Construction of a duck whole genome radiation hybrid panel : an aid for NGS whole genome assembly and a contribution to avian comparative maps

摘要

Le canard est une espèce d'importance agronomique en France, principalement à travers l'industrie de foie gras, qui représente plus de 75% de la production mondiale. De plus, c'est aussi un modèle important pour l'étude de l'infection par le virus influenza, pour lequel les oiseaux aquatiques sont un réservoir naturel, car porteurs asymptomatiques. Les travaux réalisés lors de la thèse se situent dans le contexte international de l'étude du génome du canard, comportant la séquence du génome, le séquençage d'EST et l'identification et la cartographie de SNP. Le but à terme pour l'INRA étant de disposer des connaissances sur le génome nécessaires pour la cartographie fine de QTL et l'identification de gènes impliqués dans l'expression de caractères agronomiques. Un panel de 90 d'hybrides irradiés (panel RH) a été réalisé par fusion de cellules donneuses de canard irradiées avec des cellules receveuses de hamster. Afin d'éviter la culture à grande échelle des clones cellulaires, des méthodes de génotypage par PCR utilisant l'amplification complète du génome (WGA) et/ou la réduction des volumes réactionnels ont été testées et deux premières cartes de chromosomes ont ainsi été réalisées. Nous avons également utilisé le génotypage par PCR pour vérifier la qualité de l'assemblage des scaffolds du génome du canard, réalisés par séquençage nouvelle génération Illumina au Beijing Genome Institute (BGI, Chine). Finalement, afin de couvrir le génome complet, nous avons entrepris un séquençage léger (0,1X de profondeur) d'hybrides, permettant une réalisation de cartes plus rapides que par PCR. Ces cartes permettent la détection des réarrangements chromosomiques existant entre les génomes de la poule et du canard, qui sont distants de 80 millions d'années.