采用分治法进行高相似性序列的比对方法

摘要

本发明提出一种采用分治法进行高相似性序列的比对方法。本发明提出的方法(称为Kart法)是采用分治法将序列切割为数个较小的片段，每个小片段均可个别处理，并且最终序列的全长比对由这些片段的比对组成，因此Kart法可视为能平行进行比对的方法。高通量测序的技术让生物学家得以用精密到核苷酸的分辨率来探讨基因体之间的差异，由于高通量测序可产生巨量的数据，因此高通量测序序列的分析需仰赖快速的比对方法。本发明提出的Kart法可快速地处理短序列与长序列，此外Kart法也可容许更高的测序错误率，根据实验结果，Kart比多数的比对方法要快上许多，即使是错误率高达15％的序列，Kart依然能够产生准确的比对。