要： [目的]通过对四川地区规模化猪场A群轮状病毒(RVA)的分子检测,从而了解RVA流行情况及分子特征,为猪RVA疫苗研制提供理论基础.[方法]2017-2019年从四川省14个地区40个猪场采集303份仔猪腹泻样本,用荧光定量RT-PCR方法调查RVA的分子流行率,用RT-PCR方法对RVA阳性样本进行分型和VP4和VP7全基因组的扩增,用RotaC2..0软件确定相应毒株的基因型,用MegAlign软件进行同源性分析,通过MEGA 7.0软件用邻近法构建系统进化树,用SimPlot和RDP4软件进行重组分析.[结果]303份仔猪腹泻样本检出RVA阳性样本98份,阳性率为32.34％(98/303,95％CI=27.1％-37.9％).从98份RVA阳性样本中扩增出39个VP7片段,G9为优势基因型(41％),G4、G5、G26和G3各占23％、28.2％、5.1％和2.7％.扩增出的59个P型中以P[13]型为主,占40.7％,其次为P[6]、P[23]和P[1]型,分别占30.5％、23.7％和5.1％.30株毒株成功鉴定出G/P基因型,G9P[23](23.3％)为优势组合基因型.其他基因型为G4P[6](16.7％)、G9P[13](13.3％)、G5P[23](10％).G5P[13](10％)、G9P[6](6.7％)、G26P[13](6.7％)、G4P[13](6.7％)、G4P[23](3.3％)和 G3P[13](3.3％).基因型 G5P[23]、G4P[13]、G9P[6]、G26P[13]和G4P[23]为国内首次鉴定.此外,重组分析表明4株毒株在VP7或VP4基因上存在重组现象.[结论]四川地区腹泻仔猪粪便中RVA的流行率高且基因型复杂,优势组合基因型为G9P[23].该结果丰富了四川地区RVA的流行病学资料,对四川地区猪RVA的防控提供了重要参考.

摘要： 江西农业大学亚热带生物多样性实验室寇一翾博士与美国加州大学欧文分校的科学家合作,在水稻群体进化基因组学研究方面取得新进展,研究成果以“亚洲稻驯化中结构变异的演化基因组研究”为题,于2020年7月18日在《分子生物与进化》上在线发表。结构变异作为基因组变异的重要组成部分,对植物表型变异产生了巨大的影响,并在生产实践中得到了广泛的应用,然而从群体基因组水平上深度揭示其变化规律的研究甚少。

摘要： 中国农业科学院植物保护研究所作物黄萎病研究团队与美国加州大学戴维斯分校联合牵头的"全球黄萎病菌基因组研究"计划取得重要进展,搭建了国际上第一个作物黄萎病菌资源和基因组数据库(Verticilli-Omics)并正式上线。用户可在该网站查阅收录的菌种资源信息、测序基因组可视化展示、数据挖掘和分析等工作。

摘要： 中国农科院作物科学研究所小麦基因资源发掘与利用创新团队牵头构建了小麦基因定位与基因组研究平台——Wheat Gmap(https://www.wheatgmap.org),为高效克隆小麦功能基因提供了一个有效的数据利用、分析和共享平台。相关研究成果在线发表于《分子植物(Molecular Plant)》。

摘要： [目的]从医院污水中分离金黄色葡萄球菌噬菌体,观察其形态,确证裂解谱特征并研究生物学和基因学特性,为噬菌体的临床应用奠定实验基础.[方法]将金黄色葡萄球菌ATCC25923作为宿主菌,采用双层琼脂平板法从医院污水中分离纯化噬菌体,电镜下观察形态并测定其最佳感染复数、一步生长曲线及裂解谱;全基因组测序并进行基因结构分析和功能注释.[结果]从4份医院污水中共分离到1株金黄色葡萄球菌噬菌体(命名为vB_SauH_SAP1),仅裂解10株临床分离的葡萄球菌属受试菌(共计37株),其余74株其他种属菌株不能被裂解;透射电镜观察具有正20面体头部和收缩性尾部,属于肌尾噬菌体;其最佳感染复数为0.1,潜伏期10 min,裂解期为20 min.vB_SauH_SAP1基因组全长143375 bp,G+C含量为30.2％,编码226个开放阅读框(ORF),未发现已知的毒力相关基因和抗生素抗性基因,基因组与Kayvirus属葡萄球菌噬菌体有较高的同源性.[结论]分离到1株新的Kayvirus属金黄色葡萄球菌噬菌体,根据生物学特性和基因组研究,具有一定的潜在应用价值.

摘要： 反刍动物可利用植物纤维生产肉奶等高营养价值的食品,同时排放温室气体甲烷。长期以来,科学家重点关注反刍动物瘤胃微生物的菌群组成和功能,而全消化道微生物对饲料利用效率、甲烷生成和宿主健康的功能解析尚未完成。

摘要： 近日,NCBI assembly和国家基因组科学数据中心(NCDC)网站同时上线了福建农林大学尤民生教授科研团队完成的首个染色体级别的茶小绿叶蝉参考基因组。该团队在此基因组基础上,揭示了茶小绿叶蝉对不同茶树品种、不同生境条件的适应性机制以及体内抗药性的产生机理。

摘要： 我国市场上常见的松乳菇为野生菌,其肉质鲜美、鲜食可口,营养丰富,食药两用,市场潜力大.简述了野生松乳菇的资源分布、营养价值、基因组序列研究以及人工栽培情况,以期进一步为松乳菇的驯化栽培提供理论基础.

摘要： cqvip:近日,我校生科学院覃瑞教授团队联合华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室张建伟与邢永忠教授课题组在Plant Biotechnology Journal发表了"The chromosome-scale reference genome of safflower(Carthamus tinctorius)provides in sights into linoleic acid and flav onoid bios yn thesis"(红花染色体水平的参考基因组解析其亚油酸和类黄酮的生物合成)研究论文。

摘要： 本发明公开了一种基于多个基因组比较和二代测序数据的全基因组关联分析方法，步骤一：使用比对软件将参考基因组和从头组装基因组文件进行比对，步骤二：根据插入片段大小及插入到参考基因组的位置，更新参考基因组中的注释基因位置或结构，步骤三：如果有多个从头组装基因组，依次迭代更新参考基因组；步骤四：利用比对软件将样品的二代测序数据比对到更新后的参考基因组上，步骤五，收集所有样品全部结构变异的分界点位置信息至一个集合中，构建群体基因型，步骤六：根据关联位点和更新后的参考基因组注释文件进行功能基因的候选，本发明实现了利用结构变异基因型数据进行全基因组关联分析。

摘要： 本发明提供一种基因组叠阵组装方法及系统、一种基因组架构组装方法及系统以及一种基因组序列组装方法及系统，属于生物信息技术领域。本发明通过稳健回归技术优化一个全局损失函数来确定测序序列之间的叠落关系，消除假阳性比对的干扰，从而得到更准确的组装叠阵集，避免组装基因组上拷贝数的缺失或者错误拼接；基于回归矩阵计算进行叠阵排列的估计，对异常值的容忍度更高，除非歧义的样本信息数量多于真实样本的数量，不会出现“崩溃”的情形；通过重抽样技术对测序数据进行多次独立地采样、组装、改进、评估，然后整合成最终的组装基因组，可以减少由测序数据中的噪音给组装结果带来的不确定性，降低组装结果对组装参数选择的敏感性。

摘要： 使用来自肿瘤样品和匹配的正常样品的DNA测序数据确定SNV，从而进行改进准确性的基于SNV的基因测试，并且使用来自肿瘤样品的RNA测序数据来确定如此鉴定的SNV的表达。

摘要： 提供来自新型的基因型1b的HCV的、自主复制能力优异的亚基因组复制子RNA(核酸)、以及自主复制能力和感染性HCV颗粒产生能力优异的全基因组复制子RNA(核酸)。特别是，提供来自从急性重症丙型肝炎患者体内分离的新型的基因型1b的HCV即NC1株的HCV基因组的亚基因组复制子RNA(核酸)和全基因组复制子RNA(核酸)。

摘要： 本申请公开了一种宏基因组内参及其制备方法和应用以及宏基因组血流病原体检测方法，所述宏基因组内参为来源于叶绿体基因组的DNA片段，所述DNA片段的长度为166±10bp。需要说明的是，本申请采用来源于叶绿体基因组且长度为166±10bp的核酸片段作为内参基因，能够在血流病原体检测过程中被检出，有效评估整个检测流程的有效性，并且不影响血流病原体检测的结果；避免了采用现有宏基因组内参出现的噬菌体纯化难度高、菌易导致其他病原体检出等问题，相比于人工合成内参基因，还降低了内参基因的制备成本。

摘要： 本发明公开一种在全基因组水平鉴定植物基因组DNA胞嘧啶四联体位点的方法，该方法包括如下步骤：(1)准备植物材料；(2)提取并纯化细胞核；(3)对细胞核内染色质进行片段化并回收基因组DNA；(4)在变复性Buffer中进行变复性反应；(5)iMab‑iM DNA复合物；(6)用Protein G Beads回收过夜反应形成的iMab‑iMDNA复合物；(7)从beads上洗脱iMab‑iM DNA复合物，并回收DNA片段；(8)用qPCR方法检测DNA iM富集程度；(9)建库和Illumina测序，在全基因组水平鉴iM位点。整个方法流程简单，耗时较短，DNA片段化可视化效果强，理论上该方法适应于多种植物。

摘要： 本发明涉及宏基因组技术领域，特别是涉及宏基因组病原微生物基因组数据库及其构建方法，该方法包含数据获取、基因组过滤、基因组分类、基因组去冗余等步骤，即得病原微生物基因组数据库。该数据库的构建方案和目前市场上存在的方案存在较大差异，首先在保证物种的丰富度的前提下，去除污染序列，低重复序列；并且挑选了物种具有代表性的质量高的Assembly序列作为参考基因组，将剩余基因组进行重新分类，剔除了分类错误的序列。然后在参考基因组的基础上对剩余基因组进行去冗余，保留了各个物种的特异性序列。这样即保留了物种基因组的丰富度，又保证了基因组的准确性。

摘要： 本发明公开了SNP位点在评估基因组异常中的应用及评估基因组异常的方法。SNP位点为在染色体上接近均匀分布的双等位基因高多态性位点，各个SNP位点的群体最小等位基因频率均分布于0.05‑0.5之间；各个SNP位点在基因组上的密度为16.5个/百万基因组碱基；以各个SNP位点为中心的250‑350个核苷酸的GC含量为40‑60%；且各个SNP位点符合哈迪‑温伯格平衡定律，同时满足群体分化系数低于0.05。采用本发明提供的技术方案得到的基因组异常评估结果具有更高的精度，能发现更多更全面的基因组异常情况，能处理染色体结构不变的基因组异常情况，更适用于中国人群，更加准确。

摘要： 本发明涉及一种基于宏基因组测序数据组装病原微生物基因组的方法。该方法将原始数据过滤后与宿主数据库进行比对，以达到在数据层面进行去除宿主序列的目的；再使用soapdenovo对去宿主的reads进行组装，得到无参组装的contig序列，将病源数据库作为参考基因组，然后统计去宿主的reads比对情况中每个位点的测序深度，得到有参组装的contig，将无参组装的contig序列和有参组装的contig序列进行整合，得到合并后的contig序列，并进行病原的判别。本发明通过去宿主后，采取无参组装和有参组装相结合的方法进行病原微生物的组装，得到的宏基因组没有宿主的污染，并且在点突变以外加入了结构变异的信息，准确度更高。

摘要： 一种利用全基因组比对拆分四倍体鱼类亚基因组的方法，所属分子生物学技术领域，具体由以下步骤完成：1)Lastz全基因组比对；2)比对结果连锁，共线性化；3)重复比对序列处理；4)全局比对结果聚类，拆分多倍体为R1和R2；5)多倍体拆分结果的评估。本发明方法无需要亚基因组测序，只需要已经有初步组装的多倍体基因组，该方法可以拆分90％以上的亚基因组序列，只需要3天的数据处理时间，该方法结果准确，多倍体鱼类的亚基因组研究，继而的功能基因组研究，遗传育种，发育进化提供了一种切实可行的技术。