公开/公告号CN113866423A
专利类型发明专利
公开/公告日2021-12-31
原文格式PDF
申请/专利号CN202111067721.0
申请日2016-09-15
分类号G01N33/68(20060101);G01N33/569(20060101);C07K14/20(20060101);C12N15/31(20060101);
代理机构31100 上海专利商标事务所有限公司;
代理人余颖;陶家蓉
地址 美国马里兰州
入库时间 2023-06-19 13:29:16
序列表声明
与本申请相关的序列表以文本形式代替纸质版提供，并且因此通过引用纳入说明书。包含序列表的文本文件名称为770025_466WO_SEQUENCE_LISTING.txt。该文本文件为约12.3KB，其在2016年9月14日生成，并且通过EFS-Web电子提交。
背景
技术领域
本公开文本一般涉及用于诊断莱姆病和用于评估莱姆病治疗的功效的组合物和方法。更具体地，提供含多个T细胞表位的肽，其源自在莱姆病的不同阶段表达的不同疏螺旋体多肽抗原，所述肽用于针对疏螺旋体特异性T细胞反应性的灵敏二次体外免疫应答试验。
莱姆病(Lyme disease)是蜱传播的感染性疾病，由疏螺旋体(Borrelia)属的致病性螺旋体，包括伯氏疏螺旋体(B.burgdorferi)、阿弗西尼疏螺旋体(B.afzelii)、伽氏疏螺旋体(B.garinii)和其它疏螺旋体(Borrelia spp.)所致。感染性微生物从蜱唾液传输进入叮咬创口，而“早期局部化”阶段，三个确定的疾病临床阶段中的第一个，通常在蜱叮咬的两周内出现。早期局部化阶段通常但并不总是伴随着游走性红斑(EM)，一种处于蜱叮咬位置处的红斑状皮肤损伤。随着感染性疏螺旋体细菌通过血液和/或淋巴循环全身性地散布，疾病进展至第二阶段，“早期散播性”阶段，并可能伴随其它皮肤损伤、疲劳、肌痛、关节痛、神经和心脏症状中的一种或多种。若不治疗，那么该疾病可能进一步进展至“晚期阶段”莱姆病，特征是关节炎、脑脊髓炎和/或周围神经病变，以及可能出现的其它症状，包括慢性莱姆病。美国每年报告约25,000至30,00例莱姆病，而鉴于不完全报告，CDC估计的实际发病率达该数量的十倍；欧洲和亚洲也已报告其它病例(Wright等,2012Am.Fam.Physician 85:1086；Shapiro,2014N.Engl.J.Med.370:1724)。
疏螺旋体(Borrelia spp.)抗原性蛋白表达的改变的概况伴随莱姆病进程的发展，并且被视为构成免疫侵入机制的基础，这可能导致慢性莱姆病(例如，Drecktrah等,2013PLoS One 8(7):e68799；Schmit等,2011Front.Microbiol.2:141；Salo等,2011J.Infect.Dis.204:65；Liang等,2004Infect.Immun.72:5759；Aberer,2007J.Dtsch.Dermatol.Ges.5(5):406)。
莱姆病(LD)的有效治疗取决于对由疏螺旋体(Borrelia spp.)引起的早期感染的准确检测。在一些情况中，当疾病仍处于早期局部阶段时，特征性的游走性红斑(EM)皮肤损伤的存在足够做出准确诊断(例如，Nadelman等,1996Am J Med 100:502-508)。然而，绝大数量的患者，并没有发展EM损伤，或该皮疹持续检测不出或被错误辨识。在这些情况中，检测抗疏螺旋体IgM和/或IgG抗体应答的传统血清学测试是使用最为广泛的操作，用以确认该疾病(例如，Dattwyler等,2010Clin Infect Dis 50:521-522；Johnson等,1996J.Infect.Dis.174:346)。
目前没有实验室测试能够可靠地预测给予标准疗程(例如，抗生素方案)之后LD的成功治疗。已由疏螺旋体感染引发的循环抗体可持续数年，甚至在清除了感染的成功抗生素治疗之后依然如此。因此，针对疏螺旋体特异性抗体的测试具有受限的有效性，例如，因为疏螺旋体(Borrelia spp.)螺旋体可定殖于多种哺乳动物组织，并造成多种非特异性临床异常现象，例如关节和/或肌肉酸痛或全身不适。这些症状可能难以和因持久疏螺旋体感染所致的类似临床表现区分开，导致相当大的困惑和增高的医护成本。因此，能够在LD治疗之后临床上确认致病性疏螺旋体(Borrelia spp.)螺旋体的有效消除是极其有用的。
WO 2013/116668描述了由响应疏螺旋体(Borrelia spp.)而产生的抗体识别的肽抗原。然而，在感染后数周，抗疏螺旋体抗体通常并不以可检测的水平产生，因此错过了许多LD早期病例。还注意到，响应莱姆病螺旋体感染而产生的抗体水平可在感染后持续升高数年，甚至在消除了疏螺旋体螺旋体的成功治疗(例如抗生素治疗)之后也是如此。因此，对于抗疏螺旋体抗体应答的确定作为针对致病性疏螺旋体(Borrelia spp.)的诊断性测试而言灵敏度差且可靠性低，且作为针对疏螺旋体感染的治疗后的预后性测试而言几乎没什么用。
疏螺旋体感染还可引发T细胞免疫应答。Glickstein等(2003Infect.Immun.71:6051)和Dattwyler等(1988N.Engl.J.Med.319:1441)显示，接触伯氏疏螺旋体(Borreliaburgdorferi)的人对象发展了剧烈且持久的T细胞应答，这由疾病早期局部阶段伴随EM而存在的炎性细胞因子证明。该T细胞应答领先于任何通过检测可测得的抗体应答。例如，响应莱姆病螺旋体活化的T细胞可靠地产生干扰素-γ(Ekerfelt等,1999ClinExp.Immunol.115:498；Sikand等,1999Clin.Diagnost.Lab.Immunol.6:445)。活化的T细胞以相同的发生率出现于两种患者群体：(i)临床上没有LD症状但可检测到体内循环的抗疏螺旋体抗体的那些，和(ii)显示疏螺旋体感染的特征性临床迹象(即，LD症状)的患者(Ekerfelt等,1999)。WO 2012/039614描述了由来自疏螺旋体感染的个体的外周血白细胞在与完整、固定或粗分级分离的疏螺旋体细胞孵育之后引发的体外T细胞细胞因子应答。然而，在WO 2012/039614中，并没有出现有关鉴定在疏螺旋体感染的哪个具体阶段(例如，早期局部、早期散播性、晚期散播性)，疏螺旋体病原体可能被T细胞识别的描述，也没有关于哪种具体疏螺旋体抗原能够引发此类应答的描述，或关于被T细胞识别的任何疏螺旋体抗原性表位的结构的描述。因此，早期LD中，T细胞免疫应答的显著性和特异性仍不明确，具体而言，LD的发病机理尚未鉴定出被T细胞识别的特定疏螺旋体(Borrelia spp.)抗原，而且，疏螺旋体特异性T细胞表位仍然未知。
很明显，仍然需要针对莱姆病的改进的诊断性和预后性评估，包括对于LD的早期且更灵敏的检测，以及监测针对LD给予的治疗的治疗功效的能力。当前公开的本发明实施方式解决了这些需求，并且还提供其它相关的益处。
发明内容
根据本发明的本文公开的某些实施方式，提供一种组合物，用于莱姆病的诊断或预后，其选自第一组合物和第二组合物：(I)第一组合物包含：(a)1、2、3、4或5种分离的FlaB肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:1-5所示的氨基酸序列的FlaB肽，或与SEQ ID NO:1-5所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；(b)1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13种分离的DbpB肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:6-18所示的氨基酸序列的DbpB肽，或与SEQ ID NO:6-18所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；(c)1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13种分离的p66肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:19-31所示的氨基酸序列的p66肽，或与SEQ ID NO:19-31所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；和(d)1或2种分离的OspC肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:32-33所示的氨基酸序列的OspC肽，或与SEQ ID NO:32-33所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体，其中，所述组合物，在与获自被莱姆病关联的疏螺旋体种类感染的对象的全血接触之后，能够引发T细胞的二次体外免疫应答；和
(II)第二组合物包含：(a)5种分离的FlaB肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:1-5所示的氨基酸序列的FlaB肽，或与SEQ ID NO:1-5所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；(b)13种分离的DbpB肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:6-18所示的氨基酸序列的DbpB肽，或与SEQ ID NO:6-18所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；(c)13种分离的p66肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:19-31所示的氨基酸序列的p66肽，或与SEQ ID NO:19-31所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；和(d)2种分离的OspC肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:32-33所示的氨基酸序列的OspC肽，或与SEQ ID NO:32-33所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体。
在某些其它实施方式中，如下至少一种：(a)所述组合物包含至少约1纳克的各肽和不多于约100纳克的各肽，(b)所述组合物包含至少约100、200、300或400纳克且不多于约500纳克的各肽，(c)所述组合物包含至少约500、600、700、800或900纳克且不多于约1000纳克的各肽，(d)所述组合物包含至少约1.0、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8或1.9微克且不多于约2微克的各肽，或(e)所述组合物包含至少约1、2、3、4、5、6、7、8或9微克且不多于约10微克的各肽。
在本发明的另一实施方式中，提供一种方法，其用于检测对象中的莱姆病，或用于监测针对莱姆病的治疗在对象中的功效，包括：(A)在体外使如下物质接触：(i)第一生物样品，其在第一时间点从已知患有莱姆病或疑似有患莱姆病风险的对象获得，其中，所述生物样品包含T细胞和抗原呈递细胞，和(ii)肽组合物，其用于莱姆病的诊断或预后，以获得第一测试孵育混合物；(B)在一定条件下孵育第一测试孵育混合物一定时间，所述条件和时间足够使所述T细胞特异性地识别所述肽组合物中存在的疏螺旋体T细胞表位，以刺激T细胞免疫应答指示物的产生；和(C)在第一测试孵育混合物中检测T细胞免疫应答指示物的第一水平，其中，如果(C)中检测的所述T细胞免疫应答指示物的所述第一水平相对于T细胞免疫应答指示物的第一对照水平有所增加，则指示该对象中存在疏螺旋体感染，所述T细胞免疫应答指示物的第一对照水平通过在不存在该用于莱姆病的诊断或预后的肽组合物的情况下在第一对照孵育中孵育第一生物样品而获得，并且其中，所述用于莱姆病的诊断或预后的肽组合物包含：(a)1、2、3、4或5种分离的FlaB肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:1-5所示的氨基酸序列的FlaB肽，或与SEQ ID NO:1-5所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；(b)1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13种分离的DbpB肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:6-18所示的氨基酸序列的DbpB肽，或与SEQ ID NO:6-18所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；(c)1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13种分离的p66肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:19-31所示的氨基酸序列的p66肽，或与SEQ ID NO:19-31所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；和(d)1或2种分离的OspC肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:32-33所示的氨基酸序列的OspC肽，或与SEQ ID NO:32-33所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体，由此检测所述对象中的莱姆病，或监测针对莱姆病的治疗在所述对象中的功效。
在某些其它实施方式中，第一时间点在给予所述对象针对莱姆病的治疗之前。
在某些相关的实施方式中，所述用于莱姆病的诊断或预后的肽组合物包含：(a)5种分离的FlaB肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:1-5所示的氨基酸序列的FlaB肽，或与SEQ ID NO:1-5所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；(b)13种分离的DbpB肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:6-18所示的氨基酸序列的DbpB肽，或与SEQ ID NO:6-18所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；(c)13种分离的p66肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:19-31所示的氨基酸序列的p66肽，或与SEQID NO:19-31所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；和(d)2种分离的OspC肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:32-33所示的氨基酸序列的OspC肽，或与SEQ ID NO:32-33所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体。
在上述方法的某些其它实施方式中，所述方法还包括：(D)在体外使如下物质接触：(i)第二生物样品，其在第一时间点之后且在给予所述对象针对莱姆病的治疗之后的第二时间点获自所述对象，其中第二生物样品包含T细胞和抗原呈递细胞，和(ii)所述用于莱姆病的诊断或预后的肽组合物，以获得第二测试孵育混合物；(E)在一定条件下孵育第二测试孵育混合物一定时间，所述条件和时间足够使所述T细胞特异性地识别所述肽组合物中存在的疏螺旋体T细胞表位，以刺激T细胞免疫应答指示物的产生；和(F)在第二测试孵育混合物中检测T细胞免疫应答指示物的第二水平，其中如果(F)中检测的所述T细胞免疫应答指示物的所述第二水平相对于T细胞免疫应答指示物的第二对照水平有所增加，则指示该对象中存在疏螺旋体感染，所述T细胞免疫应答指示物的第二对照水平通过在不存在该用于莱姆病的诊断或预后的肽组合物的情况下在第二对照孵育中孵育第二生物样品而获得，并且其中，如果(F)中检测的所述T细胞免疫应答指示物的所述第二水平相对于(C)中检测的所述T细胞免疫应答指示物的所述第一水平有所下降，则指示针对莱姆病的治疗的功效。
在某些其它实施方式中，所述用于莱姆病的诊断或预后的肽组合物包含：(a)5种分离的FlaB肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:1-5所示的氨基酸序列的FlaB肽，或与SEQ ID NO:1-5所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；(b)13种分离的DbpB肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:6-18所示的氨基酸序列的DbpB肽，或与SEQ ID NO:6-18所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；(c)13种分离的p66肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:19-31所示的氨基酸序列的p66肽，或与SEQ IDNO:19-31所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；和(d)2种分离的OspC肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:32-33所示的氨基酸序列的OspC肽，或与SEQ ID NO:32-33所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体。
在上述方法中任一种的某些实施方式中，莱姆病包括被至少一种致病性疏螺旋体种类感染，而在某些其它实施方式中，所述致病性疏螺旋体种类对人类具有致病性。在某些其它实施方式中，对人类具有致病性的疏螺旋体种类选自伯氏疏螺旋体(Borreliaburgdorferi)、狭义伯氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi sensu stricto)、阿弗西尼疏螺旋体(Borrelia azfelii)、加里疏螺旋体(Borrelia garinii)、法雷斯疏螺旋体(Borrelia valaisiana)、斯柏曼疏螺旋体(Borrelia spielmanii)、比塞蒂疏螺旋体(Borrelia bissettii)、卢西塔尼疏螺旋体(Borrelia lusitaniae)，和巴伐利亚疏螺旋体(Borrelia bavariensis)。
在上述方法中任一种的某些实施方式中，所述针对莱姆病的治疗包括，给予所述对象抗生素。在某些其它实施方式中，所述抗生素选自：四环素类；氧四环素、四环素、多四环素，或二甲胺四环素；青霉素类；阿莫西林或盘尼西林；头孢菌素类；头孢克洛、头孢拉宗、头孢米诺、头孢噻肟、头孢替坦、头孢美唑、头孢西丁、头孢呋辛酯、乙酰头孢呋辛(cefuroxime acetyl)、新菌灵，或头孢曲松钠；大环内酯类；阿奇霉素、克拉霉素，或红霉素。
在上述方法中任一种的某些实施方式中，所述生物样品包含全血、脑脊液或滑液中的至少一种。在上述方法中任一种的某些实施方式中，所述生物样品包含如下物质中的至少一种：(a)全血，(b)全血的细胞组分，(c)分离的外周血白细胞，或(d)分离的外周血单核细胞。
在上述方法中任一种的某些实施方式中，所述T细胞免疫应答指示物是干扰素-γ(IFN-γ)。在某些其它实施方式中，所述IFN-γ是由T细胞释放的可溶性IFN-γ。在上述方法中任一种的某些实施方式中，所述T细胞免疫应答指示物包含T细胞增殖和T细胞细胞因子表达中的至少一种。在某些其它实施方式中，所述T细胞细胞因子选自IL-1α、IL-1β、IL-2、IL-10、IL-12、IL-17、TNF-α、TNF-β，和IFN-γ。在某些实施方式中，T细胞细胞因子的表达由T细胞释放的可溶性T细胞细胞因子来检测。在某些其它实施方式中，所述T细胞细胞因子选自IL-1α、IL-1β、IL-2、IL-10、IL-12、IL-17、TNF-α、TNF-β，和IFN-γ。在某些实施方式中，所述T细胞细胞因子由测定结合剂与T细胞细胞因子的可检测的特异性结合来检测。在某些其它实施方式中，所述结合剂包括特异性结合至T细胞细胞因子的至少一种抗体。在某些其它实施方式中，所述至少一种抗体选自单克隆抗体和多克隆抗体。在某些实施方式中，所述至少一种抗体固定在固相上。
在上述方法中任一种的某些实施方式中，莱姆病包括被至少一种致病性疏螺旋体种类感染。在某些实施方式中，所述致病性疏螺旋体种类对人类具有致病性。在某些其它实施方式中，对人类具有致病性的疏螺旋体种类选自伯氏疏螺旋体(Borreliaburgdorferi)、狭义伯氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi sensu stricto)、阿弗西尼疏螺旋体(Borrelia azfelii)、加里疏螺旋体(Borrelia garinii)、法雷斯疏螺旋体(Borrelia valaisiana)、斯柏曼疏螺旋体(Borrelia spielmanii)、比塞蒂疏螺旋体(Borrelia bissettii)、卢西塔尼疏螺旋体(Borrelia lusitaniae)，和巴伐利亚疏螺旋体(Borrelia bavariensis)。
在上述方法的某些其它实施方式(例如，包括有关于第二生物样品的步骤(D)-(F)的那些)中，针对莱姆病的治疗包括，给予所述对象抗生素。在某些其它实施方式中，所述抗生素选自：四环素类；氧四环素、四环素、多四环素，或二甲胺四环素；青霉素类；阿莫西林或盘尼西林；头孢菌素类；头孢克洛、头孢拉宗、头孢米诺、头孢噻肟、头孢替坦、头孢美唑、头孢西丁、头孢呋辛酯、乙酰头孢呋辛(cefuroxime acetyl)、新菌灵，或头孢曲松钠；大环内酯类；阿奇霉素、克拉霉素，或红霉素。在某些实施方式中，所述生物样品包含全血、脑脊液或滑液中的至少一种。在某些实施方式中，所述生物样品包含如下物质中的至少一种：(a)全血，(b)全血的细胞组分，(c)分离的外周血白细胞，或(d)分离的外周血单核细胞。在某些实施方式中，所述T细胞免疫应答指示物是干扰素-γ(IFN-γ)，其在某些其它实施方式中是由T细胞释放的可溶性IFN-γ。在某些实施方式中，所述T细胞免疫应答指示物包括T细胞增殖和T细胞细胞因子的表达中的至少一种，在某些其它实施方式中，所述T细胞细胞因子选自IL-1α、IL-1β、IL-2、IL-10、IL-12、IL-17、TNF-α、TNF-β，和IFN-γ。在某些实施方式中，T细胞细胞因子的表达由T细胞释放的可溶性T细胞细胞因子来检测。在某些实施方式中，所述T细胞细胞因子选自IL-1α、IL-1β、IL-2、IL-10、IL-12、IL-17、TNF-α、TNF-β，和IFN-γ。在某些其它实施方式中，所述T细胞细胞因子由测定结合剂与T细胞细胞因子的可检测的特异性结合来检测。在某些其它实施方式中，所述结合剂包含特异性结合至T细胞细胞因子的至少一种抗体。在某些其它实施方式中，所述至少一种抗体选自单克隆抗体和多克隆抗体。在某些其它实施方式中，所述至少一种抗体固定在固相上。在某些其它实施方式中，所述方法包括在多个第二个时间点重复步骤(D)、(E)和(F)，所述多个第二个时间点彼此不同，且晚于第一时间点，且在给予所述对象所述针对莱姆病的治疗之后。在某些其它实施方式中，所述多个第二时间点包括2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49，或50个时间点。
在另一个实施方式中，提供一种组合物，其选自第一核酸组合物和第二核酸组合物：(I)第一核酸组合物，包含一种或多种分离的核酸分子，所述核酸分子编码：(a)1、2、3、4或5种分离的FlaB肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:1-5所示的氨基酸序列的FlaB肽，或与SEQ ID NO:1-5所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；(b)1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13种分离的DbpB肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:6-18所示的氨基酸序列的DbpB肽，或与SEQ ID NO:6-18所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；(c)1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13种分离的p66肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:19-31所示的氨基酸序列的p66肽，或与SEQ ID NO:19-31所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；和(d)1或2种分离的OspC肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:32-33所示的氨基酸序列的OspC肽，或与SEQ ID NO:32-33所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体，其中，所述FlaB、DbpB、p66和OspC肽，在与获自被莱姆病关联的疏螺旋体种类感染的对象的全血接触之后，能够引发T细胞的二次体外免疫应答；和
(II)第二核酸组合物，包含一种或多种分离的核酸分子，所述核酸分子编码：(a)5种分离的FlaB肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:1-5所示的氨基酸序列的FlaB肽，或与SEQ ID NO:1-5所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；(b)13种分离的DbpB肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:6-18所示的氨基酸序列的DbpB肽，或与SEQ ID NO:6-18所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；(c)13种分离的p66肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:19-31所示的氨基酸序列的p66肽，或与SEQID NO:19-31所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；和(d)2种分离的OspC肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:32-33所示的氨基酸序列的OspC肽，或与SEQ ID NO:32-33所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体，其中，所述FlaB、DbpB、p66和OspC肽，在与获自被莱姆病关联的疏螺旋体种类感染的对象的全血接触之后，能够引发T细胞的二次体外免疫应答。在另一个实施方式中，提供一种载体组合物，所述载体组合物包含一种或多种核酸载体，其包含上述的第一核酸组合物和/或上述的第二核酸组合物。在另一个实施方式中，提供一种宿主细胞，其包含上述的载体组合物。
这些和其它方面以及本发明的实施方式将在参考下文具体实施方式以及所附附图后显见。在本说明书和/或申请信息页(Application Data Sheet)中述及的所有美国专利、美国专利申请公开文本、美国专利申请、外国专利、外国专利申请和非专利申请均通过以引用其全文的方式且单独地纳入本文。本发明的各方面和实施方式均可被修改，必要时可应用各种专利、申请和出版物的概念，以提供更多的本发明实施方式。
附图简要说明
图1显示采用血液样品中的肽池(SEQ ID NO:1-33)在二次体外T细胞活化之后进行的IFN-γ检测，所述血液样品在治疗前和治疗后约60天采集。
具体实施方式
当前公开的本发明实施方式涉及一种人工组合物，其惊人地允许针对莱姆病(LD)的灵敏诊断和预后，并且包含非天然产生的确定的肽的组合。因此，如本文所述，提供一种组合物，该组合物包含肽的组合，该组合包括来自各个当前公开的致病性疏螺旋体(Borrelia spp.)源性的鞭毛蛋白(FlaB)[SEQ ID NO:1-5]、核心蛋白多糖结合性蛋白(DbpB)[SEQ ID NO:6-18]、常见抗原(p66)[SEQ ID NO；19-31]，和外表面蛋白C(OspC)[SEQID NO:32-33]，或其变体肽的肽区域的一种或多种肽。各肽包含疏螺旋体(Borrelia spp.)特异性T细胞表位，如本文中首次公开。还提供相关的方法，包括用于诊断对象中的莱姆病的方法，和用于监测治疗对象之后致病性疏螺旋体(Borrelia spp.)微生物的清除的方法。
本文所述的肽的组合不是天然产生的，因为已知FlaB、DbpB、p66和OspC在莱姆病进程的不同阶段表达(通常称作早期局部、早期散播性，和晚期散播性阶段)，因此在天然情况下不会相伴地接触受感染的宿主的免疫系统。例如，OspC在感染的早期局部阶段期间由疏螺旋体细菌表达，DbpB和p66在疏螺旋体感染的散播之后表达，而FlaB在晚期散播性和早期局部阶段期间表达。当前公开的肽掺混物可还包含人工肽，它们与由抗原呈递细胞体内展示的天然加工的疏螺旋体(Borrelia spp.)抗原片段不同。此外，当前公开的FlaB、DbpB、p66和OspC肽并不全部天然地存在于单一致病性疏螺旋体种类中，因此预期它们尚未被单个莱姆病患者的免疫系统遇到。因此，当前实施方式出乎意料地允许在患有或疑似患有莱姆病的众多对象中对莱姆病进行早期检测，其可通过检测来自所述对象的T细胞对于所述组合物的二次体外应答来实现。
如下所述，例如，即便某些样品的T细胞不响应来自FlaB、DbpB、p66和OspC中的全部四种的肽，包含来自LD对象的T细胞的所有样品响应本文所述的含FlaB、DbpB、p66和OspC疏螺旋体T细胞表位的多肽(参见表1和2)中的至少一种的至少一种肽。此外，包含来自LD对象的T细胞的所有样品响应包含来自FlaB、DbpB、p66和OspC的全部四种中的至少一种肽的肽掺混物。因此，根据非限制性理论，当前实施方式允许对样品中的疏螺旋体(Borreliaspp.)特异性T细胞进行快速且灵敏的检测，无论对象感染的可能是何种具体疏螺旋体(Borrelia spp.)病原体，无论获得的T细胞来自疾病进程的哪个阶段(早期局部、早期散播性，或晚期散播性)。当前实施方式还允许，通过史无前例地提供含疏螺旋体T细胞表位的肽的组合(所述肽包括莱姆病进程的所有阶段存在的代表性表位)，检测样品中的疏螺旋体(Borrelia spp.)特异性T细胞，即使在未知对象是否患有LD的情况下也是如此。当前公开的实施方式可用于检测莱姆病，该莱姆病可由感染多种致病性疏螺旋体种类中的任何一种所致，例如对人类具有致病性的疏螺旋体种类，包括伯氏疏螺旋体、狭义伯氏疏螺旋体、阿弗西尼疏螺旋体、加里疏螺旋体、法雷斯疏螺旋体、斯柏曼疏螺旋体、比塞蒂疏螺旋体、卢西塔尼疏螺旋体，和巴伐利亚疏螺旋体。(参见例如，(Wright等,2012Am.Fam.Physician 85:1086；Shapiro,2014N.Engl.J.Med.370:1724；Schutzer等,2012J.Bacteriol.194(2):545)。
如本文所述，所述组合物，其包含本文公开的含疏螺旋体(Borrelia spp.)T细胞表位的、来自各个FlaB、DbpB、p66和OspC(例如，表2中所示的SEQ ID NO:1-33)的肽中的至少一种的组合，具有显著异于本文提供的任何个体组成肽或本文提供的相伴表达的肽的任何子集(不包括FlaB[SEQ ID NO:1-5]、DbpB[SEQ ID NO:6-18]、p66[SEQ ID NO:19-31]和OspC[SEQ ID NO:32-33]肽中至少各一个的性质)。令人吃惊地，相比任何个体组成肽(或缺少FlaB、DbpB、p66或OspC肽中至少一种的不完全子集)，所述组合物引发更强健的受LD影响的对象(包括早期阶段LD)的T细胞的二次体外免疫应答，由此提供空前的LD检测灵敏度，包括早期检测。因此，相较于通过测定针对本文所述的任何个体组成肽(或针对包含仅仅源自相伴表达的疏螺旋体(Borrelia spp.)多肽的肽但缺乏FlaB、DbpB、p66或OspC肽中至少一种的不完全肽子集)的二次体外T细胞应答而仅仅可以实现的结果，通过促进LD的更早检测，当前实施方式所能提供的显著多于可采用疏螺旋体(Borrelia spp.)多肽的任何天然产生的亚组合所能实现的结果。
因此，当前公开的组合物包含含有疏螺旋体特异性T细胞表位的疏螺旋体(Borrelia spp.)FlaB、DbpB、p66和OspC肽或其变体的组合，该组合不天然产生，且在某些实施方式中，当前公开的组合物包含相对于彼此处于非天然产生的量的疏螺旋体(Borrelia spp.)FlaB、DbpB、p66和OspC肽或其变体，由此(并且进一步根据非限制性理论)实现本文所述的某些益处。
因此，本文公开能够替代先前已知的用于确认患有或疑似患有LD的对象中是否存在莱姆病(LD)的任何方法的一种，通过提供一种测试，该测试检测由通过接触个体莱姆病螺旋体蛋白质中的特定区域而已被活化的T细胞产生的免疫应答指示物(例如，干扰素-γ)。个体疏螺旋体(Borrelia spp.)蛋白质抗原FlaB(GenBank登录号ACI49679.1)、DbpB(GenBank登录号AAC70029.1)、p66(GenBank登录号AAC66949.1)和OspC(GenBank登录号ABQ42983.1)内的特定的T细胞反应性表位描述于本文中，并且，根据非限制性理论，相信它们可在所述组合物和方法中发挥作用，作为T细胞识别线性抗原性肽表位的结果。
据信，基于该策略的LD测试能提供至少两项重要益处：首先，活化的T细胞增殖速度快于产抗体的B细胞，因此该测试可提供优于在致病性疏螺旋体感染的早期阶段期间进行的任何抗体检测型测试的灵敏度。
第二，不论治疗成功与否，响应莱姆病螺旋体产生的抗体的水平通常在数月至数年期间升高，而随着诱发性的刺激(例如，感染性物质)的清除之后T细胞活性水平的缓和，通常显示T细胞调节。因此，当前公开的预后性方法可提供针对以下方面的优越的评估：针对LD的治疗疗程是否减少了(例如，以相对于合适的对照的统计学显著的方式减少)或消除了致病性疏螺旋体感染。相信这些益处将会出现，因为T细胞通常仅在疏螺旋体感染解决后的短期内保持活化。因此，通过由获自LD治疗后的LD对象的样品中存在的T细胞，采用本文所述的组合物没有检测到响应二次体外攻击的升高水平的T细胞免疫应答指示物(例如，活化的T细胞的干扰素-γ释放)还可提供对成功治疗的准确预测。
如本文所述，评估多肽掺混物中包含的基于临床重要的个体疏螺旋体(Borreliaspp.)(例如，伽氏疏螺旋体、伯氏疏螺旋体、伯氏疏螺旋体B31)蛋白的特定的肽在二次体外免疫应答中诱导获自LD患者的活化T细胞生产干扰素-γ(示例性T细胞免疫应答指示物)的能力。作为概念验证，具体在来自早期阶段伯氏疏螺旋体感染的患者的血液样品中评价包含具有疏螺旋体(Borrelia spp.)特异性T细胞表位的肽的所述掺混物诱导莱姆病特异性活化T细胞生产干扰素-γ的能力。将由采集自即将进行抗生素治疗的LD患者的T细胞产生的干扰素-γ的水平与由采集自采用抗生素进行有效治疗患者约60天后的LD患者的T细胞产生的干扰素-γ的水平做比较。
含疏螺旋体T细胞表位的肽。
在某些实施方式中，本公开文本提供了一种用于莱姆病的诊断或预后的组合物，其选自第一组合物和第二组合物：
(I)第一组合物，包含：(a)1、2、3、4或5种分离的FlaB肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:1-5所示的氨基酸序列的FlaB肽，或与SEQ ID NO:1-5所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；(b)1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13种分离的DbpB肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQID NO:6-18所示的氨基酸序列的DbpB肽，或与SEQ ID NO:6-18所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；(c)1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13种分离的p66肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:19-31所示的氨基酸序列的p66肽，或与SEQ ID NO:19-31所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；和(d)1或2种分离的OspC肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:32-33所示的氨基酸序列的OspC肽，或与SEQ ID NO:32-33所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体，其中所述组合物，在与获自被莱姆病关联的疏螺旋体种类感染的对象的全血接触之后，能够引发T细胞的二次体外免疫应答；和
(II)第二组合物，包含：(a)5种分离的FlaB肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:1-5所示的氨基酸序列的FlaB肽，或与SEQ ID NO:1-5所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；(b)13种分离的DbpB肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:6-18所示的氨基酸序列的DbpB肽，或与SEQ ID NO:6-18所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；(c)13种分离的p66肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:19-31所示的氨基酸序列的p66肽，或与SEQ ID NO:19-31所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；和(d)2种分离的OspC肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:32-33所示的氨基酸序列的OspC肽，或与SEQ ID NO:32-33所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体。
包含疏螺旋体T细胞表位的疏螺旋体(Borrelia spp.)FlaB、DbpB、p66或OspC肽，其用于本文设想的某些实施方式中，可包含对于FlaB肽由SEQ ID NO:1-5中任一所示的氨基酸序列，对于DbpB肽由SEQ ID NO:6-18中任一所示的氨基酸序列，对于p66肽由SEQ IDNO:19-31中任一所示的氨基酸序列，和，对于OspC肽由SEQ ID NO:32-33中任一所示的氨基酸序列，并且，在某些其它实施方式中，可包含含疏螺旋体T细胞表位的肽变体，其包含与SEQ ID NO:1-33所示肽中至少一种具有至少80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相同性的氨基酸序列，并且其能够被T细胞特异性地识别，该T细胞对至少一种致病性疏螺旋体种类具有反应性，优选地是对人类具有致病性的疏螺旋体种类，所述致病性疏螺旋体种类可包括但不必限于：伯氏疏螺旋体、狭义伯氏疏螺旋体、阿弗西尼疏螺旋体、加里疏螺旋体、法雷斯疏螺旋体、斯柏曼疏螺旋体、比塞蒂疏螺旋体、卢西塔尼疏螺旋体，和巴伐利亚疏螺旋体。
SEQ ID NO:1-33的含疏螺旋体T细胞表位的肽示于表1。
相对于天然含疏螺旋体T细胞表位的SEQ ID NO:1-33所示的肽序列(例如野生型或优势或天然产生的等位形式)，含疏螺旋体T细胞表位的肽(例如，SEQ ID NO:1-33中所示的任何肽)的含疏螺旋体T细胞表位的肽变体可包含一个或多个氨基酸取代、添加、缺失和/或插入。相较于含天然疏螺旋体(Borrelia spp.)T细胞表位的多肽序列区域的相应部分，例如，包含来自疏螺旋体多肽抗原伯氏疏螺旋体FlaB(GenBank登录号ACI49679.1)、伯氏疏螺旋体DbpB(GenBank登录号AAC70029.1)、伯氏疏螺旋体p66(GenBank登录号AAC66949.1)和伯氏疏螺旋体OspC(GenBank登录号ABQ42983.1)的T细胞表位的本文中首次显示的区域(表2)，变体优选地显示至少约80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％或89％氨基酸序列相同性，且更优选地，至少约90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％氨基酸序列相同性。相同性百分比(％)可容易地通过将肽变体的序列与全长多肽的相应部分做比较来确定，其中，相应部分可根据已建立的方法(例如，通过比对显示高度序列相同性或序列同源性的序列区域)而容易地鉴定，任选地允许短序列缺口，因为它们可因插入或缺失而产生，或允许保守性取代，或允许短错配区域等。用于序列比较的一些技术包括采用本领域普通技术人员熟知的计算计算法，例如Align或BLAST算法(Altschul，J.Mol.Biol.219:555-565,1991；Henikoff和Henikoff，PNAS USA 89:10915-10919,1992)，其可获自NCBI网站(参见[线上]因特网网址： 此外，本领域可用的计算机法使本领域技术人员能够预测蛋白质或肽的三维结构，以确定具体多肽的功能性变体。例如，可鉴定这样的变体，其中三维结构的全部或部分未被一个或多额修饰、取代、添加、缺失和/或插入本质上改变。(参见例如，Seemayer等,2014Bioinformat.30:3128；Raman等,2010ScienceExpress 2010年2月4日10.1126/science.1183649；Gribenko等,2009Proc.Nat.Acad.Sci.USA 106:2601；Bradley等,Science 309:1868-1871(2005)；Schueler-Furman等,Science 310:638(2005)；Dietz等,Proc.Nat.Acad.Sci.USA 103:1244(2006)；Dodson等,Nature 450:176(2007)；Qian等,Nature 450:259(2007)；Baker，2014Biochem.Soc.Trans.42:225；Correia等,2014Nature507:201；King等,2014Proc.Nat.Acad.Sci.USA 111:8577；Roche等,2012PLoS One 7(5):e38219；Zhang等,2013Meths.Enzymol.523:21；Khoury等,2014Trends Biotechnol.32:99；O’Meara等,2015J.Chem.Theory Comput.11:609；Park等,2015Structure 23:1123；Bale等,2015Protein Sci.doi:10.1002/pro.2748Epub PMID 26174163；Park等,2015Proteinsdoi:10.1002/prot.24862Epub PMID 26205421；Lin等,2015Proc.Nat.Acad.Sci.USA pii:201509508Epub PMID 26396255)。由此，本领域技术人员可容易地确定具体的含疏螺旋体T细胞表位的肽变体或其功能性片段是否保留足够的表位结构，从而能够被对至少一种致病性疏螺旋体种类具有反应性的T细胞特异性地识别。 含疏螺旋体T细胞表位的肽可以具有至少5、6、7、8、9、10、11、12、13或14个连续的氨基酸，并且在某些实施方式中，长度一般可不多于100、95、90、85、80、75、70、65、60、55或50个氨基酸。在某些优选实施方式中，所述含疏螺旋体T细胞表位的肽可以是长度为15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49，或50个连续氨基酸的肽。 应理解，T细胞表位指的是可被针对抗原的T细胞受体(“T细胞受体”)特异性识别的抗原的结构区域，通常在将表位呈递至T细胞受体的合适的主要组织相容性复合物(MHC)I类或II类分子的情况中。长度为约8-13个氨基酸的含T细胞表位的肽通常被I类MHC分子呈递至CD8 T细胞受体；长度为约15-25个氨基酸的含T细胞表位的肽通常被II类MHC分子呈递至CD4 T细胞受体。T细胞受体并不绝对具有其特异性，而是被视为是杂乱的；也即，给定的T细胞受体可能能够特异性地识别具体T细胞表位结构以及一定范围的紧密相关的表位结构。T细胞对正确呈递的T细胞表位的特异性识别可能以T细胞免疫应答指示物(例如本文所述的那些，例如，由T细胞释放的细胞因子，例如IFN-γ释放)的生成的刺激形式被检测。因此，含疏螺旋体T细胞表位的肽可指肽抗原，其能够在二次体外免疫应答中刺激已被激活的(例如，活化的)T细胞识别疏螺旋体(Borrelia spp.)抗原，包括其中含疏螺旋体T细胞表位的肽不同于已在体内激活T细胞的疏螺旋体(Borrelia spp.)抗原的情况。 本文提供的用于设计、生产和测试含疏螺旋体T细胞表位的肽及其变体功能性片段的方法均可通过本领域已有知识进行小幅修改而获得，例如，采用常规的病毒学、免疫学、微生物学、分子生物学和重组DNA技术方法，其已在文献中被详细解释说明。参见例如，Sambrook等,《分子克隆：实验室手册》(Molecular Cloning:A Laboratory Manual)(第2版，1989)；Maniatis等,《分子克隆：实验室手册》(Molecular Cloning:A LaboratoryManual)(1982)；《DNA克隆：实践方法》(DNA Cloning:A Practical Approach)，第I和II卷(D.Glover编)；《寡核苷酸合成》(Oligonucleotide Synthesis)(N.Gait编，1984)；《核酸杂交》(Nucleic Acid Hybridization)(B.Hames和S.Higgins编，1985)；《转录与翻译》(Transcription and Translation)(B.Hames和S.Higgins编，1984)；《动物细胞培养》(Animal Cell Culture)(R.Freshney编，1986)；Perbal，《分子克隆实践指导》(PracticalGuide to Molecular Cloning)(1984)。 术语"多肽"、"蛋白质"和"肽"可互换使用并且指不限于任何具体长度的氨基酸聚合物。该术语不排除修饰例如十四烷基化、硫酸化、糖基化、磷酸化、甲酰化，和信号序列的添加或缺失。术语“多肽”或“蛋白质”指氨基酸的一个或多个链，其中各链包含由肽键共价连接的氨基酸，并且其中，所述多肽或蛋白质可包含由肽键非共价和/或共价连接在一起的多条链，具有天然蛋白质序列，也即，由天然产生且具体为非重组细胞产生的蛋白质，或由遗传工程改造的或重组细胞产生的这样的蛋白质：其包含具有天然蛋白质的氨基酸序列的分子，或与天然序列相比具有一个或多个氨基酸的缺失、添加和/或取代的分子。因此，"多肽"或"蛋白质"可包含一条(称为"单体")或多条(称为"多聚体")氨基酸链。术语“肽”、“多肽”和“蛋白质”具体地涵盖本公开文本的肽，或与本文所述的肽相比具有一个或多个氨基酸的缺失、添加和/或取代的序列。 术语“分离的”指，某一物质是从其原始环境(例如，若其是天然产生的，则从天然环境)移出的。例如，活体动物中存在的天然产生的多肽或核酸不是分离的，但从天然系统中的一些或共存物质分开的相同的多肽或核酸，是分离的。所述核酸可以是载体的部分和/或所述核酸或多肽可以是组合物的部分(例如，细胞裂解物)，并且在该载体或组合物中仍然是分离的状态，其并不是该核酸或多肽的天然环境的部分。术语“基因”指参与产生多肽链的DNA区段；其包括编码区之前和之后的区域(前导物和尾随物)，以及单个编码区段(外显子)之间的插入序列(内含子)。 术语“分离的蛋白质”、“分离的多肽”和“分离的肽”在本文中指某一对象蛋白质、肽或多肽：(1)不含在自然中通常与其一同存在的至少一些其它蛋白质、肽或多肽，(2)基本不含相同来源(例如，来自相同物种)的其它蛋白质、肽或多肽，(3)由来自不同物种的细胞表达，(4)已与在自然中与其相关联的至少约50％的多核苷酸、脂质、碳水化合物，或其它物质分离，(5)不与在自然中可能与所述分离的蛋白质、分离的肽或分离的多肽相关联的蛋白质或多肽的部分相关联(通过共价或非共价相互作用)，(6)与在自然中与其不相关联的多肽可操作地相关联(通过共价或非共价相互作用)，或(7)不于自然中出现。所述分离的蛋白质、肽或多肽可由基因组DNA、cDNA、mRNA或其它RNA编码，或可根据用于人工肽和蛋白质合成的许多熟知化学技术而具有合成来源，或其任何组合。在某些实施方式中，所述分离的蛋白质、肽或多肽基本不含其天然环境中存在的、可能会干扰其应用(治疗应用、诊断应用、预防应用、研究应用等)的蛋白质或多肽或其它污染物。 “肽片段”或“多肽片段”指的是某一肽或多肽，其可以是单体形式或多聚体形式的，其具有天然产生的或重组产生的多肽的氨基-末端缺失、羧基-末端缺失，和/或内部缺失或取代。本文中所用的“连续的氨基酸”指的是对应于公开的氨基酸序列的不间断的线性部分的共价连接的氨基酸。在某些实施方式中，多肽片段可包含至少5～约100氨基酸长的氨基酸链。应理解，在某些实施方式中，片段长度为至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95或100个氨基酸。 某些优选的实施方式设想本文所述肽(例如，含疏螺旋体T细胞表位的肽)的全人工化学合成，采用多种成熟方法中的任一种进行，例如以下文献所述的那些：《氨基酸与肽合成》(Amino Acid and Peptide Synthesis)(Jones,J.，2002纽约，美国牛津大学出版社(Oxford Univ.Press USA))，Ramakers等(2014Chem.Soc.Rev.43:2743)，Verzele等(2013Chembiochem.14:1032)，Chandrudu等(2013Molecules 18:4373)，和/或 多肽或肽可在蛋白质的N-末端包含信号(或引导)序列，其以共同翻译或翻译后方式引导蛋白质的转移。所述多肽或肽还可框内融合或偶联至接头或其它序列，以便于合成、纯化或鉴定该多肽(例如，聚-His)，或增强该多肽或肽与固体支持物的结合。可将融合结构域多肽连接至所述多肽或肽的N末端和/或C末端，并且可包括(非限制性实例)：免疫球蛋白源性的序列，例如Ig恒定区序列或其部分、亲和性标签例如His标签(例如，六聚组氨酸或其它多聚组氨酸)、FLAG 用于肽、多肽和蛋白质的重组表达的系统是本领域已知的，并且在某些实施方式中可用于产生本文所述的肽。例如，某些细菌表达系统例如大肠杆菌(E.coli)重组蛋白质表达系统产生具有N-末端甲酰化的甲硫氨酸的多肽产物。在一些情况中，重组产生的肽可因此包含N-末端甲硫氨酸残基(其可以是未经修饰的甲硫氨酸或甲酰基-甲硫氨酸或另一甲硫氨酸类似物、变体、模拟物或衍生物，如本文中提供)，有时称作引发物甲硫氨酸，紧邻所需肽序列(例如，含疏螺旋体T细胞表位的肽)之前。因此，还设想这样的实施方式，其中一种或多种本文所述的含疏螺旋体T细胞表位的肽以包含N-末端甲硫氨酸(例如，甲硫氨酸或N-甲酰基甲硫氨酸)的形式产生，并且可用本领域通用的实践方法在还表达甲硫氨酸氨肽酶(MAP)的宿主细胞中重组表达，所述酶能够切割N-末端甲硫氨酸以将其从初期的多肽产物移除。参见例如，Natarajan等,2011PLoS ONE 6(5):e20176；Shen等,1993Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:8108；Shen等,1997Prot.Eng.10:1085。或者，MAP酶本身可重组产生(例如，Tsunasawa等,1997J.Biochem.122:843；Bradshaw等,1998TrendsBioch.Sci.23:263；Ben-Bassat等,1987J.Bacteriol.169:751)或市售获得(西格玛奥德里奇(Sigma-Aldrich)，密苏里州圣路易斯，例如，目录号M6435)并且用于从合成后的现有肽移除N-末端甲硫氨酸。 根据某些优选的实施方式，含疏螺旋体T细胞表位的肽可包含肽、多肽或模拟肽，其与包含SEQ ID NO:1-33中任一所示的氨基酸序列的、至少5个且不多于50、49、48、47、46、45、44、43、42、41、40、39、38、37、36、35、34、33、32、31、30、29、28、27、26、25、24、23、22、21、20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7或6个氨基酸的多肽包括或共有紧密的序列相同性或结构特征，其中存在疏螺旋体T细胞表位的肽能够被对至少一种致病性疏螺旋体种类具有反应性的T细胞特异性地识别，优选地，对人类具有致病性的疏螺旋体种类，所述致病性疏螺旋体种类可包括但不必限于伯氏疏螺旋体、狭义伯氏疏螺旋体、阿弗西尼疏螺旋体、加里疏螺旋体、法雷斯疏螺旋体、斯柏曼疏螺旋体、比塞蒂疏螺旋体、卢西塔尼疏螺旋体，和巴伐利亚疏螺旋体。除了本文中首次公开的含疏螺旋体T细胞表位的蛋白质和肽以外，用于测定所述T细胞反应性的试验方法描述于本文中并且于本领域中普遍知晓。 如本领域通常所指且如本文中所用，序列相同性和序列同源性可互换使用并一般指，在将该序列比对并引入缺口以实现最大序列相同性百分比(必要时)之后，候选序列中分别与参比多核苷酸或多肽序列中的核苷酸或氨基酸残基相同的核苷酸或氨基酸残基的百分比，并且任选地不考虑任何保守性取代作为序列相同性的部分。在某些实施方式中，肽(例如本文公开的含疏螺旋体(Borrelia spp.)T细胞表位的肽(例如，根据SEQ ID NO:1-33之一的肽)的变体与SEQ ID NO:1-33中任一所示的肽的序列共有至少约80％、至少约85％、至少约90％、91％、92％、93％或94％或至少约95％、96％、97％、98％或99％的氨基酸残基(或编码所述肽的多核苷酸中的核苷酸)。所述序列相同性可根据熟知的序列分析算法(如上所述)来确定，并且包括可从威斯康星州大学遗传学计算机工作组(University ofWisconsin Genetics Computer Group)(威斯康星州麦迪逊)获得，例如FASTA、Gap、Bestfit、BLAST等。 “天然或非天然氨基酸”包括任何常见的天然产生的氨基酸以作为肽、多肽和蛋白质的生物合成的构成部分(例如，丙氨酸(A)、半胱氨酸(C)、天冬氨酸(D)、谷氨酸(E)、苯丙氨酸(F)、甘氨酸(G)、组氨酸(H)、异亮氨酸(I)、赖氨酸(K)、亮氨酸(L)、甲硫氨酸(M)、天冬酰胺(N)、脯氨酸(P)、谷氨酰胺(Q)、精氨酸(R)、丝氨酸(S)、苏氨酸(T)、缬氨酸(V)、色氨酸(W)、酪氨酸(Y))，并且还包括修饰的、衍生的、对映体的、罕见的和/或不常用的氨基酸，天然产生的或合成的，例如，N-甲酰基甲硫氨酸、羟基脯氨酸、羟基赖氨酸、锁链素、异锁链素、ε-N-甲基赖氨酸、ε-N-三甲基赖氨酸、甲基组氨酸、脱氢酪氨酸、脱氢丙氨酸、α-氨基丁酸、β-丙氨酸、γ-氨基丁酸、同型半胱氨酸、同型丝氨酸、瓜氨酸、鸟氨酸和可从天然来源分离的和/或可化学合成的其它氨基酸，例如，可在如下文献中出现的那些：《蛋白质、肽和氨基酸资料大全》(Proteins,Peptides and Amino Acids Sourcebook)(White,J.S.和White,D.C.，2002胡马那出版社(Humana Press)，新泽西州托托瓦)或《氨基酸和肽合成》(AminoAcid and Peptide Synthesis)(Jones,J.,2002纽约，美国牛津大学出版社(OxfordUniv.Press USA))或“非天然氨基酸”(Unnatural Amino Acids),ChemFiles第1卷第5期(2001福鲁克化学有限公司(Fluka Chemie GmbH)；西格玛奥德里奇(Sigma-Aldrich),密苏里州圣路易斯)或“非天然氨基酸II”(Unnatural Amino Acids II),ChemFiles第2卷第4期(2002福鲁克化学有限公司；西格玛奥德里奇,密苏里州圣路易斯)。关于天然和/或非天然氨基酸的其它描述可见于，例如，Kotha,2003Acc.Chem.Res.36:342；Maruoka等,2004Proc.Nat.Acad.Sci.USA 101:5824；Lundquist等,2001Org.Lett.3:781；Tang等,2002J.Org.Chem.67:7819；Rothman等,2003J.Org.Chem.68:6795；Krebs等,2004Chemistry10:544；Goodman等,2001Biopolymers 60:229；Sabat等,2000Org.Lett.2:1089；Fu等,2001J.Org.Chem.66:7118；和Hruby等,1994Meths.Mol.Biol.35:249。本文中采用标准三字母缩写和单字母符号来指代天然和非天然氨基酸。 其它非天然氨基酸或氨基酸类似物是本领域已知的，其包括但不限于，非天然L或D衍生物(例如肽和/或模拟肽(例如上文和本文他处所述的那些)中存在的D-氨基酸)、荧光标记的氨基酸，以及特定示例，包括O-甲基-L-酪氨酸、L-3-(2-萘基)丙氨酸、3-甲基-苯丙氨酸、3-碘(idio)-酪氨酸、O-炔丙基-酪氨酸、同型谷氨酰胺、O-4-烯丙基-L-酪氨酸、4-丙基-L-酪氨酸、3-硝基-L-酪氨酸、三-O-乙酰基-GlcNAcβ-丝氨酸、L-多巴、氟化的苯丙氨酸、异丙基-L-苯丙氨酸、对叠氮基-L-苯丙氨酸、对酰基-L-苯丙氨酸、对乙酰基-L-苯丙氨酸、间乙酰基-L-苯丙氨酸、硒基甲硫氨酸、碲基甲硫氨酸、硒基半胱氨酸、炔烃苯丙氨酸、O-烯丙基-L-酪氨酸、O-(2-丙炔基)-L-酪氨酸、对乙基硫代羰基-L-苯丙氨酸、对-(3-氧代丁酰基)-L-苯丙氨酸、对苯甲酰基-L-苯丙氨酸、L-磷丝氨酸、膦羧基丝氨酸、膦羧基酪氨酸、同型炔丙基甘氨酸、叠氮基同型丙氨酸、对-碘-苯丙氨酸、对-溴-L-苯丙氨酸、二羟基-苯丙氨酸、二羟基-L-苯丙氨酸、对-硝基-L-苯丙氨酸、间-甲氧基-L-苯丙氨酸、对-碘-苯丙氨酸、对-溴苯丙氨酸、对-氨基-L-苯丙氨酸，和异丙基-L-苯丙氨酸、三氟亮氨酸、正亮氨酸(“Nle”)、D-正亮氨酸(“dNle”或“D-Nle”)、5-氟-色氨酸、对-卤代-苯丙氨酸、同型-苯丙氨酸(“同型-Phe”)、硒基-甲硫氨酸、乙硫氨基酪酸、S-亚硝基-同型半胱氨酸、硫-脯氨酸、3-噻吩基-丙氨酸、同型-烯丙基-甘氨酸、三氟异亮氨酸、反式和顺式-2-氨基-4-丁烯酸、2-丁炔基-甘氨酸、烯丙基-甘氨酸、对-叠氮基-苯丙氨酸、对-氰基-苯丙氨酸、对-乙炔基-苯丙氨酸、六氟亮氨酸、1,2,4-三唑-3-丙氨酸、2-氟-组氨酸、L-甲基组氨酸、3-甲基-L-组氨酸、β-2-噻吩基-L-丙氨酸、β-(2-噻唑基)-DL-丙氨酸、同型炔丙基甘氨酸(HPG)和叠氮基同型丙氨酸(AHA)等。 在某些实施方式中，可存在包含芳族侧链的天然或非天然氨基酸，如同苯丙氨酸或色氨酸或其类似物中存在的那样，包括本领域技术人员能够容易地识别其中存在芳环系统的结构的其它天然或非天然氨基酸，所述芳环系统通常以芳族单环或多环烃环系统的形式存在，所述烃环系统仅由碳和氢构成，并且包含6-19个碳原子，其中该环系统可部分或完全饱和，并且其可作为基团存在，包括但不限于，诸如芴基、苯基和萘基的基团。 在某些实施方式中，可存在包含疏水侧链的天然或非天然氨基酸，如同例如在丙氨酸、缬氨酸、异亮氨酸、亮氨酸、脯氨酸、苯丙氨酸、色氨酸或甲硫氨酸或其类似物中存在的那样，包括本领域技术人员能够基于其中存在疏水侧链(例如，生理环境中通常是非极性的疏水侧链)的结构容易地识别的其它天然或非天然氨基酸。在某些实施方式中，可存在包含碱性侧链的天然或非天然氨基酸，如同例如在赖氨酸、精氨酸或组氨酸或其类似物中存在的那些，包括本领域技术人员能够基于其中存在碱性侧链(例如，生理环境中通常呈极性且带有正电荷)的结构容易地识别的其它天然或非天然氨基酸。 本文中公开的肽在某些实施方式中可包括L-和/或D-氨基酸，只要保留该肽的生物活性即可(例如，含疏螺旋体T细胞表位的肽能够在二次体外免疫应答中被来自被(莱姆病关联的)疏螺旋体种类感染的对象的T细胞识别，如通过T细胞免疫应答指示物的产生的刺激所显示的那样，如本文所述)。在某些实施方式中，所述肽还可包含多种已知天然和人工翻译后或合成后共价化学修饰中的任何一种，所述化学修饰可通过反应实现，所述反应可包括糖基化(例如，在天冬酰胺残基处添加N连接的寡糖，在丝氨酸或苏氨酸残基处添加O连接的寡糖，糖化等)、脂肪酰化、乙酰化、甲酰化、聚乙二醇化，和磷酸化。本文公开的肽还可包括类似物、等位基因和等位基因变体，其可包含一个或多个氨基酸的氨基酸缺失，或添加或被其它天然产生的氨基酸残基或非天然氨基酸残基取代。 肽和非肽类似物可称作肽模拟物或模拟肽，并且是制药工业领域已知的(Fauchere,J.Adv.Drug Res.15:29(1986)；Evans等J.Med.Chem.30:1229(1987))。这些化合物可包含一种或多种非天然氨基酸残基、一种或多种化学修饰部分(例如，糖基化、聚乙二醇化、荧光性、放射性，或其它部分)，和/或一种或多种非天然肽键(例如，还原肽键：--CH 如上所述，某些实施方式还涉及模拟肽，或“人工”多肽。所述多肽可包含一个或多个氨基酸插入、缺失或取代、一个或多个改变的或人工肽键、一个或多个化学部分(例如聚乙二醇、糖基化、可检测的标记物，或其它部分)，和/或一个或多个非天然氨基酸。模拟肽的合成是本领域熟知的，并且可包括通过化学诱变、单一或多重定点诱变、PCR改组、应用改变的氨酰基tRNA或氨酰基tRNA合成酶分子、应用“终止”密码子例如琥珀抑制基因、应用四碱基对或五碱基对密码子，或其它方式来改变天然产生的蛋白质或多肽。 表2显示了疏螺旋体来源，来源蛋白质的特性，以及产生或衍生SEQ ID NO:1-33的含疏螺旋体T细胞表位的肽(示于表3)的全部或部分的氨基酸序列区域。
表3的肽的任何组合均可用于本文公开的组合物的当前设想的某些实施方式中，具体地用于优选的实施方式中，存在来自各个公开的四种疏螺旋体多肽区域FlaB、DbpB、p66和OspC：FlaB[SEQ ID NO:1-5]、DbpB[SEQ ID NO:6-18]、p66[SEQ ID NO:19-31]和OspC[SEQ ID NO:32-33]的至少一种肽。几种肽相对于彼此的量，以及所述肽中一种或多种的绝对量，可根据其中采用所述组合物的试验设计和具体技术而变化，这将是本领域技术人员根据具体免疫化学、免疫学和/或生物化学方法而熟悉的。意图说明而非限制，在某些实施方式中，所述组合物可包含至少约1纳克的各肽和不多于约100纳克的各肽；在某些实施方式中，所述组合物可包含至少约100、200、300或400纳克和不多于约500纳克的各肽；在某些实施方式中，所述组合物可包含至少约500、600、700、800或900纳克和不多于约1000纳克的各肽；在某些实施方式中，所述组合物可包含至少约1.0、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8，或1.9微克和不多于约2微克的各肽，而在某些实施方式中，所述组合物可包含至少约1、2、3、4、5、6、7、8，或9微克和不多于约10微克的各肽。 用于莱姆病的诊断或预后的方法 如本文公开，在某些实施方式中提供组合物和方法，用于检测对象中的莱姆病，或用于监测针对莱姆病的治疗在对象中的功效，部分基于如下发现：包含来自各个本文鉴定的疏螺旋体FlaB、DbpB、p66和OspC蛋白区域(例如，表2和3)的至少一种含疏螺旋体特异性T细胞表位的肽的肽掺混物能够提供这样的组合物，采用这样的组合物，来自基本全部LD患者的T细胞将在二次体外免疫应答中反应，产生T细胞免疫应答指示物(例如，干扰素-γ释放)，如本文所提供。 因此，相较于对象中可检测到疏螺旋体特异性抗体出现的时间，这些和相关的实施方式允许在疾病进程中较早的时间点检测对象中的LD。此外，且如上文所提及的，本公开允许评估针对LD的治疗的功效，基于可检测的通过从已经历成功LD治疗以根除疏螺旋体螺旋体的对象获得的循环T细胞的疏螺旋体特异性T细胞反应性的减小，与针对可检测的疏螺旋体特异性抗体的评估不同，其可在成功LD治疗之后好几个月或甚至数年在循环中保持高水平，因此会掩盖疏螺旋体螺旋体的成功根除的效果。 因此，在某些实施方式中，提供一种方法，其用于检测对象中的莱姆病，或用于监测针对莱姆病的治疗在对象中的功效，包括：(A)在体外使如下物质接触(i)第一生物样品，其在第一时间点从已知患有莱姆病或疑似有患莱姆病风险的对象获得，其中，所述生物样品包含T细胞和抗原呈递细胞，和(ii)用于莱姆病的诊断或预后的肽组合物，以获得第一测试孵育混合物；(B)在一定条件下孵育第一测试孵育混合物一定时间，所述条件和时间足够使所述T细胞特异性地识别所述肽组合物中存在的疏螺旋体T细胞表位，以刺激T细胞免疫应答指示物的产生；和(C)在第一测试孵育混合物中检测T细胞免疫应答指示物的第一水平，其中如果(C)中检测的所述T细胞免疫应答指示物的所述第一水平相对于T细胞免疫应答指示物的第一对照水平有所增加，则指示该对象中存在疏螺旋体感染，所述T细胞免疫应答指示物的第一对照水平通过在不存在该用于莱姆病的诊断或预后的肽组合物的情况下在第一对照孵育中孵育第一生物样品而获得，并且其中，所述用于莱姆病的诊断或预后的肽组合物包含这样的肽掺混物，其包含来自各个本文鉴定的疏螺旋体FlaB、DbpB、p66和OspC蛋白区域(例如，表2和3)的至少一种含疏螺旋体特异性T细胞表位的肽，例如： (a)1、2、3、4或5种分离的FlaB肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:1-5所示的氨基酸序列的FlaB肽，或与SEQ ID NO:1-5所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；(b)1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13种分离的DbpB肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:6-18所示的氨基酸序列的DbpB肽，或与SEQ ID NO:6-18所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；(c)1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13种分离的p66肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:19-31所示的氨基酸序列的p66肽，或与SEQID NO:19-31所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；和(d)1或2种分离的OspC肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:32-33所示的氨基酸序列的OspC肽，或与SEQ ID NO:32-33所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体，由此检测所述对象中的莱姆病，或监测针对莱姆病的治疗在所述对象中的功效。 在某些优选实施方式中，第一时间点在给予所述对象针对莱姆病的治疗之前。 在某些其它实施方式中，所述方法还包括：(D)在体外使如下物质接触：(i)第二生物样品，其在第一时间点之后且在给予所述对象针对莱姆病的治疗之后的第二时间点获自所述对象，其中第二生物样品包含T细胞和抗原呈递细胞，和(ii)所述用于莱姆病的诊断或预后的肽组合物，以获得第二测试孵育混合物；(E)在一定条件下孵育第二测试孵育混合物一定时间，所述条件和时间足够使所述T细胞特异性地识别所述肽组合物中存在的疏螺旋体T细胞表位，以刺激T细胞免疫应答指示物的产生；和(F)在第二测试孵育混合物中检测T细胞免疫应答指示物的第二水平，其中如果(F)中检测的所述T细胞免疫应答指示物的所述第二水平相对于T细胞免疫应答指示物的第二对照水平有所增加，则指示该对象中存在疏螺旋体感染，所述T细胞免疫应答指示物的第二对照水平通过在不存在该用于莱姆病的诊断或预后的肽组合物的情况下在第二对照孵育中孵育第二生物样品而获得，并且其中，如果(F)中检测的所述T细胞免疫应答指示物的所述第二水平相对于(C)中检测的所述T细胞免疫应答指示物的所述第一水平有所下降，则指示针对莱姆病的治疗的功效。 在这些和某些相关的实施方式中，因而能理解的是，第一时间点在向对象给予给定的针对莱姆病的治疗之前，而第二或后续时间点可以在向对象给予给定的针对LD的治疗之后，从而所述治疗的功效可被确定，如同例如由，所检测的T细胞免疫应答指示物的第二水平中的下降(例如，相对于合适的对照的统计学显著的下降)所显示的那样。通过非限制性理论，该结果将在第二或后续时间点显著，当相对于第一时间点测定T细胞免疫应答指示物的产生的刺激时，第二生物样品包含低水平的疏螺旋体特异性T细胞反应性，作为负调节和/或第二样品中不存在T细胞反应性(这归因于LD治疗后该对象中的疏螺旋体感染基本清除)的结果。 由此，应理解，可监测多个不同时间阶段的与LD相关联的疏螺旋体感染的严重性，例如，在一个或多个第二个时间点之间的时程，以评估由T细胞免疫应答指示物(作为对象中疏螺旋体细菌负载的表观指示物)水平反映的疾病进程，并且还能评估一种或多种针对LD的治疗的功效。在某些情况中，可能希望重复测试在第二和后续时间点依次获自对象的多个生物样品，以监测该对象中的疏螺旋体特异性T细胞活性。因此，在某些实施方式中，如果希望监测持久时间段中(例如多个第二个时间点，如2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或50或更多个第二个时间点，其可彼此相隔变化的间隔，所述间隔可以是数天、数周、数月或数年的间隔)的对象中的LD，本文中描述的接触、孵育和检测步骤可重复任何次数。 因此，本文所述的某些实施方式设想与本领域已知合适用于治疗莱姆病的一种或多种抗生素化合物(例如，基于针对致病性疏螺旋体种类(例如本文提及的任何疏螺旋体，特别是针对人致病性疏螺旋体)具有有效活性特性的抗生素)有关的组合物和/或方法。医药领域技术人员应理解，术语“处理”和“治疗”指对于对象(即，患者、宿主，其可以是人或非人动物)的疾病、紊乱或病症进行医学处理(参见例如，《斯特德曼医学词典》(Stedman’sMedical Dictionary))。 抗生素是本领域已知的，并且通常包括由一种微生物物种产生能够杀伤另一微生物物种的化合物制备的药物，或具有等同或类似化学结构和作用机制的合成产物，例如，在活体生物体内或体表摧毁微生物的药物，包括有时局部施用的此类药物。 本领域已知的合适用于治疗莱姆病的抗生素可包括，但不必限于如下的一种或多种：四环素类；氧四环素、四环素、多四环素，或二甲胺四环素；青霉素类；阿莫西林或盘尼西林；头孢菌素类；头孢克洛、头孢拉宗、头孢米诺、头孢噻肟、头孢替坦、头孢美唑、头孢西丁、头孢呋辛酯、乙酰头孢呋辛(cefuroxime acetyl)、新菌灵，或头孢曲松钠；大环内酯类；阿奇霉素、克拉霉素，或红霉素(参见例如，Cameron等,2014Expert Rev Anti InfectTher.12(9):1103–1135；Shapiro,2014N.Engl.J.Med.370(18):1724-31；Wright等,2012Am.Fam.Physician 85:1086.)。这些和其它临床有用的抗生素的概略信息是熟悉本领域的人员可获得且已知的(例如，华盛顿大学医学院(Washington University School ofMedicine)，《华盛顿医疗手册》(The Washington Manual of Medical Therapeutics)(第32版)，2007利平科特、威廉姆斯和威尔金斯出版社(Lippincott,Williams and Wilkins)，宾夕法尼亚州费城；Hauser,AL,《临床医师抗生素基础》(Antibiotic Basics forClinicians)，2007利平科特、威廉姆斯和威尔金斯出版社，宾夕法尼亚州费城)。 用于本文所述的方法的生物样品可获自对象用于测定本文所述的T细胞免疫应答指示物的存在和水平。合适的生物样品可包括，例如，全血样品，或脑脊液样品，或滑液样品，其均可获自患有或有患莱姆病风险的对象(例如，人或动物对象，且在优选的实施方式中是人)，例如，具有持续的蜱叮咬创伤的患者或临床上具有游走性红斑的患者或其它情况下可能具有一种或多种莱姆病风险因素的患者，这均可由本领域技术人员识别(参见例如，Shapiro,2014N.Engl.J.Med.370:1724；Wright等,2012Am.Fam.Physician 85:1086)。在某些实施方式中，所述生物样品可包含如下至少一种：全血(任选地具有抗凝剂)，或全血的细胞组分，或分离的外周血白细胞，或分离的外周血单核细胞。生物样品可在第一时间点获自对象，所述第一时间点在给予所述对象LD治疗之前，该生物样品可具有诊断利用性和/或可作为用于建立基线(即，治疗前)数据的对照；其它生物样品可在一个或多个第二个时间点获自该对象，所述第二时间点在向该对象给予LD治疗之后。 T细胞免疫应答指示物的检测 体外抗原特异性T细胞应答通常通过如下方式测定：比较观察到的T细胞应答，所述T细胞应答基于多种描述的可测得的T细胞功能性参数中的任一项(例如，增殖、细胞因子表达、细胞因子生物合成、细胞因子释放、变化的细胞表面标志物表型等)，这可在合适的情况(例如，由免疫兼容抗原呈递细胞呈递时用于激发或活化T细胞的抗原)中接触关联抗原的T细胞，和，来自相同的来源群体(换而接触结构上不同或不相关的对照抗原)的T细胞之间进行。针对关联抗原的应答统计学上显著地大于针对对照抗原的应答显示抗原特异性。 二次体外疏螺旋体特异性免疫应答的水平可通过本文所述和/或本领域中常规实践的多种免疫学方法中的任何一种来测定。二次体外疏螺旋体特异性免疫应答水平可在一个或多个时间点测定，包括在向提供包含T细胞和抗原呈递细胞的生物样品的对象(例如，已知患有或疑似患有莱姆病的对象)给予本文所述针对莱姆病的治疗(例如，一种或多种抗生素)中的任何一种或多种之前和之后的时间点。 如实施例中所述，当前公开的用于对包含含疏螺旋体T细胞表位的肽(例如，SEDID NO:1-33的一种或多种FlaB、DbpB、p66和OspC肽或其变体，如本文所述)进行诊断或预后的组合物显示在体外测试孵育中能够刺激可检测的T细胞免疫应答指示物的产生，所述体外测试孵育采用包含T细胞和抗原呈递细胞的生物样品，所述T细胞和抗原呈递细胞来自具有莱姆病关联的疏螺旋体种类的早期阶段感染的对象。所检测的T细胞免疫应答指示物的水平相对于该指示物的对照水平有所增加，所述对照水平通过如下方式获得：将生物样品在对照孵育中进行孵育，所述对照孵育除了免去所述疏螺旋体肽组合物以外，其它条件均与测试孵育等同。 因此，在某些实施方式中，相对于在合适的对照条件(例如，无疏螺旋体肽组合物存在)下检测的指示物水平，本文所提供的T细胞免疫应答指示物的水平增高可以是统计学显著的指示物水平增高的形式，其可在使T细胞和抗原呈递细胞与本文所述的含疏螺旋体T细胞表位的肽组合物(FlaB、DbpB、p66、OspC)在一定条件下孵育一段时间之后检测，所述条件和时间足够使T细胞识别特定抗原。 意图说明而非限制，在优选的实施方式中，通过用含疏螺旋体T细胞表位的肽组合物刺激T细胞产生的T细胞免疫应答指示物是在体外孵育之后由T细胞诱导、表达和/或释放的至少一种T细胞细胞因子。优选地，T细胞细胞因子选自IL-1α、IL-1β、IL-2、IL-10、IL-12、IL-17、TNF-α、TNF-β，和IFN-γ。在某些优选实施方式中，释放的IFN-γ是通过用含疏螺旋体T细胞表位的肽组合物刺激T细胞而产生的T细胞免疫应答指示物。然而，设想的实施方式并不意在如此限制，因而可包括许多种用于评估本文提供的生物样品的激发针对本文所述的含疏螺旋体T细胞表位的肽组合物的二次体外抗原特异性应答的能力的方法中的任一种。各种测定配置和技术是本领域已知的(例如，《新编免疫学方案》(Current Protocolsin Immunology)，约翰威利父子公司(John Wiley&Sons)，纽约州纽约(2009))，并且可基于本公开内容而适应于本文方法。因此，细胞因子的水平可根据本文所述和本领域实践的方法进行测定，包括例如，ELISA、ELISPOT、胞内细胞因子染色，和/或流式细胞术。 在优选的实施方式中，T细胞免疫应答指示物是在将所述样品与本文所述的含疏螺旋体T细胞表位的肽组合物孵育的步骤中由生物样品的T细胞释放的IFN-γ，而释放的IFN-γ的水平通过免疫化学测定，采用多种体外技术中的任何一种进行，由此通过测定结合剂与T细胞细胞因子(即，IFN-γ)的可检测的特异性结合来检测IFN-γ。因此，结合剂可包含特异性地结合至所述细胞因子(例如，IFN-γ)的至少一种抗体，所述抗体可包含至少一种单克隆抗体或其可换而包含多克隆抗体。根据某些实施方式，所述T细胞免疫应答指示物是由T细胞释放的细胞因子并且通过结合至固定在固相上的抗体而被测得。 示例性的针对IFN-γ的免疫计量测定是 如果抗体以可检测的水平与抗原反应，优选地以大于或等于约10 结合伴侣或抗体可采用例如Scatchard等描述的那些常规技术(Ann.N.Y.Acad.Sci.USA 51:660(1949))以及通过表面等离子体共振(SPR；BIAcore 本文中所用的，术语“多克隆抗体”指的是从识别特定抗原的多于一个表位的抗原特异性抗体群获得的抗体。“抗原”或“免疫原”指的是由适应性免疫系统识别的肽、脂质、多糖或多核苷酸。抗原可以是自身或非自身分子。抗原的实例包括但不限于细菌细胞壁组分、花粉和rh因子。被特异性抗体或特异性T细胞受体特异性识别的抗原区域是“表位”或“抗原决定簇”。单个抗原可以具有多个表位。 本文所用术语“单克隆抗体”(mAb)指获自基本均一抗体群体的抗体，即除了可能少数出现的天然产生突变外，群体包含的单独抗体是相同的。单克隆抗体具有针对某一抗原性位点的高度特异性。此外，与包含针对不同表位的不同抗体的多克隆抗体制剂不同，每种单克隆抗体针对抗原的单个表位。除了它们的特异性之外，单克隆抗体的优点在于它们可以被合成而不被其他抗体污染。修饰语“单克隆”不应被解释为需要通过任何特定方法产生抗体。例如，单克隆抗体可通过杂交瘤方法制备，该方法首先由Kohler等,Nature，256:495(1975)描述，或可在细菌、真核动物或植物细胞中采用重组DNA方法来制备(参见例如，美国专利号4,816,567)。也可通过例如Clackson等,Nature 352:624-628(1991)和Marks等,J.Mol.Biol.222:581-597(1991)所述的技术从噬菌体抗体文库中分离“单克隆抗体”。 核酸和多核苷酸 本文提供的含疏螺旋体T细胞表位多肽和肽，以及编码核酸分子和载体，可被例如从其天然环境分离和/或纯化，处于基本纯或同源的形式，或，在核酸的情况中，不含或基本不含与编码具有所需功能的多肽的序列来源不同的核酸或基因。核酸可包含DNA或RNA并且可以是完全或部分合成的。除非另有表述，述及本文所示核苷酸序列包括具有所示序列的DNA分子，还包括具有所示序列的RNA分子，其中U取代T。 因此，本发明在某些实施方式中还提供分离的核酸，其编码任何具有SEQ ID NO:1-33所示氨基酸序列的含疏螺旋体T细胞表位的肽。 术语“可操作地连接”是指该术语应用的组分处于允许它们在合适的条件下发挥其固有功能的关系。例如，将与蛋白质编码序列“可操作地连接”的转录控制序列连接到其上，从而在与控制序列的转录活性相容的条件下实现蛋白质编码序列的表达。 如本文所用的术语“控制序列”是指可影响与其连接或可操作地连接的编码序列的表达，加工或细胞内定位的多核苷酸序列。这类控制序列的性质可取决于宿主生物体。在具体实施方式中，原核生物的转录控制序列可以包括启动子，核糖体结合位点和转录终止序列。在其它具体实施方式中，用于真核生物的转录控制序列可以包括包含一个或多个转录因子识别位点，转录增强子序列，转录终止序列和聚腺苷酸化序列的启动子。在某些实施方式中，“控制序列”可以包括前导序列和/或融合伴侣序列。 本文所述的术语“多核苷酸”是指单链或双链核酸聚合物。在某些实施方式中，包含多核苷酸的核苷酸可以是核糖核苷酸和脱氧核糖核苷酸或任一种核苷酸的修饰形式。这些修饰可以包括碱基修饰如溴尿苷、核糖修饰如阿拉伯糖苷和2',3'-双脱氧核糖以及核苷酸间键连接修饰如硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、硒代磷酸酯、二硒代磷酸酯、苯胺基硫代磷酸酯(phosphoroanilothioate)、苯胺基磷酸酯(phoshoraniladate)和氨基磷酸酯。术语“多核苷酸”具体包括单链和双链形式的DNA。 术语"天然产生的核苷酸"包括脱氧核糖核苷酸和核糖核苷酸。术语“修饰的核苷酸”包括具有修饰或取代的糖基团的核苷酸等。术语“寡核苷酸连接”包括寡核苷酸连接，例如硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、硒代磷酸酯、二硒代磷酸酯、苯胺基硫代磷酸酯、苯胺基磷酸酯、氨基磷酸酯等。参见例如，LaPlanche等,1986,Nucl.Acids Res.,14:9081；Stec等,1984,J.Am.Chem.Soc.,106:6077；Stein等,1988，Nucl.Acids Res.,16:3209；Zon等,1991,Anti-Cancer Drug Design,6:539；Zon等,1991,《寡核苷酸与类似物：实践方法》(Olignonucleotdies and Analogues:A Practical Approach)，第87-108页(F.Eckstein编)，牛津大学出版社(Oxford University Press)，英国牛津；Stec等,美国专利号5,151,510；Uhlmann和Peyman，1990,Chemical Reviews，90:543，其公开内容通过引用纳入本文用于任何目的。寡核苷酸可以包括可检测标记物以能够检测寡核苷酸或其杂交。 术语“载体”用于指用于将编码信息转移至宿主细胞的任何分子(例如，核酸，质粒或病毒)。术语“表达载体”是指适合于宿主细胞转化的载体，并含有指导和/或控制插入的异源核酸序列表达的核酸序列。如果内含子存在，则表达包括但不限于诸如转录，翻译和RNA剪接的过程。 本领域技术人员应理解，多核苷酸可以包括基因组序列、基因组外和质粒编码序列以及表达蛋白质、多肽、肽等或可以适于表达蛋白质、多肽、肽等的较小的工程化基因区段。这样的区段可以是天然分离的，或者由技术人员通过合成方式修饰。 本领域技术人员将认识到，多核苷酸可以是单链(编码或反义)或双链的，并且可以是DNA(基因组，cDNA或合成的)或RNA分子。RNA分子可以包括HnRNA分子和mRNA分子，所述HnRNA分子含有内含子并且以一对一的方式对应于DNA分子，所述mRNA分子不含内含子。另外的编码或非编码序列可以但不一定存在于根据本公开内容的多核苷酸内，并且多核苷酸可以但不必与其它分子和/或支持性材料连接。多核苷酸可以包含天然序列或可以包含编码这种序列的变体或衍生物的序列。 因此，根据这些和相关的实施方式，本公开还提供编码本文所述的含疏螺旋体T细胞表位的肽的多核苷酸。在某些实施方式中，提供了包含编码如本文所述的肽的多核苷酸序列中的一些或全部和此类多核苷酸的互补物的多核苷酸。 在其它相关的实施方式中，多核苷酸变体可与编码本文所述的含疏螺旋体T细胞表位的肽的多核苷酸序列基本相同。例如，多核苷酸可以是包含至少80％序列相同性，优选地至少85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％或更高的序列相同性的多核苷酸，相较于参比多核苷酸序列，例如，编码本文所述的含疏螺旋体T细胞表位的肽(例如，具有SEQ IDNO:1-33之一作为其氨基酸序列的肽)的序列，采用本文所述的方法(例如，BLAST分析，采用标准参数，如下所述)。本领域技术人员将认识到，可以通过考虑密码子简并性、氨基酸相似性、阅读框定位等适当调整这些值以确定由两个核苷酸序列编码的多肽或肽的相应相同性。 在另一个实施方式中，提供了能够在中度至高度严格条件下与编码本文提供的含疏螺旋体T细胞表位的肽或其变体的多核苷酸序列或其片段或其互补序列杂交的多核苷酸。杂交技术在分子生物学领域是众所周知的。为了说明的目的，用于测试本文提供的多核苷酸与其他多核苷酸的杂交的合适的中等严格条件包括在5X SSC、0.5％SDS、1.0mM EDTA(pH 8.0)的溶液中预洗；在50℃-60℃，5X SSC杂交过夜；然后在65℃各用含0.1％SDS的2X、0.5X和0.2XSSC清洗20分钟。本领域技术人员应理解，杂交的严格性可以容易地操作，例如通过改变杂交溶液的盐含量和/或进行杂交的温度。例如，在另一个实施方式中，合适的高度严格杂交条件包括上述那些条件，不同之处在于杂交温度增加至例如60℃～65℃或65℃～70℃。 也如本文他处所述，可以通过常规方法来确定代表性的含疏螺旋体T细胞表位的肽(例如，SEQ ID NO:1-33或其变体，如本文提供)的三维结构，从而可对具有选定的天然或非天然氨基酸的一个或多个氨基酸的取代、添加、缺失或插入进行虚拟建模，以确定衍生的结构变体是否保留了当前公开的种类的空间填充性质。本领域技术人员已知各种计算机程序用于确定肽内适当的氨基酸取代(或编码氨基酸序列的合适多核苷酸)，使得例如维持疏螺旋体特异性T细胞识别。 无论编码序列本身的长度如何，本文所述的多核苷酸或其片段可以与其他DNA序列组合，例如启动子，聚腺苷酸化信号，额外的限制性酶切位点，多克隆位点，其他编码区段等，这样它们的总长度可能会有很大的变化。因此预期可以使用几乎任何长度的核酸片段，其总长度优选受限于制备的容易程度以及用于预期的重组DNA方案以产生当前公开的含疏螺旋体T细胞表位的肽。例如，设想具有长度在约10,000、约5000、约3000、约2,000、约1,000、约500、约200、约100、约50等碱基对的总长度(包括所有中间长度)的说明性的多核苷酸区段是有用的。 当比较多核苷酸序列时，如果两个序列中的核苷酸序列在进行最大对应性比对时相同，则称这两个序列是“相同的”，如下所述。两个序列之间的比较通常通过比较比较窗口上的序列来进行，以鉴定和比较序列相似性的局部区域。如本文所用的“比较窗口”是指至少约20个(通常30至约75个、40至约50个)连续位置的区段，其中在两个序列被最佳地对齐之后，序列可以与具有相同数目的连续位置的参比序列进行比较。 用于比较的序列的最佳比对可以使用Lasergene生物信息学软件套件(DNASTAR公司，威斯康星州麦迪逊)中的Megalign程序，使用默认参数进行。该程序例示了以下参考文献中描述的几种对齐方案：Dayhoff,M.O.(1978)蛋白质进化变化模型-用于检测远距离关系的矩阵(A model of evolutionary change in proteins–Matrices for detectingdistant relationships).刊于Dayhoff,M.O.(编)《蛋白质序列和结构图谱》(Atlas ofProtein Sequence and Structure),国家生物医学研究基金会(National BiomedicalResearch Foundation)，华盛顿DC第5卷，增刊3，第345-358页；Hein J.,《比对与系统发生的统一方法》(Unified Approach to Alignment and Phylogenes),第626-645页(1990)；《酶学方法》(Methods in Enzymology)第183卷,学术出版社公司(Academic Press,Inc.),加利福尼亚州圣迭戈；Higgins,D.G.和Sharp,P.M.,CABIOS 5:151-153(1989)；Myers,E.W.和Muller W.,CABIOS 4:11-17(1988)；Robinson,E.D.,Comb.Theor 11:105(1971)；Santou,N.Nes,M.,Mol.Biol.Evol.4:406-425(1987)；Sneath,P.H.A.和Sokal,R.R.,《数值分类学-数值分类学的原理与实践》(Numerical Taxonomy–the Principles and Practiceof Numerical Taxonomy),费曼出版社(Freeman Press),加利福尼亚州旧金山(1973)；Wilbur,W.J.和Lipman,D.J.,Proc.Natl.Acad.,Sci.USA 80:726-730(1983)。 或者，可进行最优序列比对以作比较，例如，通过Smith和Waterman的局部相同性算法，Add.APL.Math 2:482(1981)；通过Needleman和Wunsch的相同性比对算法，J.Mol.Biol.48:443(1970)；通过Pearson和Lipman的相似性检索法，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 85:2444(1988)；通过计算机执行这些算法(遗传学计算工作组(Genetics Computer Group)的威斯康星遗传学软件包(Wisconsin Genetics SoftwarePackage)中的GAP、BESTFIT、BLAST、FASTA和TFASTA，575科学大道(Science Dr.)，威斯康星州麦迪逊)，或通过检视进行。 适合测定序列相同性和序列相似性百分数的算法的一个优选示例是BLAST和BLAST 2.0算法，所述算法分别描述于Altschul等，Nuc.Acids Res.25:3389-3402(1977)和Altschul等，J.Mol.Biol.215:403-410(1990)。可以使用BLAST和BLAST 2.0，例如用本文所述的参数确定两个或更多个多核苷酸之间的序列相同性百分比。进行BLAST分析的软件可从国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information)公开获得。在一个说明性实例中，就核苷酸序列而言，可采用参数M(一对匹配残基的奖励评分；总是>0)和N(错配残基的罚分；总是<0)计算累积评分。出现以下情况时中止字命中在各个方向上的延伸：累积比对评分比其最大获得值降低X；由于一个或多个负评分残基比对的累积，累积评分变为零或零以下；或者达到任一序列的末端。BLAST算法参数W、T和X决定比对的灵敏度和速度。BLASTN程序(对氨基酸序列而言)使用的默认值为：字长(W)11，期望值(E)10，和BLOSUM62评分矩阵(参见Henikoff和Henikoff，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89:10915(1989))比对法，(B)50，期望值(E)10，M＝5，N＝-4，并且比较两条链。 在某些实施方式中，通过在至少20个位置的比较窗口上比较两个最佳比对的序列来确定“序列相同性百分比”，其中比较窗口中多核苷酸序列的部分可以包含与参比序列(不包含添加或缺失)相比20％或更少，通常为5％至15％，或10％至12％的添加或缺失(即缺口)，以用于两个序列的最佳比对。通过确定两个序列中出现相同核酸碱基的位置数来计算百分比，以产生匹配位置的数量，将匹配位置的数量除以参考序列中位置的总数(即，窗口大小)并将结果乘以100以产生序列相同性的百分比。 本领域普通技术人员应理解，由于遗传密码的简并性，存在许多编码如本文所述的含疏螺旋体T细胞表位的肽的核苷酸序列。这些多核苷酸中的一些与编码本文所述含疏螺旋体T细胞表位的肽的天然或原始多核苷酸序列的核苷酸序列具有最小的序列相同性。不过，由于密码子使用的差异而变化的多核苷酸由本公开内容明确涵盖。在某些实施方式中，具体考虑了针对哺乳动物表达密码子优化的序列。 因此，在本发明的另一个实施方式中，可以采用诱变方法如位点特异性诱变来制备本文所述的含疏螺旋体T细胞表位的肽的变体和/或衍生物。通过该方法，可以通过诱变编码它们的潜在多核苷酸对多肽序列进行特异性修饰。这些技术提供了直接的方法来制备和测试序列变体，例如，通过将一个或多个核苷酸序列变化引入到多核苷酸中，引入一个或多个前述考虑。 定位诱变允许使用编码所需突变的DNA序列的特定寡核苷酸序列以及足够数量的相邻核苷酸，以提供大小和序列复杂性足以在横跨缺失连接点两侧形成稳定双链体的引物序列，从而产生突变体。可以在选择的多核苷酸序列中使用突变以改进、改变、降低、修饰或以其他方式改变多核苷酸自身的性质，和/或改变编码的多肽的性质、活性、组成、稳定性或一级序列。 根据某些相关的实施方式提供一种重组宿主细胞，其包含如本文所述的一种或多种构建体；编码含疏螺旋体T细胞表位的肽或其变体的核酸；和，用于产生该编码的产物的方法，所述方法包括从其编码核酸进行表达。在合适的条件下培养含有该核酸的重组宿主细胞不难实现表达。在通过表达生产之后，含疏螺旋体T细胞表位的肽可采用任何合适的技术分离和/或纯化，然后按需使用。 熟知在各种不同的宿主细胞中克隆和表达多肽的系统。合适的宿主细胞包括细菌、哺乳动物细胞、酵母和杆状病毒系统。本领域可用于表达异源多肽的哺乳动物细胞系包括中国仓鼠卵巢细胞，HeLa细胞，幼仓鼠肾细胞，NSO小鼠黑素瘤细胞和许多其它细胞系。常用的优选细菌宿主是大肠杆菌。在原核细胞如大肠杆菌中肽的重组表达在本领域中已得到很好的证实，在培养的真核细胞中也有表达。 可以选择或构建含有合适的调节序列的合适载体，包括启动子序列、终止子序列、多腺苷酸化序列、增强子序列、标记基因和其它序列(如果需要的话)。适当时，载体可以是质粒，病毒例如噬菌体或噬菌粒。更多详细信息参见例如，《分子克隆：实验室手册》(Molecular Cloning:a Laboratory Manual)第4版，Green和Sambrook，2012，冷泉港实验室出版社(Cold Spring Harbor Laboratory Press)，纽约州冷泉港。用于核酸操作的许多已知技术和方案，例如在制备核酸构建体、诱变、测序、将DNA引入细胞和基因表达以及分析蛋白质中的技术和方案，详细描述于《新编分子生物学方案》(Current Protocols inMolecular Biology)，Ausubel等编，约翰威利父子出版社(John Wiley&Sons)，纽约州，2015，或其后续更新版本。 术语“宿主细胞”用于指已经或能够将编码一种或多种本文所述的含疏螺旋体T细胞表位的肽的核酸序列引入其中，并且其进一步表达或能够表达选定的感兴趣基因，例如编码任何本文所述的含疏螺旋体T细胞表位的肽的基因的细胞。该术语包括亲本细胞的后代，无论该后代在形态学上或在与原始亲本的基因构成方面是否相同，只要所选基因存在即可。因此，还设想一种方法，包括将所述核酸引入宿主细胞。可采用任何合适的技术实施这种引入。对于真核细胞，合适的技术可包括磷酸钙转染、DEAE-葡聚糖、电穿孔、脂质体介导的转染和利用逆转录病毒或其它病毒的转导，例如痘苗病毒，或者就昆虫细胞而言是杆状病毒。对于细菌细胞，合适的技术可包括氯化钙转化、电穿孔和利用细菌噬菌体转染。引入后可表达核酸，例如通过在表达基因的条件下培养宿主细胞。在一个实施方式中，将核酸整合到宿主细胞的基因组(例如染色体)中。按照标准技术，纳入促进与基因组重组的序列可促进整合。 在某些实施方式中，本发明还提供一种方法，其包括在表达系统中采用如上所述的构建体，以表达具体多肽，例如本文所述的含疏螺旋体T细胞表位的肽。术语“转导”用于指通常通过噬菌体将基因从一种细菌转移到另一种细菌。“转导”还指通过逆转录病毒获得和转移真核细胞序列。术语“转染”用于指细胞摄取外来或外源DNA，并且当外源DNA已经被引入细胞膜内时细胞已经被“转染”。许多转染技术在本领域是公知的并且在本文中公开。参见例如，Green和Sambrook，《分子克隆：实验室手册》(Molecular Cloning:a LaboratoryManual)第4版，2012，冷泉港实验室出版社，纽约州冷泉港；《新编分子生物学方案》(Current Protocols in Molecular Biology)，Ausubel等编，约翰威利父子出版社(JohnWiley&Sons)，纽约州，2015，或其后续更新版本。所述技术可用于将一个或多个外源DNA部分引入合适的宿主细胞。 如本文所用，术语“转化”是指细胞遗传特征的变化，并且细胞在被修饰为含有新DNA时已经被转化。例如，一个细胞从对它的天然状态进行遗传修饰之时为转化的。转染或转导后，转化DNA可通过物理整合到细胞染色体中而与细胞重组，或者可作为附加体元件被暂时维持而不被复制，或可作为质粒独立复制。当DNA随细胞分裂而复制时，认为细胞已被稳定地转化。当与生物材料如核酸分子、多肽、宿主细胞等联合使用时，术语“天然产生的”或“天然的”是指在自然界中发现并且未被人处理的物质。类似地，如本文所用的“非天然产生的”或“非天然的”是指在自然界中不存在或已被人类进行结构修饰或合成的材料。 应理解，除非另有相反的说明，本发明的几个实施方案的实践将采用在本领域技术范围内的病毒学，免疫学，微生物学，分子生物学和重组DNA技术中的常规方法，并且下文出于说明目的描述了其中的许多部分。这些技术在文献中已有充分描述。参见例如，Green和Sambrook《分子克隆：实验室手册》(Molecular Cloning:a Laboratory Manual)第4版，2012，冷泉港实验室出版社，纽约州冷泉港；《新编分子生物学方案》(Current Protocolsin Molecular Biology)，Ausubel等编，约翰威利父子出版社(John Wiley&Sons)，纽约州，2015；《新编分子生物学方案》(Current Protocols in Molecular Biology)或《新编免疫学方案》(Current Protocols in Immunology)，约翰威利父子出版社，纽约州纽约(2009)；Ausubel等,《分子生物学简短方案》(Short Protocols in Molecular Biology)，第3版，约翰威利父子出版社，1995；Sambrook和Russell，《分子克隆：实验室手册》(MolecularCloning:A Laboratory Manual)(第3版，2001)；Maniatis等，《分子克隆：实验室手册》(Molecular Cloning:A Laboratory Manual)(1982)；《DNA克隆：实践方案》(DNA Cloning:A Practical Approach)，第I和II卷(D.Glover编)；《寡核苷酸合成》(OligonucleotideSynthesis)(N.Gait编,1984)；《核酸杂交》(Nucleic Acid Hybridization)(B.Hames和S.Higgins编,1985)；《转录和翻译》(Transcription and Translation)(B.Hames和S.Higgins编,1984)；《动物细胞培养》(Animal Cell Culture)(R.Freshney编,1986)；Perbal,《分子克隆实践指导》(A Practical Guide to Molecular Cloning)(1984)以及其它类似参考文献。 除非另有明确说明，否则本说明书中描述的每个实施方式都需加以必要的修改而应用于每个其他实施方式。 标准技术可用于生化和免疫化学和免疫学测定、重组DNA、寡核苷酸合成、微生物和哺乳动物细胞和组织培养和转化(例如电穿孔、脂质转染)。酶促反应和纯化技术可根据生产商的说明书或本领域普遍使用或本文所述的方法进行。这些和相关的技术和程序通常可根据本领域公知的常规方法进行，并且如在微生物学，分子生物学，生物化学，分子遗传学，细胞生物学，病毒学和免疫学技术中的各种一般和更具体的参考文献中所述，并贯穿本说明书中讨论。参见例如，Sambrook等,《分子克隆：实验室手册》(Molecular Cloning:ALaboratory Manual),第3版,冷泉港实验室出版社,纽约州冷泉港；《新编分子生物学方案》(Current Protocols in Molecular Biology)(约翰威利父子出版社,2008年7月新版)；《分子生物学简短方案：现代分子生物学实验方法汇编》(Short Protocols in MolecularBiology:A Compendium of Methods from Current Protocols in Molecular Biology),格林出版协会(Greene Pub.Associates)和威利国际科学(Wiley-Interscience)；Glover,《DNA克隆：实践方法》(DNA Cloning:A Practical Approach),第I和II卷(IRL出版社,美国牛津大学出版社,1985)；《新编免疫学方案》(Current Protocols in Immunology)JohnE.Coligan,Ada M.Kruisbeek,David H.Margulies,Ethan M.Shevach,Warren Strober编2001约翰威利父子出版社,纽约州纽约)；《实时PCR：当前技术与应用》(Real-Time PCR:Current Technology and Applications),Julie Logan,Kirstin Edwards和NickSaunders编,2009,凯斯特学术出版社(Caister Academic Press),英国诺福克；Anand,《复杂基因组分析技术》(Techniques for the Analysis of Complex Genomes),(学术出版社，纽约,1992)；Guthrie和Fink,《酵母遗传学和分子生物学指南》(Guide to YeastGenetics and Molecular Biology)(学术出版社,纽约,1991)；《寡核苷酸合成》(Oligonucleotide Synthesis)(N.Gait编,1984)；《核酸杂交》(Nucleic AcidHybridization)(B.Hames和S.Higgins编,1985)；《转录与翻译》(Transcription andTranslation)(B.Hames和S.Higgins编,1984)；《动物细胞培养》(Animal Cell Culture)(R.Freshney编,1986)；Perbal,《分子克隆实践指南》(A Practical Guide to MolecularCloning)(1984)；《下一代基因组测序》(Next-Generation Genome Sequencing)(Janitz,2008Wiley-VCH)；《PCR方案(分子生物学方法)》(PCR Protocols(Methods in MolecularBiology))(Park编,第3版,2010胡马那出版社)；《固定细胞与酶》(Immobilized Cells AndEnzymes)(IRL出版社,1986)；论文《酶学方法》(Methods In Enzymology)(学术出版社公司,纽约州)；《哺乳动物细胞用基因转移载体》(Gene Transfer Vectors For MammalianCells)(J.H.Miller和M.P.Calos编,1987,冷泉港实验室出版社)；Harlow和Lane,《抗体》(Antibodies),(冷泉港实验室出版社,纽约州冷泉港,1998)；《细胞与分子生物学免疫化学方法》(Immunochemical Methods In Cell And Molecular Biology)(Mayer和Walker,编,学术出版社,伦敦,1987)；《实验免疫学手册》(Handbook Of Experimental Immunology),第I-IV卷(D.M.Weir和C.C.Blackwell编,1986)；Riott,《基础免疫学》(EssentialImmunology),第6版,(布莱克威尔科学出版公司(Blackwell Scientific Publications),牛津,1988)；《胚胎干细胞：方法和实验方案》(Embryonic Stem Cells:Methods andProtocols)(分子生物学方法)(Kurstad Turksen编,2002)；《胚胎干细胞方案：第一卷：分离和表征》(Embryonic Stem Cell Protocols:Volume I:Isolation andCharacterization)(分子生物学方法)(Kurstad Turksen编,2006)；《胚胎干细胞方案：第二卷：分化模型》(Embryonic Stem Cell Protocols:Volume II:DifferentiationModels)(分子生物学方法)(Kurstad Turksen编,2006)；《人类胚胎干细胞方案》(HumanEmbryonic Stem Cell Protocols)(分子生物学方法)(Kursad Turksen编,2006)；《间充质干细胞：方法和实验方案》(Mesenchymal Stem Cells:Methods and Protocols)(分子生物学方法)(Darwin J.Prockop,Donald G.Phinney和Bruce A.Bunnell编,2008)；《造血干细胞方案》(Hematopoietic Stem Cell Protocols)(分子药学方法)(Christopher A.Klug和Craig T.Jordan编,2001)；《造血干细胞方案》Hematopoietic Stem Cell Protocols(分子生物学方法)(Kevin D.Bunting编,2008)《神经干细胞：方法和实验方案》(Neural StemCells:Methods and Protocols)(分子生物学方法)(Leslie P.Weiner编,2008)。 除非提供具体的定义，否则与本文所述的分子生物学，分析化学，合成有机化学以及医学和药物化学有关的术语以及实验室程序和技术是本领域中众所周知和常用的术语。标准技术可用于重组技术，分子生物学，微生物学，化学合成，化学分析，药物配制，制剂和递送以及患者的治疗。 除非上下文中另有说明，贯穿本发明说明书和权利要求书，词语“包含”及其变化形式，例如，“包含”和“包括”理解为开放、可兼形式(即，“包括(包含)但不限于”)。“由……组成”指包括但通常限于词组“由……组成”中的列举。“基本由……组成”指在词组中所列举的任何元素，但是限于其他不干扰或有助于本文特定列举元素的活性或作用的元素。因此，词组“基本由……组成”指所列举元素是必须的或强制的，但是其他元素是不必需的，并且可以出现或可以不出现，取决于它们是否影响所列举元素的活性或作用。 在本说明书和权利要求书中所用的单数形式“一个”，“一种”和“该”包括多个指示物，除非上下文中有明显的表示。如本文所用，在特定实施方式中，当在数值之前时，术语“约”或“近似”指示该值加上或减去5％，6％，7％，8％或9％的范围。在其它实施方式中，当在数值范围前时，术语“约”或“大约”表示加上或减去10％、11％、12％、13％或14％的范围。在其它实施方式中，当在数值范围之前时，术语“约”或“大约”表示加上或减去15％、16％、17％、18％、19％或20％的范围。 说明书中提及的“一个实施方式”或“一种实施方式”或“一个方面”表示连同实施方式描述的具体特征、结构或特性包括在本发明的至少一个实施方式中。因此，在说明书中各处出现的短语“在一个实施方式中”或“在一种实施方式中”不一定全部都涉及同一个实施方式。而且，具体的特征、结构或性质可以任何合适的方式组合在一个或多个实施方式中。 实施例 实施例1.通过对人工肽组合物的二次体外T细胞应答进行莱姆病检测和治疗功效监测 该实施例描述了评价特定肽(源自个体疏螺旋体蛋白质的区域且包含在多重肽掺混物中)诱导获自LD患者的活化的T细胞体外生产干扰素-γ的能力。具体地，测试包含疏螺旋体特异性肽的掺混物诱导获自患有极早期伯氏疏螺旋体感染的患者的血液样品中的莱姆病特异性活化的T细胞所致的干扰素-γ体外释放的能力。还测定了在即将进行抗生素治疗的第一时间点从LD患者收集的T细胞和在用抗生素对该患者有效治疗之后约60天的第二时间点收集的T细胞的体外干扰素-γ生产水平。 材料和方法
评价包含选自各个疏螺旋体蛋白质(表2-3)的范围的疏螺旋体特异性肽区域的肽的掺混物活化获自莱姆螺旋体感染后短期的LD患者的外周血液样品中的T细胞的能力。为增加肽组合物对于LD相关的T细胞的潜在刺激的特异性，首先通过BLAST算法分析完整蛋白质序列以鉴定合适的疏螺旋体特异性区域(表4)。然后，从各蛋白质中的特定区域合成合成肽；各肽长度约15-25个氨基酸，具有重叠的10-15个氨基末端(表3)。
表4.FlaB、BbpB、p66和OspC中的疏螺旋体特异性区域的氨基酸序列。 FlaB，鞭毛蛋白，部分[伯氏疏螺旋体]，GenBank:ACI49679.1 NVRTAEELGM QPAKINTPAS LSGSQASWTL RVHVGANQDE(51-90) [SEQ ID NO:34] QDEAIAVNIYAANVANLFSG(88-107)[SEQ ID NO:35] SLAKIENAIRMISDQRANL(156-174)[SEQ ID NO:36] DbpB(核心蛋白多糖结合性蛋白B)，部分[伯氏疏螺旋体]，GenBank:AAC70029.1 SIVMVLFFDL LVACSIGLVE RTNAALESSS KDLKNKILKI KKEATGKGVL FEAFTGLKTG SKVTSGGLAL REAKVQAIVE TGKFLKIIEE EALKLKETGN SGQFLAMFDL MLEVVESLED VGIIGLKARV LEESKNNPIN TAERLLAAKA QIENQLKVVK EKQNIENGGE KKNNKSKKKK(1-180) [SEQ ID NO:37] p66，完整外膜蛋白p66[伯氏疏螺旋体B31]，GenBank:AAC66949.1 FGLSGAYGNE TFNNSSITYS LKDKSVVGND LLSPTLSNSA ILASFGAKYK LGLTKINDKN TYLILQMGTD FGIDPFASDF SIFGHISKAA NFKKETPSDP NKKAEIFDPN GNALNFSKNT ELGIAFSTGA SIGFAWNKDT GEKESWAIKG(251-400) [SEQ ID NO:38] OspC，外表面蛋白C[伯氏疏螺旋体]，GenBank:ABQ42983.1 ATKAIGKKIQQNGGLAVEAGH(55-75)[SEQ ID NO:39] KEMLANSVKELTSPI(171-185)[SEQ ID NO:40]
血清免疫球蛋白对于电泳分离的疏螺旋体抗原(Mogilyanski等,2004Clin DiagLab Immunol 11:924)的Western免疫印迹反应性采用市售可得的试剂盒(Marblot 结果
不同的是，来自仅两名(10％)对象的急性血清产生了满足疾病控制中心(CDC)的确认伯氏疏螺旋体感染的足够IgM抗体反应性(表6)。此外，60天后，仅在四名其它对象中，应答增加(反应性更高的IgM和IgG条带)至确认水平确认。Western印迹提供了21名入选者中仅6名(29％)的血清诊断确认。此外，未能发展抗C6抗体的对象的Western印迹也呈阴性。来自C6测试和Western印迹的联合结果无法提供四名(19％)研究对象的LD的血清诊断确认。更显著地，通过各测试操作检测的抗体水平常常在康复期、治疗后血清，甚至在LD螺旋体通过抗生素治疗被几乎肯定地清除的情况下增高。因此，无法依赖C6测试或Western印迹来提供对于成功治疗的准确预测。 表5.通过检测抗C6抗体对早期莱姆病的血清诊断确认
表6.通过Western印迹进行早期莱姆病的血清诊断确认.
然后探索可检测活化的(基于响应疏螺旋体肽池的IFN-γ释放)T细胞是否不存在于抗生素治疗后采集的血液样品中，与针对LD的所述治疗之后的螺旋体的消除同时发生的可能性。为解决该问题，将抗生素治疗之前即刻检测的平均干扰素-γ反应性(参见图1，“IFN-γ前”)与治疗后检测的平均干扰素-γ反应性(参见图1，“IFN-γ后”)做比较。观察到，平均反应性显著下降(p值＝0.0002)，与治疗的给予和症状的临床解决同时发生。这些结果提供了强有力的证据，证明对于针对本文公开的疏螺旋体肽的池的二次体外应答中T细胞生产的干扰素-γ的定量有利于在LD的早期阶段期间确认该疾病。此外，活化的T细胞快速减少，与通过抗生素治疗的螺旋体的成功消除同时发生，由抗生素治疗之后收集的T细胞响应本文所述的疏螺旋体肽池而体外产生的测试孵育混合物中的可检测的IFN-γ的水平降低而证实。 表7.采用肽池T细胞活化之后确认的LD患者中的IFN-γ检测.
也可以组合所述各种实施方式以提供其他实施方式。在本说明书中提及和/或在申请数据表中列出的所有美国专利，美国专利申请公开，美国专利申请，外国专利，外国专利申请和非专利出版物，包括2015年9月25日提交的美国临时专利申请号62/233,192，的全部内容通过引用纳入本文。所述实施方式的各方面可被修改，必要时可应用各种专利、申请和出版物的概念，以提供更多的实施方式。 本发明的实施方式包括但不限于： 1.一种用于莱姆病的诊断或预后的组合物，其选自第一组合物和第二组合物： (I)第一组合物，其包含： (a)1、2、3、4或5种分离的FlaB肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:1-5所示的氨基酸序列的FlaB肽，或与SEQ ID NO:1-5所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体； (b)1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13种分离的DbpB肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:6-18所示的氨基酸序列的DbpB肽，或与SEQ ID NO:6-18所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体； (c)1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13种分离的p66肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:19-31所示的氨基酸序列的p66肽，或与SEQ ID NO:19-31所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；和 (d)1或2种分离的OspC肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ IDNO:32-33所示的氨基酸序列的OspC肽，或与SEQ ID NO:32-33所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体， 其中，所述组合物，在与获自被莱姆病关联的疏螺旋体种类感染的对象的全血接触之后，能够引发T细胞的二次体外免疫应答；和 (II)第二组合物，其包含： (a)5种分离的FlaB肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:1-5所示的氨基酸序列的FlaB肽，或与SEQ ID NO:1-5所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体； (b)13种分离的DbpB肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ IDNO:6-18所示的氨基酸序列的DbpB肽，或与SEQ ID NO:6-18所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体； (c)13种分离的p66肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:19-31所示的氨基酸序列的p66肽，或与SEQ ID NO:19-31所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；和 (d)2种分离的OspC肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:32-33所示的氨基酸序列的OspC肽，或与SEQ ID NO:32-33所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体。 2.如实施方式1所述的组合物，其中至少一种： (a)所述组合物包含至少约1纳克的各肽和不多于约100纳克的各肽， (b)所述组合物包含至少约100、200、300或400纳克和不多于约500纳克的各肽， (c)所述组合物包含至少约500、600、700、800或900纳克和不多于约1000纳克的各肽， (d)所述组合物包含至少约1.0、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8或1.9微克和不多于约2微克的各肽，或 (e)所述组合物包含至少约1、2、3、4、5、6、7、8或9微克和不多于约10微克的各肽。 3.一种方法，其用于检测对象中的莱姆病，或用于监测针对莱姆病的治疗在对象中的功效，包括： (A)在体外使如下物质接触：(i)第一生物样品，其在第一时间点从已知患有莱姆病或疑似有患莱姆病风险的对象获得，其中，所述生物样品包含T细胞和抗原呈递细胞，和(ii)用于莱姆病的诊断或预后的肽组合物，以获得第一测试孵育混合物； (B)在一定条件下孵育第一测试孵育混合物一定时间，所述条件和时间足以使所述T细胞特异性地识别所述肽组合物中存在的疏螺旋体T细胞表位，以刺激T细胞免疫应答指示物的产生；和 (C)在第一测试孵育混合物中检测T细胞免疫应答指示物的第一水平， 其中，如果(C)中检测的所述T细胞免疫应答指示物的所述第一水平相对于T细胞免疫应答指示物的第一对照水平有所增加，则指示该对象中存在疏螺旋体感染，所述T细胞免疫应答指示物的第一对照水平通过在不存在所述用于莱姆病的诊断或预后的肽组合物的情况下在第一对照孵育中孵育第一生物样品而获得，和 其中，所述用于莱姆病的诊断或预后的肽组合物包含： (a)1、2、3、4或5种分离的FlaB肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:1-5所示的氨基酸序列的FlaB肽，或与SEQ ID NO:1-5所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体； (b)1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13种分离的DbpB肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:6-18所示的氨基酸序列的DbpB肽，或与SEQ ID NO:6-18所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体； (c)1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13种分离的p66肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:19-31所示的氨基酸序列的p66肽，或与SEQ ID NO:19-31所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；和 (d)1或2种分离的OspC肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ IDNO:32-33所示的氨基酸序列的OspC肽，或与SEQ ID NO:32-33所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体， 由此检测所述对象中的莱姆病，或监测针对莱姆病的治疗在所述对象中的功效。 4.如实施方式3所述的方法，其中，第一时间点在向所述对象给予针对莱姆病的治疗之前。 5.如实施方式3或实施方式4所述的方法，其中，所述用于莱姆病的诊断或预后的肽组合物包含： (a)5种分离的FlaB肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:1-5所示的氨基酸序列的FlaB肽，或与SEQ ID NO:1-5所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体； (b)13种分离的DbpB肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ IDNO:6-18所示的氨基酸序列的DbpB肽，或与SEQ ID NO:6-18所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体； (c)13种分离的p66肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:19-31所示的氨基酸序列的p66肽，或与SEQ ID NO:19-31所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；和 (d)2种分离的OspC肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:32-33所示的氨基酸序列的OspC肽，或与SEQ ID NO:32-33所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体。 6.如实施方式3或4所述的方法，其还包括： (D)在体外使如下物质接触：(i)第二生物样品，其在第一时间点之后且在给予所述对象针对莱姆病的治疗之后的第二时间点获自所述对象，其中第二生物样品包含T细胞和抗原呈递细胞，和(ii)所述用于莱姆病的诊断或预后的肽组合物，以获得第二测试孵育混合物； (E)在一定条件下孵育第二测试孵育混合物一定时间，所述条件和时间足够使所述T细胞特异性地识别所述肽组合物中存在的疏螺旋体T细胞表位，以刺激T细胞免疫应答指示物的产生；和 (F)在第二测试孵育混合物中检测T细胞免疫应答指示物的第二水平， 其中，如果(F)中检测的所述T细胞免疫应答指示物的所述第二水平相对于T细胞免疫应答指示物的第二对照水平有所增加，则指示该对象中存在疏螺旋体感染，所述T细胞免疫应答指示物的第二对照水平通过在不存在所述用于莱姆病的诊断或预后的肽组合物的情况下在第二对照孵育中孵育第二生物样品而获得，和 其中，如果(F)中检测的所述T细胞免疫应答指示物的所述第二水平相对于(C)中检测的所述T细胞免疫应答指示物的所述第一水平有所下降，则指示针对莱姆病的治疗的功效。 7.如实施方式6所述的方法，其中，所述用于莱姆病的诊断或预后的肽组合物包含： (a)5种分离的FlaB肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:1-5所示的氨基酸序列的FlaB肽，或与SEQ ID NO:1-5所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体； (b)13种分离的DbpB肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ IDNO:6-18所示的氨基酸序列的DbpB肽，或与SEQ ID NO:6-18所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体； (c)13种分离的p66肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:19-31所示的氨基酸序列的p66肽，或与SEQ ID NO:19-31所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；和 (d)2种分离的OspC肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:32-33所示的氨基酸序列的OspC肽，或与SEQ ID NO:32-33所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体。 8.如实施方式3所述的方法，其中，莱姆病包含由至少一种致病性疏螺旋体种类所致的感染。 9.如实施方式8所述的方法，其中，所述致病性疏螺旋体种类对人类具有致病性。 10.如实施方式9所述的方法，其中，对人类具有致病性的疏螺旋体种类选自：伯氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi)、狭义伯氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi sensustricto)、阿弗西尼疏螺旋体(Borrelia azfelii)、加里疏螺旋体(Borrelia garinii)、法雷斯疏螺旋体(Borrelia valaisiana)、斯柏曼疏螺旋体(Borrelia spielmanii)、比塞蒂疏螺旋体(Borrelia bissettii)、卢西塔尼疏螺旋体(Borrelia lusitaniae)，和巴伐利亚疏螺旋体(Borrelia bavariensis)。 11.如实施方式3所述的方法，其中，针对莱姆病的治疗包括，给予所述对象抗生素。 12.如实施方式11所述的方法，其中，所述抗生素选自：四环素类；氧四环素、四环素、多四环素，或二甲胺四环素；青霉素类；阿莫西林或盘尼西林；头孢菌素类；头孢克洛、头孢拉宗、头孢米诺、头孢噻肟、头孢替坦、头孢美唑、头孢西丁、头孢呋辛酯、乙酰头孢呋辛、新菌灵，或头孢曲松钠；大环内酯类；阿奇霉素、克拉霉素，或红霉素。 13.如实施方式3所述的方法，其中，所述生物样品包括全血、脑脊液或滑液中的至少一种。 14.如实施方式3所述的方法，其中，所述生物样品包含如下至少一种：(a)全血、(b)全血的细胞组分、(c)分离的外周血白细胞，或(d)分离的外周血单核细胞。 15.如实施方式3所述的方法，其中，所述T细胞免疫应答指示物是干扰素-γ(IFN-γ)。 16.如实施方式15所述的方法，其中所述IFN-γ是由所述T细胞释放的可溶性IFN-γ。 17.如实施方式3所述的方法，其中，所述T细胞免疫应答指示物包含如下至少一种：T细胞增殖和T细胞细胞因子表达。 18.如实施方式17所述的方法，其中，所述T细胞细胞因子选自IL-1α、IL-1β、IL-2、IL-10、IL-12、IL-17、TNF-α、TNF-β和IFN-γ。 19.如实施方式17所述的方法，其中，所述T细胞细胞因子表达按所述T细胞释放的可溶性T细胞细胞因子来检测。 20.如实施方式19所述的方法，其中，所述T细胞细胞因子选自IL-1α、IL-1β、IL-2、IL-10、IL-12、IL-17、TNF-α、TNF-β和IFN-γ。 21.如实施方式20所述的方法，其中，所述T细胞细胞因子通过测定结合剂与所述T细胞细胞因子的可检测的特异性结合来检测。 22.如实施方式21所述的方法，其中，所述结合剂包含特异性地结合至所述T细胞细胞因子的至少一种抗体。 23.如实施方式22所述的方法，其中，所述至少一种抗体选自单克隆抗体和多克隆抗体。 24.如实施方式22所述的方法，其中，所述至少一种抗体固定在固相上。 25.如实施方式6所述的方法，其中，莱姆病包含由至少一种致病性疏螺旋体种类所致的感染。 26.如实施方式25所述的方法，其中，所述致病性疏螺旋体种类对人类具有致病性。 27.如实施方式26所述的方法，其中，对人类具有致病性的疏螺旋体种类选自：伯氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi)、狭义伯氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi sensustricto)、阿弗西尼疏螺旋体(Borrelia azfelii)、加里疏螺旋体(Borrelia garinii)、法雷斯疏螺旋体(Borrelia valaisiana)、斯柏曼疏螺旋体(Borrelia spielmanii)、比塞蒂疏螺旋体(Borrelia bissettii)、卢西塔尼疏螺旋体(Borrelia lusitaniae)，和巴伐利亚疏螺旋体(Borrelia bavariensis)。 28.如实施方式6所述的方法，其中，所述针对莱姆病的治疗包括，给予所述对象抗生素。 29.如实施方式28所述的方法，其中，所述抗生素选自：四环素类；氧四环素、四环素、多四环素，或二甲胺四环素；青霉素类；阿莫西林或盘尼西林；头孢菌素类；头孢克洛、头孢拉宗、头孢米诺、头孢噻肟、头孢替坦、头孢美唑、头孢西丁、头孢呋辛酯、乙酰头孢呋辛、新菌灵，或头孢曲松钠；大环内酯类；阿奇霉素、克拉霉素，或红霉素。 30.如实施方式6所述的方法，其中，所述生物样品包括全血、脑脊液或滑液中的至少一种。 31.如实施方式6所述的方法，其中，所述生物样品包含如下至少一种：(a)全血、(b)全血的细胞组分、(c)分离的外周血白细胞，或(d)分离的外周血单核细胞。 32.如实施方式6所述的方法，其中，所述T细胞免疫应答指示物是干扰素-γ(IFN-γ)。 33.如实施方式32所述的方法，其中所述IFN-γ是由所述T细胞释放的可溶性IFN-γ。 34.如实施方式6所述的方法，其中，所述T细胞免疫应答指示物包含如下至少一种：T细胞增殖和T细胞细胞因子表达。 35.如实施方式34所述的方法，其中，所述T细胞细胞因子选自IL-1α、IL-1β、IL-2、IL-10、IL-12、IL-17、TNF-α、TNF-β和IFN-γ。 36.如实施方式34所述的方法，其中，所述T细胞细胞因子表达按所述T细胞释放的可溶性T细胞细胞因子来检测。 37.如实施方式36所述的方法，其中，所述T细胞细胞因子选自IL-1α、IL-1β、IL-2、IL-10、IL-12、IL-17、TNF-α、TNF-β和IFN-γ。 38.如实施方式37所述的方法，其中，所述T细胞细胞因子通过测定结合剂与所述T细胞细胞因子的可检测的特异性结合来检测。 39.如实施方式38所述的方法，其中，所述结合剂包含特异性地结合至所述T细胞细胞因子的至少一种抗体。 40.如实施方式39所述的方法，其中，所述至少一种抗体选自单克隆抗体和多克隆抗体。 41.如实施方式39所述的方法，其中，所述至少一种抗体固定在固相上。 42.如实施方式6所述的方法，其包括在多个第二个时间点重复步骤(D)、(E)和(F)，所述多个第二个时间点彼此不同，且晚于第一时间点，且在给予所述对象所述针对莱姆病的治疗之后。 43.如实施方式42所述的方法，其中，所述多个第二时间点包括2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或50个时间点。 44.一种组合物，其选自第一核酸组合物和第二核酸组合物： (I)第一核酸组合物，其包含编码如下物质的一种或多种分离的核酸分子： (a)1、2、3、4或5种分离的FlaB肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:1-5所示的氨基酸序列的FlaB肽，或与SEQ ID NO:1-5所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体； (b)1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13种分离的DbpB肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:6-18所示的氨基酸序列的DbpB肽，或与SEQ ID NO:6-18所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体； (c)1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13种分离的p66肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:19-31所示的氨基酸序列的p66肽，或与SEQ ID NO:19-31所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；和 (d)1或2种分离的OspC肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ IDNO:32-33所示的氨基酸序列的OspC肽，或与SEQ ID NO:32-33所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体， 其中，所述FlaB、DbpB、p66和OspC肽，在与获自被莱姆病关联的疏螺旋体种类感染的对象的全血接触之后，能够引发T细胞的二次体外免疫应答；和 (II)第二核酸组合物，其包含编码如下物质的一种或多种分离的核酸分子： (a)5种分离的FlaB肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:1-5所示的氨基酸序列的FlaB肽，或与SEQ ID NO:1-5所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体； (b)13种分离的DbpB肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ IDNO:6-18所示的氨基酸序列的DbpB肽，或与SEQ ID NO:6-18所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体； (c)13种分离的p66肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:19-31所示的氨基酸序列的p66肽，或与SEQ ID NO:19-31所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体；和 (d)2种分离的OspC肽，其各自包含疏螺旋体T细胞表位，并且选自具有SEQ ID NO:32-33所示的氨基酸序列的OspC肽，或与SEQ ID NO:32-33所示的氨基酸序列具有至少80％氨基酸序列相同性的其一种或多种变体， 其中，所述FlaB、DbpB、p66和OspC肽，在与获自被莱姆病关联的疏螺旋体种类感染的对象的全血接触之后，能够引发T细胞的二次体外免疫应答。 45.一种载体组合物，其包含含有如实施方式44所述的组合物的一种或多种核酸载体。 46.一种宿主细胞，其包含如实施方式45所述的载体组合物。 根据上述详细说明可对实施方式进行这些和其他改变。总体而言，权利要求中所用的术语应不被认为是将权利要求限制到本说明书和权利要求中公开的具体的实施方式，而应认为是包括遵循与所列权利要求等同的完全范围的所有可能的实施方式。因此，权利要求并不受本公开内容限制。 序列表 <110> 凯杰科技有限公司(Qiagen Sciences LLC) 生物肽股份有限公司(Biopeptides Corp.) 冈德森路德教医学基金会股份有限公司(Gundersen Lutheran Medical Foundation,Inc.) <120> 诊断莱姆病并用于预测治疗后莱姆病螺旋体消除的组合物和方法 <130> 770025.466WO <140> PCT <141> 2016-09-15 <150> US 62/233,192 <151> 2015-09-25 <160> 40 <170> FastSEQ for Windows Version 4.0 <210> 1 <211> 25 <212> PRT <213> 疏螺旋体(Borrelia sp.) <400> 1 Asn Val Arg Thr Ala Glu Glu Leu Gly Met Gln Pro Ala Lys Ile Asn 1 5 10 15 Thr Pro Ala Ser Leu Ser Gly Ser Gln 20 25 <210> 2 <211> 20 <212> PRT <213> 疏螺旋体(Borrelia sp.) <400> 2 Asn Thr Pro Ala Ser Leu Ser Gly Ser Gln Ala Ser Trp Thr Leu Arg 1 5 10 15 Val His Val Gly 20 <210> 3 <211> 20 <212> PRT <213> 疏螺旋体(Borrelia sp.) <400> 3 Leu Ser Gly Ser Gln Ala Ser Trp Thr Leu Arg Val His Val Gly Ala 1 5 10 15 Asn Gln Asp Glu 20 <210> 4 <211> 20 <212> PRT <213> 疏螺旋体(Borrelia sp.) <400> 4 Gln Asp Glu Ala Ile Ala Val Asn Ile Tyr Ala Ala Asn Val Ala Asn 1 5 10 15 Leu Phe Ser Gly 20 <210> 5 <211> 19 <212> PRT <213> 疏螺旋体(Borrelia sp.) <400> 5 Ser Leu Ala Lys Ile Glu Asn Ala Ile Arg Met Ile Ser Asp Gln Arg 1 5 10 15 Ala Asn Leu <210> 6 <211> 20 <212> PRT <213> 疏螺旋体(Borrelia sp.) <400> 6 Ser Ile Val Met Val Leu Phe Phe Asp Leu Leu Val Ala Cys Ser Ile 1 5 10 15 Gly Leu Val Glu 20 <210> 7 <211> 20 <212> PRT <213> 疏螺旋体(Borrelia sp.) <400> 7 Leu Phe Phe Asp Leu Leu Val Ala Cys Ser Ile Gly Leu Val Glu Arg 1 5 10 15 Thr Asn Ala Ala 20 <210> 8 <211> 25 <212> PRT <213> 疏螺旋体(Borrelia sp.) <400> 8 Ile Gly Leu Val Glu Arg Thr Asn Ala Ala Leu Glu Ser Ser Ser Lys 1 5 10 15 Asp Leu Lys Asn Lys Ile Leu Lys Ile 20 25 <210> 9 <211> 25 <212> PRT <213> 疏螺旋体(Borrelia sp.) <400> 9 Lys Asp Leu Lys Asn Lys Ile Leu Lys Ile Lys Lys Glu Ala Thr Gly 1 5 10 15 Lys Gly Val Leu Phe Glu Ala Phe Thr 20 25 <210> 10 <211> 25 <212> PRT <213> 疏螺旋体(Borrelia sp.) <400> 10 Gly Lys Gly Val Leu Phe Glu Ala Phe Thr Gly Leu Lys Thr Gly Ser 1 5 10 15 Lys Val Thr Ser Gly Gly Leu Ala Leu 20 25 <210> 11 <211> 25 <212> PRT <213> 疏螺旋体(Borrelia sp.) <400> 11 Ser Lys Val Thr Ser Gly Gly Leu Ala Leu Arg Glu Ala Lys Val Gln 1 5 10 15 Ala Ile Val Glu Thr Gly Lys Phe Leu 20 25 <210> 12 <211> 25 <212> PRT <213> 疏螺旋体(Borrelia sp.) <400> 12 Gln Ala Ile Val Glu Thr Gly Lys Phe Leu Lys Ile Ile Glu Glu Glu 1 5 10 15 Ala Leu Lys Leu Lys Glu Thr Gly Asn 20 25 <210> 13 <211> 25 <212> PRT <213> 疏螺旋体(Borrelia sp.) <400> 13 Glu Ala Leu Lys Leu Lys Glu Thr Gly Asn Ser Gly Gln Phe Leu Ala 1 5 10 15 Met Phe Asp Leu Met Leu Glu Val Val 20 25 <210> 14 <211> 25 <212> PRT <213> 疏螺旋体(Borrelia sp.) <400> 14 Ala Met Phe Asp Leu Met Leu Glu Val Val Glu Ser Leu Glu Asp Val 1 5 10 15 Gly Ile Ile Gly Leu Lys Ala Arg Val 20 25 <210> 15 <211> 25 <212> PRT <213> 疏螺旋体(Borrelia sp.) <400> 15 Val Gly Ile Ile Gly Leu Lys Ala Arg Val Leu Glu Glu Ser Lys Asn 1 5 10 15 Asn Pro Ile Asn Thr Ala Glu Arg Leu 20 25 <210> 16 <211> 25 <212> PRT <213> 疏螺旋体(Borrelia sp.) <400> 16 Asn Asn Pro Ile Asn Thr Ala Glu Arg Leu Leu Ala Ala Lys Ala Gln 1 5 10 15 Ile Glu Asn Gln Leu Lys Val Val Lys 20 25 <210> 17 <211> 25 <212> PRT <213> 疏螺旋体(Borrelia sp.) <400> 17 Gln Ile Glu Asn Gln Leu Lys Val Val Lys Glu Lys Gln Asn Ile Glu 1 5 10 15 Asn Gly Gly Glu Lys Lys Asn Asn Lys 20 25 <210> 18 <211> 25 <212> PRT <213> 疏螺旋体(Borrelia sp.) <400> 18 Leu Lys Val Val Lys Glu Lys Gln Asn Ile Glu Asn Gly Gly Glu Lys 1 5 10 15 Lys Asn Asn Lys Ser Lys Lys Lys Lys 20 25 <210> 19 <211> 25 <212> PRT <213> 疏螺旋体(Borrelia sp.) <400> 19 Phe Gly Leu Ser Gly Ala Tyr Gly Asn Glu Thr Phe Asn Asn Ser Ser 1 5 10 15 Ile Thr Tyr Ser Leu Lys Asp Lys Ser 20 25 <210> 20 <211> 25 <212> PRT <213> 疏螺旋体(Borrelia sp.) <400> 20 Ser Ile Thr Tyr Ser Leu Lys Asp Lys Ser Val Val Gly Asn Asp Leu 1 5 10 15 Leu Ser Pro Thr Leu Ser Asn Ser Ala 20 25 <210> 21 <211> 25 <212> PRT <213> 疏螺旋体(Borrelia sp.) <400> 21 Leu Leu Ser Pro Thr Leu Ser Asn Ser Ala Ile Leu Ala Ser Phe Gly 1 5 10 15 Ala Lys Tyr Lys Leu Gly Leu Thr Lys 20 25 <210> 22 <211> 20 <212> PRT <213> 疏螺旋体(Borrelia sp.) <400> 22 Gly Ala Lys Tyr Lys Leu Gly Leu Thr Lys Ile Asn Asp Lys Asn Thr 1 5 10 15 Tyr Leu Ile Leu 20 <210> 23 <211> 20 <212> PRT <213> 疏螺旋体(Borrelia sp.) <400> 23 Leu Gly Leu Thr Lys Ile Asn Asp Lys Asn Thr Tyr Leu Ile Leu Gln 1 5 10 15 Met Gly Thr Asp 20 <210> 24 <211> 20 <212> PRT <213> 疏螺旋体(Borrelia sp.) <400> 24 Thr Tyr Leu Ile Leu Gln Met Gly Thr Asp Phe Gly Ile Asp Pro Phe 1 5 10 15 Ala Ser Asp Phe 20 <210> 25 <211> 20 <212> PRT <213> 疏螺旋体(Borrelia sp.) <400> 25 Gln Met Gly Thr Asp Phe Gly Ile Asp Pro Phe Ala Ser Asp Phe Ser 1 5 10 15 Ile Phe Gly His 20 <210> 26 <211> 25 <212> PRT <213> 疏螺旋体(Borrelia sp.) <400> 26 Phe Ala Ser Asp Phe Ser Ile Phe Gly His Ile Ser Lys Ala Ala Asn 1 5 10 15 Phe Lys Lys Glu Thr Pro Ser Asp Pro 20 25 <210> 27 <211> 25 <212> PRT <213> 疏螺旋体(Borrelia sp.) <400> 27 Asn Phe Lys Lys Glu Thr Pro Ser Asp Pro Asn Lys Lys Ala Glu Ile 1 5 10 15 Phe Asp Pro Asn Gly Asn Ala Leu Asn 20 25 <210> 28 <211> 25 <212> PRT <213> 疏螺旋体(Borrelia sp.) <400> 28 Ile Phe Asp Pro Asn Gly Asn Ala Leu Asn Phe Ser Lys Asn Thr Glu 1 5 10 15 Leu Gly Ile Ala Phe Ser Thr Gly Ala 20 25 <210> 29 <211> 20 <212> PRT <213> 疏螺旋体(Borrelia sp.) <400> 29 Glu Leu Gly Ile Ala Phe Ser Thr Gly Ala Ser Ile Gly Phe Ala Trp 1 5 10 15 Asn Lys Asp Thr 20 <210> 30 <211> 20 <212> PRT <213> 疏螺旋体(Borrelia sp.) <400> 30 Phe Ser Thr Gly Ala Ser Ile Gly Phe Ala Trp Asn Lys Asp Thr Gly 1 5 10 15 Glu Lys Glu Ser 20 <210> 31 <211> 25 <212> PRT <213> 疏螺旋体(Borrelia sp.) <400> 31 Phe Ser Thr Gly Ala Ser Ile Gly Phe Ala Trp Asn Lys Asp Thr Gly 1 5 10 15 Glu Lys Glu Ser Trp Ala Ile Lys Gly 20 25 <210> 32 <211> 15 <212> PRT <213> 疏螺旋体(Borrelia sp.) <400> 32 Lys Glu Met Leu Ala Asn Ser Val Lys Glu Leu Thr Ser Pro Ile 1 5 10 15 <210> 33 <211> 21 <212> PRT <213> 疏螺旋体(Borrelia sp.) <400> 33 Ala Thr Lys Ala Ile Gly Lys Lys Ile Gln Gln Asn Gly Gly Leu Ala 1 5 10 15 Val Glu Ala Gly His 20 <210> 34 <211> 40 <212> PRT <213> 伯氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi) <400> 34 Asn Val Arg Thr Ala Glu Glu Leu Gly Met Gln Pro Ala Lys Ile Asn 1 5 10 15 Thr Pro Ala Ser Leu Ser Gly Ser Gln Ala Ser Trp Thr Leu Arg Val 20 25 30 His Val Gly Ala Asn Gln Asp Glu 35 40 <210> 35 <211> 20 <212> PRT <213> 伯氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi) <400> 35 Gln Asp Glu Ala Ile Ala Val Asn Ile Tyr Ala Ala Asn Val Ala Asn 1 5 10 15 Leu Phe Ser Gly 20 <210> 36 <211> 19 <212> PRT <213> 伯氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi) <400> 36 Ser Leu Ala Lys Ile Glu Asn Ala Ile Arg Met Ile Ser Asp Gln Arg 1 5 10 15 Ala Asn Leu <210> 37 <211> 180 <212> PRT <213> 伯氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi) <400> 37 Ser Ile Val Met Val Leu Phe Phe Asp Leu Leu Val Ala Cys Ser Ile 1 5 10 15 Gly Leu Val Glu Arg Thr Asn Ala Ala Leu Glu Ser Ser Ser Lys Asp 20 25 30 Leu Lys Asn Lys Ile Leu Lys Ile Lys Lys Glu Ala Thr Gly Lys Gly 35 40 45 Val Leu Phe Glu Ala Phe Thr Gly Leu Lys Thr Gly Ser Lys Val Thr 50 55 60 Ser Gly Gly Leu Ala Leu Arg Glu Ala Lys Val Gln Ala Ile Val Glu 65 70 75 80 Thr Gly Lys Phe Leu Lys Ile Ile Glu Glu Glu Ala Leu Lys Leu Lys 85 90 95 Glu Thr Gly Asn Ser Gly Gln Phe Leu Ala Met Phe Asp Leu Met Leu 100 105 110 Glu Val Val Glu Ser Leu Glu Asp Val Gly Ile Ile Gly Leu Lys Ala 115 120 125 Arg Val Leu Glu Glu Ser Lys Asn Asn Pro Ile Asn Thr Ala Glu Arg 130 135 140 Leu Leu Ala Ala Lys Ala Gln Ile Glu Asn Gln Leu Lys Val Val Lys 145 150 155 160 Glu Lys Gln Asn Ile Glu Asn Gly Gly Glu Lys Lys Asn Asn Lys Ser 165 170 175 Lys Lys Lys Lys 180 <210> 38 <211> 150 <212> PRT <213> 伯氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi) <400> 38 Phe Gly Leu Ser Gly Ala Tyr Gly Asn Glu Thr Phe Asn Asn Ser Ser 1 5 10 15 Ile Thr Tyr Ser Leu Lys Asp Lys Ser Val Val Gly Asn Asp Leu Leu 20 25 30 Ser Pro Thr Leu Ser Asn Ser Ala Ile Leu Ala Ser Phe Gly Ala Lys 35 40 45 Tyr Lys Leu Gly Leu Thr Lys Ile Asn Asp Lys Asn Thr Tyr Leu Ile 50 55 60 Leu Gln Met Gly Thr Asp Phe Gly Ile Asp Pro Phe Ala Ser Asp Phe 65 70 75 80 Ser Ile Phe Gly His Ile Ser Lys Ala Ala Asn Phe Lys Lys Glu Thr 85 90 95 Pro Ser Asp Pro Asn Lys Lys Ala Glu Ile Phe Asp Pro Asn Gly Asn 100 105 110 Ala Leu Asn Phe Ser Lys Asn Thr Glu Leu Gly Ile Ala Phe Ser Thr 115 120 125 Gly Ala Ser Ile Gly Phe Ala Trp Asn Lys Asp Thr Gly Glu Lys Glu 130 135 140 Ser Trp Ala Ile Lys Gly 145 150 <210> 39 <211> 21 <212> PRT <213> 伯氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi) <400> 39 Ala Thr Lys Ala Ile Gly Lys Lys Ile Gln Gln Asn Gly Gly Leu Ala 1 5 10 15 Val Glu Ala Gly His 20 <210> 40 <211> 15 <212> PRT <213> 伯氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi) <400> 40 Lys Glu Met Leu Ala Asn Ser Val Lys Glu Leu Thr Ser Pro Ile 1 5 10 15
机译： 诊断莱姆病和治疗后预测莱姆病螺旋体消除的组合物和方法
机译： 用于诊断莱姆病和预测治疗后莱姆病螺旋体去除的组合物和方法
机译： 诊断莱姆病的组合物和方法，以及治疗后因莱姆病而导致的抽提物消除的预测
