一种引入序列信息的残基相互作用网络比对方法SI-MAGNA

摘要

本发明公开了一种引入序列信息的残基相互作用网络比对算法SI‑MAGNA，属于计算机应用技术领域。本发明方法是基于完全依靠网络拓扑信息的MAGNA比对算法框架，在其优化函数中引入了蛋白质的序列信息相似性得分并提出SI‑MAGNA算法。它计算种群成员适应度值，将两个父代比对通过交叉函数择优产生一个适应度值更高的子代比对，迭代循环，当满足终止条件时，退出循环，输出比对结果。本发明方法利用算法SI‑MAGNA的在残基相互作用网络比对上的准确性，可以发现蛋白质结构上的保守区域，从而找到实现相似功能的相似结构和产生差异的独有结构，为从系统角度研究蛋白质空间结构和蛋白质性质、功能的关系提供了有效的手段。