普通小麦抗病序列的全基因组SSR特异分子标记及开发方法

摘要

本发明涉及植物分子标记引物设计方法，具体为基于普通小麦抗病序列的全基因组SSR特异分子标记开发方法，解决目前现有的小麦抗病育种SSR标记存在点位多、与目的基因距离较远的问题，操作步骤为：1）、下载全基因组数据，建立本地数据库；2）、用抗病类基因家族的隐马尔可夫模型检测数据库，所得序列经筛选得包含目标抗病结构的蛋白序列，再检索本地数据库，得到相应的基因组序列片段scaffold；3）、检测每条scaffold序列中的简单重复序列位点，在SSR位点两侧设计引物，合成；4）、特异标记筛选；5）、标记多态性检测。SSR特异分子标记的核苷酸序列为：SEQ？ID？NO.1至SEQ？ID？NO.78所示的序列。优点：1、位置明确、特异性强；2、与抗病候选基因距离极其紧密。